转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 7 / 121 下载 TSV

上一页 7 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G003757 Chr04 NC_080390.1:53831730-53831744promoter 内 260-274 bp - 3727 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 53835471-53836402(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCGAACCC
SmilChr04G003071 Chr04 NC_080390.1:47252933-47252947promoter 内 2035-2049 bp - 1952 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 4 47254899-47266853(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGGCGCC
SmilChr04G003070 Chr04 NC_080390.1:47252933-47252947promoter 内 817-831 bp - 3170 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 4 47247360-47249763(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCGCCAGATCTGAG
SmilChr01G002172 Chr01 NC_080387.1:37809337-37809351promoter 内 2479-2493 bp + 1508 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 37810859-37813346(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCGCCAGATCTGAG
SmilChr02G004950 Chr02 NC_080388.1:71443682-71443696promoter 内 3228-3242 bp - 759 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 71444455-71450469(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGGCGCC
SmilChr02G001433 Chr02 NC_080388.1:27040030-27040044promoter 内 2790-2804 bp - 1197 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 27035597-27038833(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCGCCAGATCTGAG
SmilChr04G002090 Chr04 NC_080390.1:33716341-33716355promoter 内 2577-2591 bp - 1410 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 33713612-33714931(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAGTTCAGATCTGGG
SmilChr01G004275 Chr01 NC_080387.1:60986379-60986393promoter 内 2523-2537 bp - 1464 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 60984478-60984915(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAATCCAGATCTGCA
SmilChr03G002573 Chr03 NC_080389.1:40937832-40937846promoter 内 2445-2459 bp - 1542 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 40933273-40936290(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAGTTCAGATCTGGG
SmilChr03G002334 Chr03 NC_080389.1:36820857-36820871promoter 内 2419-2433 bp - 1568 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 36817041-36819289(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTTTCCAGATCTGAG
SmilChr02G003895 Chr02 NC_080388.1:61044008-61044022promoter 内 1938-1952 bp + 2049 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 61046071-61049536(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAGTTCAGATCTGGG
SmilChr05G000278 Chr05 NC_080391.1:2161814-2161828promoter 内 1865-1879 bp + 2122 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 2163950-2167847(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAGTTCAGATCTGGG
SmilChr03G004099 Chr03 NC_080389.1:59887953-59887967promoter 内 1207-1221 bp - 2780 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 59881633-59885173(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAGTTCAGATCTGGG
SmilChr04G002178 Chr04 NC_080390.1:35191569-35191583promoter 内 970-984 bp + 3017 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 35183814-35188552(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGGCGCC
SmilChr04G003313 Chr04 NC_080390.1:49860753-49860767promoter 内 353-367 bp - 3634 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 49854005-49857119(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAGTTCAGATCTGGG
SmilChr01G005560 Chr01 NC_080387.1:72417720-72417734promoter 内 209-223 bp - 3778 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 72410811-72413942(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAGTTCAGATCTGGG
SmilChr05G001643 Chr05 NC_080391.1:15386412-15386426promoter 内 748-762 bp + 3239 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 15382188-15383173(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCGAATTC
SmilChr03G002166 Chr03 NC_080389.1:33702604-33702618promoter 内 3358-3372 bp - 629 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 33695972-33701975(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAAACCAGATCTGGA
SmilChr04G003905 Chr04 NC_080390.1:54812590-54812604promoter 内 2750-2764 bp - 1237 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 54813841-54813912(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGATCCT
SmilChr02G005362 Chr02 NC_080388.1:74331409-74331423promoter 内 2332-2346 bp + 1655 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 74333078-74341607(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAGTCCAGATCTGGT
SmilChr03G002544 Chr03 NC_080389.1:40618495-40618509promoter 内 1901-1915 bp + 2086 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 40620595-40622823(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGATCCAGATCTGTA
SmilChr02G000182 Chr02 NC_080388.1:2321820-2321834promoter 内 1096-1110 bp + 2891 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 2316010-2318929(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCTAGTTCC
SmilChr02G000184 Chr02 NC_080388.1:2321820-2321834promoter 内 24-38 bp + 3963 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 2325797-2336714(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGAACTAGATCTGAC
SmilChr05G000594 Chr05 NC_080391.1:4478707-4478721promoter 内 2713-2727 bp - 1274 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 4476348-4477433(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGATCCGGATCTGAC
SmilChr03G003143 Chr03 NC_080389.1:48724842-48724856promoter 内 2338-2352 bp + 1649 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 9 48720038-48723193(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACAGATCTGGATCT
SmilChr02G001119 Chr02 NC_080388.1:20153126-20153140promoter 内 947-961 bp + 3040 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 5 20156180-20156251(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACGTCTAGATCTGGG
SmilChr02G000211 Chr02 NC_080388.1:2751834-2751848promoter 内 3709-3723 bp - 278 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 4 2749072-2751556(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGATCCAGATCTGTT
SmilChr03G002162 Chr03 NC_080389.1:33658579-33658593promoter 内 2793-2807 bp - 1194 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 4 33654944-33657385(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACGTCTAGATCTGGG
SmilChr03G001457 Chr03 NC_080389.1:17404790-17404804promoter 内 1218-1232 bp - 2769 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 4 17398274-17402021(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGATCCAGATCTGTT
SmilChr01G003444 Chr01 NC_080387.1:53007430-53007444promoter 内 749-763 bp + 3238 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 53010682-53013283(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGATCCAGATCTGTT
SmilChr02G005549 Chr02 NC_080388.1:75475832-75475846promoter 内 3124-3138 bp + 863 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 75470795-75474969(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CACAGATCTGGACCT
SmilChr02G005550 Chr02 NC_080388.1:75475832-75475846promoter 内 2995-3009 bp + 992 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 75476838-75489011(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGGTCCAGATCTGTG
SmilChr01G005213 Chr01 NC_080387.1:69741601-69741615promoter 内 2844-2858 bp - 1143 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 69742758-69744892(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTGGAATT
SmilChr01G005220 Chr01 NC_080387.1:69769113-69769127promoter 内 2132-2146 bp - 1855 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 69765732-69767258(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATTCCAGATCTGAA
SmilChr05G000485 Chr05 NC_080391.1:3791342-3791356promoter 内 2130-2144 bp + 1857 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 3787799-3789485(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTGGAATC
SmilChr03G001702 Chr03 NC_080389.1:22622580-22622594promoter 内 1242-1256 bp + 2745 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 22625339-22626262(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GACTCCAGATCTGAT
SmilChr01G005211 Chr01 NC_080387.1:69741601-69741615promoter 内 1192-1206 bp - 2795 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 69738297-69738806(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATTCCAGATCTGAA
SmilChr02G004974 Chr02 NC_080388.1:71634625-71634639promoter 内 164-178 bp + 3823 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 71629200-71630802(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CACAGATCTGGATTT
SmilChr03G003966 Chr03 NC_080389.1:58717902-58717916promoter 内 1701-1715 bp + 2286 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 58714447-58715616(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCAGAGTC
SmilChr04G002036 Chr04 NC_080390.1:33063444-33063458promoter 内 2356-2370 bp - 1631 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 6 33057674-33061813(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAGTTCAGATCTGGG
SmilChr05G001718 Chr05 NC_080391.1:16451856-16451870promoter 内 1807-1821 bp + 2180 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 6 16448700-16449676(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTGAGATCTAGATCC
SmilChr03G002324 Chr03 NC_080389.1:36591530-36591544promoter 内 3069-3083 bp + 918 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 5 36587799-36590612(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCAGATCTGGATCT
SmilChr03G001473 Chr03 NC_080389.1:17669155-17669169promoter 内 3507-3521 bp + 480 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 4 17666529-17668675(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGGAAAT
SmilChr03G001609 Chr03 NC_080389.1:20477439-20477453promoter 内 1445-1459 bp - 2542 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 4 20473082-20474897(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACAACCAGATCTGAA
SmilChr02G003646 Chr02 NC_080388.1:57844386-57844400promoter 内 195-209 bp - 3792 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 4 57829536-57840594(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTTCCAGATCTGAG
SmilChr04G001212 Chr04 NC_080390.1:18845620-18845634promoter 内 3656-3670 bp - 331 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 3 18845965-18849480(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCTGGATAC
SmilChr05G000313 Chr05 NC_080391.1:2360454-2360468promoter 内 3441-3455 bp + 546 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 3 2361014-2363593(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTTCCAGATCTGAG
SmilChr03G001649 Chr03 NC_080389.1:21446529-21446543promoter 内 2116-2130 bp + 1871 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 3 21427909-21444658(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGCAGATCTGGCTCT
SmilChr01G000298 Chr01 NC_080387.1:5870172-5870186promoter 内 1909-1923 bp - 2078 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 3 5866970-5868094(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGGTCCAGATCTGAT
SmilChr01G005788 Chr01 NC_080387.1:73980473-73980487promoter 内 1308-1322 bp - 2679 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 3 73971413-73977794(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGGTCCAGATCTGGT