转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G004392; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022653-RA_Salv SmilChr05G004392 WRKY XP_057811204.1 MP00506 AAAAGTCAACGAC

可能结合的靶基因

9818 个结合位点 7173 个候选靶基因 第 68 / 144 下载 TSV

上一页 68 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000533 Chr01 NC_080387.1:10863359-10863371promoter 内 1822-1834 bp + 2167 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 10857613-10861192(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TTCTTTGACTTCT
SmilChr02G003620 Chr02 NC_080388.1:57498416-57498428promoter 内 1757-1769 bp + 2232 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 57494061-57496184(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TTCTTTGACTTCT
SmilChr03G004097 Chr03 NC_080389.1:59849558-59849570promoter 内 1597-1609 bp - 2392 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 59844411-59847166(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AGAAGTCAAAGAA
SmilChr01G002927 Chr01 NC_080387.1:48050381-48050393promoter 内 1521-1533 bp + 2468 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 48052861-48056753(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AGAAGTCAAAGAA
SmilChr02G004679 Chr02 NC_080388.1:69135841-69135853promoter 内 1283-1295 bp + 2706 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 69130958-69133135(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ACCGTTGACCGGT
SmilChr03G001224 Chr03 NC_080389.1:14130619-14130631promoter 内 1261-1273 bp + 2728 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 14127820-14127891(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TTCTTTGACTTCT
SmilChr03G000144 Chr03 NC_080389.1:1573569-1573581promoter 内 1235-1247 bp + 2754 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 1576335-1579231(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CCAAGTCAAAGCA
SmilChr01G002684 Chr01 NC_080387.1:45059700-45059712promoter 内 1176-1188 bp + 2813 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 45045665-45056887(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GAGTTTGACTTTT
SmilChr03G000295 Chr03 NC_080389.1:3394738-3394750promoter 内 1017-1029 bp + 2972 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 3388576-3391766(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GAAGTTGACTATT
SmilChr01G000239 Chr01 NC_080387.1:4486385-4486397promoter 内 889-901 bp - 3100 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 4489497-4492600(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ACCGTTGACCGCC
SmilChr03G000227 Chr03 NC_080389.1:2719367-2719379promoter 内 887-899 bp - 3102 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 2714835-2716265(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AATAGTCAACAAT
SmilChr04G001350 Chr04 NC_080390.1:21901209-21901221promoter 内 761-773 bp - 3228 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 21904449-21905816(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TTCTTTGACTTCT
SmilChr02G000449 Chr02 NC_080388.1:5876385-5876397promoter 内 739-751 bp + 3250 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 5869129-5873135(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GCAGTTGACTCTG
SmilChr04G000414 Chr04 NC_080390.1:4343363-4343375promoter 内 730-742 bp - 3259 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 4339745-4340104(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AGGGGTCAACGCG
SmilChr03G000421 Chr03 NC_080389.1:4564337-4564349promoter 内 726-738 bp + 3263 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 4567612-4568583(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AATAGTCAACAAT
SmilChr02G003018 Chr02 NC_080388.1:50887002-50887014promoter 内 697-709 bp + 3292 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 50876103-50883710(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 TTCTTTGACTTCT
SmilChr01G006192 Chr01 NC_080387.1:77532874-77532886promoter 内 623-635 bp + 3366 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 77523699-77529508(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GGAGTTGACTGTC
SmilChr01G003235 Chr01 NC_080387.1:51107632-51107644promoter 内 598-610 bp - 3391 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 51101765-51104241(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 ACCGGTCAACGGT
SmilChr04G000652 Chr04 NC_080390.1:7368702-7368714promoter 内 583-595 bp - 3406 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 7363294-7365296(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GGAAGTCAACTAC
SmilChr01G000900 Chr01 NC_080387.1:19059571-19059583promoter 内 565-577 bp + 3424 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 19063007-19063716(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AGTGGTCAACGTT
SmilChr03G002276 Chr03 NC_080389.1:35911493-35911505promoter 内 563-575 bp + 3426 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 35914931-35915398(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AGAAGTCAAAGAA
SmilChr02G002179 Chr02 NC_080388.1:39017802-39017814promoter 内 464-476 bp - 3525 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 39013190-39014277(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AAAAGTCAAACTC
SmilChr02G002043 Chr02 NC_080388.1:36816221-36816233promoter 内 454-466 bp + 3535 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 36811218-36812686(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GAGTTTGACTTTT
SmilChr03G004237 Chr03 NC_080389.1:60896722-60896734promoter 内 438-450 bp + 3551 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 60900285-60905623(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AGAAGTCAAAGAA
SmilChr01G003425 Chr01 NC_080387.1:52927512-52927524promoter 内 352-364 bp + 3637 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 52917001-52923875(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CATGTTGACTTCT
SmilChr03G002944 Chr03 NC_080389.1:46177778-46177790promoter 内 272-284 bp - 3717 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 46168929-46174061(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CAGAGTCAACTGC
SmilChr01G005459 Chr01 NC_080387.1:71617855-71617867promoter 内 171-183 bp + 3818 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 71609114-71614037(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GAGTTTGACTTTT
SmilChr01G002245 Chr01 NC_080387.1:39018581-39018593promoter 内 17-29 bp + 3972 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 39013202-39014609(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GCAGTTGACTCTG
SmilChr02G004678 Chr02 NC_080388.1:69112347-69112359promoter 内 14-26 bp + 3975 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 69116334-69125127(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AGAAGTCAACATG
SmilChr03G000978 Chr03 NC_080389.1:11062681-11062693promoter 内 2620-2632 bp - 1369 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 11064062-11066677(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CTCTTTGACTTCT
SmilChr02G003214 Chr02 NC_080388.1:53330472-53330484promoter 内 1878-1890 bp - 2111 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 53332595-53333152(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GACCTTGACTTTT
SmilChr01G004021 Chr01 NC_080387.1:58603485-58603497promoter 内 1310-1322 bp + 2679 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 58606176-58610147(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GTAAGTCAACCGG
SmilChr01G000086 Chr01 NC_080387.1:1600782-1600794promoter 内 3956-3968 bp - 33 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 1600827-1602069(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GACATTGACTTTA
SmilChr03G004549 Chr03 NC_080389.1:63465564-63465576promoter 内 3831-3843 bp + 158 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 63465734-63468977(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 AATAGTCAACAAA
SmilChr01G004806 Chr01 NC_080387.1:66261668-66261680promoter 内 3765-3777 bp - 224 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 66261904-66264810(+) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 GTCGTTGACTCGA
SmilChr02G005337 Chr02 NC_080388.1:74220849-74220861promoter 内 3539-3551 bp - 450 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 74216479-74220399(-) SMil_00022653-RA_Salv MP00506 CTAAGTCAACACA
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