转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004607; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002089-RA_Salv SmilChr02G004607 C2H2 XP_057791470.1 MP00608 AAAAACAGAGCA

可能结合的靶基因

9817 个结合位点 6398 个候选靶基因 第 69 / 128 下载 TSV

上一页 69 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001827 Chr03 NC_080389.1:25026344-25026355promoter 内 809-820 bp - 3181 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 25020396-25023163(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TAAAACAGAAGA
SmilChr01G006173 Chr01 NC_080387.1:77245027-77245038promoter 内 774-785 bp + 3216 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 77248254-77258433(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAGAAGT
SmilChr02G004692 Chr02 NC_080388.1:69267587-69267598promoter 内 589-600 bp - 3401 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 69270999-69273246(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 ACTTCTGTTTCT
SmilChr02G002892 Chr02 NC_080388.1:49208002-49208013promoter 内 534-545 bp + 3456 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 49211469-49213739(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TAGAACAGAGGC
SmilChr01G005990 Chr01 NC_080387.1:75513247-75513258promoter 内 506-517 bp + 3484 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 75506859-75509763(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TCTTCTGTTTTA
SmilChr01G003759 Chr01 NC_080387.1:55976000-55976011promoter 内 411-422 bp + 3579 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 55979590-55982896(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AGAAACAGAAGT
SmilChr01G005942 Chr01 NC_080387.1:75152174-75152185promoter 内 409-420 bp - 3581 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 75155766-75158354(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TCTTCTGTTTTA
SmilChr02G002411 Chr02 NC_080388.1:42088719-42088730promoter 内 336-347 bp + 3654 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 42084993-42085065(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TCTTCTGTTTCA
SmilChr01G006174 Chr01 NC_080387.1:77245027-77245038promoter 内 279-290 bp + 3711 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 77248749-77252889(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAGAAGT
SmilChr02G003640 Chr02 NC_080388.1:57764718-57764729promoter 内 263-274 bp + 3727 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 57756494-57760991(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GCTTCTGTTTTG
SmilChr02G005563 Chr02 NC_080388.1:75552377-75552388promoter 内 236-247 bp - 3754 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 75556142-75559613(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TCTTCTGTTTCA
SmilChr03G001090 Chr03 NC_080389.1:12604142-12604153promoter 内 166-177 bp - 3824 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 12607977-12609094(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GCTTCTGTTTTG
SmilChr01G005288 Chr01 NC_080387.1:70218793-70218804promoter 内 95-106 bp - 3895 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 70222699-70224075(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TCTTCTGTTTTA
SmilChr02G001555 Chr02 NC_080388.1:28853816-28853827promoter 内 35-46 bp - 3955 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 28857782-28868220(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TCTTCTGTTTCA
SmilChr03G000669 Chr03 NC_080389.1:7485553-7485564promoter 内 9-20 bp + 3981 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 7489545-7492450(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AGAAACAGAAGT
SmilChr01G003804 Chr01 NC_080387.1:56429866-56429877promoter 内 182-193 bp - 3808 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 3 56422122-56426058(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AGAAACAGAATG
SmilChr01G004432 Chr01 NC_080387.1:62426722-62426733promoter 内 3454-3465 bp - 536 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 62424756-62426186(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AGAAACAGAATG
SmilChr01G001030 Chr01 NC_080387.1:21476806-21476817promoter 内 3222-3233 bp - 768 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 21462009-21476038(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AGAAACAGAATG
SmilChr03G000443 Chr03 NC_080389.1:4760758-4760769promoter 内 3011-3022 bp - 979 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 4750249-4759779(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAGAATG
SmilChr01G001749 Chr01 NC_080387.1:32221390-32221401promoter 内 2978-2989 bp - 1012 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 32222413-32224941(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TCCTCTGTTTAG
SmilChr01G004561 Chr01 NC_080387.1:63682336-63682347promoter 内 1694-1705 bp + 2296 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 63684643-63685569(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAGAATG
SmilChr01G001391 Chr01 NC_080387.1:27361313-27361324promoter 内 783-794 bp - 3207 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 27347996-27358106(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AGAAACAGAATG
SmilChr01G005460 Chr01 NC_080387.1:71620928-71620939promoter 内 289-300 bp + 3701 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 71615057-71617227(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CATTCTGTTTTT
SmilChr02G005263 Chr02 NC_080388.1:73723048-73723059promoter 内 3938-3949 bp + 52 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 73718345-73722996(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GCTTCTGTTTTC
SmilChr02G004260 Chr02 NC_080388.1:64815960-64815971promoter 内 3926-3937 bp + 64 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 64816035-64816107(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GAAAACAGAAGC
SmilChr01G005134 Chr01 NC_080387.1:69141602-69141613promoter 内 3694-3705 bp - 296 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 69141234-69141306(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AGAAACAGAATG
SmilChr03G001330 Chr03 NC_080389.1:15544948-15544959promoter 内 3686-3697 bp - 304 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 15544519-15544644(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAGAATG
SmilChr03G001419 Chr03 NC_080389.1:16816972-16816983promoter 内 3686-3697 bp + 304 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 16817287-16817412(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAGAATG
SmilChr01G004609 Chr01 NC_080387.1:64064973-64064984promoter 内 3661-3672 bp + 329 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 64061550-64064644(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GCTTCTGTTTTC
SmilChr02G000503 Chr02 NC_080388.1:6908595-6908606promoter 内 3483-3494 bp - 507 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 6906871-6908088(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAGAATG
SmilChr01G004851 Chr01 NC_080387.1:66664422-66664433promoter 内 3127-3138 bp + 863 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 66662766-66663559(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CATTCTGTTTTT
SmilChr02G002279 Chr02 NC_080388.1:40282534-40282545promoter 内 2625-2636 bp - 1365 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 40280312-40281169(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAGAATG
SmilChr01G004555 Chr01 NC_080387.1:63644605-63644616promoter 内 2598-2609 bp + 1392 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 63646008-63646901(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAGAATG
SmilChr02G003340 Chr02 NC_080388.1:54617012-54617023promoter 内 2539-2550 bp - 1451 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 54613186-54615561(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GAAAACAGAAGC
SmilChr02G000025 Chr02 NC_080388.1:254038-254049promoter 内 2538-2549 bp + 1452 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 249842-252586(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CATTCTGTTTTT
SmilChr01G000667 Chr01 NC_080387.1:14824780-14824791promoter 内 2314-2325 bp - 1676 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 14820548-14823104(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GAAAACAGAAGC
SmilChr02G000902 Chr02 NC_080388.1:15485342-15485353promoter 内 2263-2274 bp - 1727 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 15482008-15483615(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CTAAACAGAGGA
SmilChr01G006167 Chr01 NC_080387.1:77162191-77162202promoter 内 2126-2137 bp - 1864 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 77164066-77165735(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CATTCTGTTTCT
SmilChr01G004185 Chr01 NC_080387.1:60282432-60282443promoter 内 1972-1983 bp + 2018 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 60284461-60287505(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAGAATG
SmilChr01G001031 Chr01 NC_080387.1:21476806-21476817promoter 内 1927-1938 bp - 2063 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 21469046-21474743(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AGAAACAGAATG
SmilChr01G005956 Chr01 NC_080387.1:75249468-75249479promoter 内 1752-1763 bp - 2238 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 75251717-75253499(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CATTCTGTTTTT
SmilChr01G002521 Chr01 NC_080387.1:43182161-43182172promoter 内 1570-1581 bp + 2420 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 43184592-43186017(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAGAATG
SmilChr02G004482 Chr02 NC_080388.1:67297173-67297184promoter 内 1472-1483 bp - 2518 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 67293477-67294655(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAGAATG
SmilChr01G004860 Chr01 NC_080387.1:66748210-66748221promoter 内 1427-1438 bp - 2563 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 66750784-66757976(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CATTCTGTTTTT
SmilChr01G002449 Chr01 NC_080387.1:42088976-42088987promoter 内 1278-1289 bp - 2712 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 42081671-42086264(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CTAAACAGAGGA
SmilChr02G003016 Chr02 NC_080388.1:50858239-50858250promoter 内 1215-1226 bp + 2775 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 50854369-50855464(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CATTCTGTTTTT
SmilChr03G000563 Chr03 NC_080389.1:6114596-6114607promoter 内 1182-1193 bp + 2808 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 6117415-6118876(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AGAAACAGAATG
SmilChr02G005229 Chr02 NC_080388.1:73497243-73497254promoter 内 1025-1036 bp + 2965 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 73485092-73494278(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TCCTCTGTTTAG
SmilChr02G002986 Chr02 NC_080388.1:50473855-50473866promoter 内 1000-1011 bp + 2990 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 50476856-50479922(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAGAATG
SmilChr02G001645 Chr02 NC_080388.1:30521812-30521823promoter 内 969-980 bp - 3021 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 30524844-30526432(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CATTCTGTTTTT