转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G002885; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022980-RA_Salv SmilChr01G002885 ERF XP_057767601.1 MP00151 ATGGACGGTGGAGG

可能结合的靶基因

9976 个结合位点 6907 个候选靶基因 第 70 / 139 下载 TSV

上一页 70 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G001583 Chr06 NC_080392.1:17240839-17240852promoter 内 1665-1678 bp - 2323 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 17243175-17245423(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCACTACCGTCCAC
SmilChr05G002860 Chr05 NC_080391.1:34093589-34093602promoter 内 1510-1523 bp - 2478 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 34096080-34096197(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCACTACCGTCCAC
SmilChr05G000698 Chr05 NC_080391.1:5269150-5269163promoter 内 1421-1434 bp + 2567 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 5264372-5266583(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCGCCACCGTCGCC
SmilChr01G000728 Chr01 NC_080387.1:16193042-16193055promoter 内 1378-1391 bp + 2610 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 16188523-16190432(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CAGTCGCCGTCCAG
SmilChr03G003386 Chr03 NC_080389.1:52226421-52226434promoter 内 1372-1385 bp + 2616 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 52222220-52223805(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCTCACCGTCCAA
SmilChr06G001992 Chr06 NC_080392.1:25339709-25339722promoter 内 1326-1339 bp - 2662 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 25336064-25337047(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GGCGACGGTGGCGG
SmilChr06G003275 Chr06 NC_080392.1:45338353-45338366promoter 内 1103-1116 bp + 2885 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 45341251-45341929(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TGGGACGGTGGGTG
SmilChr02G003759 Chr02 NC_080388.1:59236351-59236364promoter 内 992-1005 bp - 2996 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 59239360-59240873(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TCGGCACCGTCCTA
SmilChr06G001864 Chr06 NC_080392.1:22060412-22060425promoter 内 973-986 bp - 3015 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 22063440-22065926(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCGCCACCGTCGCC
SmilChr05G000848 Chr05 NC_080391.1:6687088-6687101promoter 内 955-968 bp - 3033 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 6690134-6693033(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCTCGCCGTCCAA
SmilChr02G003153 Chr02 NC_080388.1:52578815-52578828promoter 内 880-893 bp + 3108 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 52573268-52575707(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTACCTCCGTCCAC
SmilChr04G001897 Chr04 NC_080390.1:30998064-30998077promoter 内 787-800 bp - 3201 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 30991112-30994863(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GGCGACGGTGGCGG
SmilChr05G001877 Chr05 NC_080391.1:19031125-19031138promoter 内 776-789 bp + 3212 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 19026267-19027913(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTTCCACCGCCCTC
SmilChr06G001708 Chr06 NC_080392.1:19619088-19619101promoter 内 730-743 bp + 3258 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 19622359-19622953(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GGCGACGGTGGCGG
SmilChr05G003395 Chr05 NC_080391.1:44986111-44986124promoter 内 671-684 bp - 3317 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 44981094-44982794(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GGCGACGGTGGCGG
SmilChr06G000204 Chr06 NC_080392.1:1400947-1400960promoter 内 663-676 bp + 3325 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 1395868-1397622(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTACCTCCGTCCAC
SmilChr01G001367 Chr01 NC_080387.1:27025627-27025640promoter 内 592-605 bp - 3396 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 27029036-27032467(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCGTCACCGTCATC
SmilChr07G000629 Chr07 NC_080393.1:4243087-4243100promoter 内 405-418 bp - 3583 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 4246683-4250848(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CACCCACCGTCCCA
SmilChr06G002452 Chr06 NC_080392.1:35296603-35296616promoter 内 348-361 bp - 3640 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 35292440-35292963(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CAGGTCGGTGGAGA
SmilChr02G004000 Chr02 NC_080388.1:62347738-62347751promoter 内 282-295 bp - 3706 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 62339553-62344032(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTTGACGGTGGCAC
SmilChr02G004002 Chr02 NC_080388.1:62347738-62347751promoter 内 241-254 bp - 3747 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 62351498-62356060(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGCCACCGTCAAC
SmilChr03G002397 Chr03 NC_080389.1:37988131-37988144promoter 内 241-254 bp - 3747 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 37983191-37984384(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATTGCCGGTGGAGA
SmilChr07G000626 Chr07 NC_080393.1:4234129-4234142promoter 内 88-101 bp - 3900 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 4229236-4230229(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGAGGGTG
SmilChr01G004915 Chr01 NC_080387.1:67176515-67176528promoter 内 405-418 bp - 3583 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 3 67180111-67184533(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TCTCCTCCGTCCAA
SmilChr04G000075 Chr04 NC_080390.1:694641-694654promoter 内 3892-3905 bp + 96 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 694750-696481(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TTGGACGGAGGAGA
SmilChr02G002609 Chr02 NC_080388.1:45269159-45269172promoter 内 3843-3856 bp - 145 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 45269317-45270675(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGTCACCGTCCAT
SmilChr02G002793 Chr02 NC_080388.1:47988834-47988847promoter 内 3613-3626 bp - 375 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 47986801-47988459(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GGGGACGGTGCTGC
SmilChr06G000035 Chr06 NC_080392.1:315309-315322promoter 内 3599-3612 bp + 389 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 315711-319008(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TTGGACGGAGACGG
SmilChr02G004447 Chr02 NC_080388.1:66824328-66824341promoter 内 3316-3329 bp + 672 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 66816892-66823656(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TCTCCTCCGTCCAA
SmilChr02G003108 Chr02 NC_080388.1:52070089-52070102promoter 内 3217-3230 bp - 771 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 52070873-52071691(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TCTCCTCCGTCCAA
SmilChr01G005364 Chr01 NC_080387.1:70871386-70871399promoter 内 2954-2967 bp - 1034 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 70864563-70870352(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GGGGACGGTGGGAC
SmilChr06G003084 Chr06 NC_080392.1:43710465-43710478promoter 内 2597-2610 bp - 1391 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 43711869-43720328(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TCTCCACCGCCCCT
SmilChr05G003740 Chr05 NC_080391.1:50493418-50493431promoter 内 2335-2348 bp + 1653 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 50495084-50498493(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TTGGACGGAGGAGA
SmilChr02G000261 Chr02 NC_080388.1:3363991-3364004promoter 内 1935-1948 bp - 2053 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 3366057-3369031(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTACCACCGTCCGT
SmilChr01G004373 Chr01 NC_080387.1:61931580-61931593promoter 内 1751-1764 bp - 2237 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 61933830-61935588(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TCTCCACCGCCCCT
SmilChr06G002475 Chr06 NC_080392.1:35585767-35585780promoter 内 1693-1706 bp + 2295 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 35588075-35590232(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTAGACGGTGGTGA
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