转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004408; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011278-RA_Salv SmilChr08G004408 MYB XP_057780613.1 MP00114 AAGTTGGTAGGTGAG

可能结合的靶基因

9897 个结合位点 8151 个候选靶基因 第 68 / 164 下载 TSV

上一页 68 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003119 Chr01 NC_080387.1:50006386-50006400promoter 内 1812-1826 bp + 2175 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 50002361-50004211(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTTTTAA
SmilChr03G004050 Chr03 NC_080389.1:59462564-59462578promoter 内 1727-1741 bp - 2260 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 59464838-59465778(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCGCACC
SmilChr08G001942 Chr08 NC_080394.1:17053864-17053878promoter 内 1473-1487 bp - 2514 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 17048853-17051350(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTTTAGGTAGGTTAG
SmilChr01G001166 Chr01 NC_080387.1:23687716-23687730promoter 内 1338-1352 bp + 2649 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 23690379-23692324(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CGTTTGGTAGGTATG
SmilChr08G000801 Chr08 NC_080394.1:5871777-5871791promoter 内 1301-1315 bp - 2686 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 5874477-5875664(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCGCACC
SmilChr05G002137 Chr05 NC_080391.1:22486504-22486518promoter 内 1288-1302 bp - 2699 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 22489217-22499820(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CATACCTACCAAACG
SmilChr06G000529 Chr06 NC_080392.1:4335326-4335340promoter 内 1231-1245 bp + 2756 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 4338096-4341021(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GATGTAGTAGGTGGC
SmilChr01G001206 Chr01 NC_080387.1:24278234-24278248promoter 内 1055-1069 bp + 2932 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 24281180-24282600(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CGTTTGGTAGGTATG
SmilChr06G000525 Chr06 NC_080392.1:4313655-4313669promoter 内 1050-1064 bp + 2937 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 4316606-4319297(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GATGTAGTAGGTGGC
SmilChr01G000647 Chr01 NC_080387.1:14452519-14452533promoter 内 1031-1045 bp - 2956 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 14448406-14449563(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGTGCGGTAGGTGGC
SmilChr07G001194 Chr07 NC_080393.1:9069801-9069815promoter 内 1027-1041 bp + 2960 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 9072775-9073116(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGTGCGGTAGGTGGC
SmilChr04G000513 Chr04 NC_080390.1:5638375-5638389promoter 内 1006-1020 bp + 2981 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 5634144-5635394(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACCTTTTT
SmilChr05G001535 Chr05 NC_080391.1:14041172-14041186promoter 内 922-936 bp + 3065 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 14036983-14038107(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTAACCTACCTACAT
SmilChr08G000676 Chr08 NC_080394.1:5021508-5021522promoter 内 884-898 bp + 3103 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 5024625-5028925(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGTGCGGTAGGTGGC
SmilChr02G001880 Chr02 NC_080388.1:34126531-34126545promoter 内 864-878 bp - 3123 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 34122199-34123408(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGTGCGGTAGGTGGC
SmilChr06G002073 Chr06 NC_080392.1:27333800-27333814promoter 内 845-859 bp - 3142 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 27336956-27339774(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCGCACC
SmilChr02G000597 Chr02 NC_080388.1:8605066-8605080promoter 内 838-852 bp - 3149 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 8608229-8609444(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCAACTACCAAAGC
SmilChr02G000580 Chr02 NC_080388.1:8375014-8375028promoter 内 744-758 bp - 3243 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 8368791-8371771(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATAAGAGTAGGTGGG
SmilChr01G001286 Chr01 NC_080387.1:25630225-25630239promoter 内 664-678 bp - 3323 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 25633562-25634590(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GACACCTACCTCTCC
SmilChr02G001932 Chr02 NC_080388.1:34735927-34735941promoter 内 615-629 bp - 3372 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 34739313-34740095(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTACCTACCCCTAC
SmilChr02G001582 Chr02 NC_080388.1:29547744-29547758promoter 内 554-568 bp - 3433 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 29534250-29544311(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTGGTGGTAGGTTTG
SmilChr04G003620 Chr04 NC_080390.1:52688007-52688021promoter 内 550-564 bp + 3437 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 52691458-52695462(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGAATAGTAGGTGAA
SmilChr02G003225 Chr02 NC_080388.1:53507464-53507478promoter 内 465-479 bp - 3522 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 53502682-53503942(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTAGTGGTAGGTTGA
SmilChr07G000087 Chr07 NC_080393.1:463966-463980promoter 内 463-477 bp + 3524 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 453118-460442(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTCACCTACCAGAAT
SmilChr05G003541 Chr05 NC_080391.1:47278708-47278722promoter 内 436-450 bp + 3551 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 47282273-47293491(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTATGGTAGGTAAA
SmilChr07G004161 Chr07 NC_080393.1:53486223-53486237promoter 内 426-440 bp - 3561 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 53489798-53491427(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTAACATTTC
SmilChr05G002595 Chr05 NC_080391.1:29176654-29176668promoter 内 335-349 bp - 3652 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 29180320-29184003(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACCGCACC
SmilChr07G003713 Chr07 NC_080393.1:44877094-44877108promoter 内 322-336 bp + 3665 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 44872746-44873429(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACACCTACTCCCTC
SmilChr01G002980 Chr01 NC_080387.1:48742955-48742969promoter 内 315-329 bp + 3672 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 48734833-48739283(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTAACAGCAC
SmilChr04G003589 Chr04 NC_080390.1:52326127-52326141promoter 内 311-325 bp - 3676 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 52321623-52322451(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATTGAGTTAGGTGAG
SmilChr04G000610 Chr04 NC_080390.1:6900063-6900077promoter 内 291-305 bp + 3696 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 6895458-6896367(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACTAATCA
SmilChr05G003752 Chr05 NC_080391.1:50646837-50646851promoter 内 260-274 bp - 3727 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 50650578-50653803(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTCTTAT
SmilChr07G003354 Chr07 NC_080393.1:36021852-36021866promoter 内 226-240 bp - 3761 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 36025627-36030300(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATCACCTACCATAAT
SmilChr04G001724 Chr04 NC_080390.1:28489507-28489521promoter 内 133-147 bp + 3854 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 28493375-28494745(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTGGCGGTAGGTGGC
SmilChr08G000292 Chr08 NC_080394.1:2005957-2005971promoter 内 114-128 bp + 3873 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 1998945-2002084(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CATACCTACCAAACG
SmilChr01G003646 Chr01 NC_080387.1:54945824-54945838promoter 内 13-27 bp - 3974 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 54939119-54941850(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACAATGGTAGGTGGT
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SmilChr02G001878 Chr02 NC_080388.1:34087307-34087321promoter 内 3264-3278 bp + 723 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 34088044-34090623(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GATGAAGTAGGTGAA
SmilChr01G002391 Chr01 NC_080387.1:41174657-41174671promoter 内 2488-2502 bp - 1499 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 41176170-41179598(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTTTTGC
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SmilChr03G004699 Chr03 NC_080389.1:64310920-64310934promoter 内 3308-3322 bp - 679 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 64308714-64310241(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTATTGGTAGTTGAG
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SmilChr01G002390 Chr01 NC_080387.1:41174657-41174671promoter 内 3038-3052 bp - 949 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 41170890-41173708(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCAAAAGTAGGTGGG