转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 70 / 121 下载 TSV

上一页 70 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000735 Chr02 NC_080388.1:11913691-11913705promoter 内 2969-2983 bp - 1018 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 11914723-11916619(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCTAGATCTATAATC
SmilChr02G004581 Chr02 NC_080388.1:68305690-68305704promoter 内 2953-2967 bp + 1034 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 68300347-68304656(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCAATCTG
SmilChr04G003286 Chr04 NC_080390.1:49544913-49544927promoter 内 2876-2890 bp + 1111 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 49541977-49543802(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGGAGATCTAAATTT
SmilChr02G004782 Chr02 NC_080388.1:70003480-70003494promoter 内 2796-2810 bp + 1191 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 70004685-70006856(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GACTTGAGATCTGAA
SmilChr03G003324 Chr03 NC_080389.1:51496042-51496056promoter 内 2754-2768 bp - 1233 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 51492990-51494809(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGGTATAGATCTAGG
SmilChr01G004921 Chr01 NC_080387.1:67292988-67293002promoter 内 2693-2707 bp - 1294 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 67294296-67303027(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACCAGATCTCGCGCC
SmilChr02G000161 Chr02 NC_080388.1:2111797-2111811promoter 内 2533-2547 bp - 1454 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 2107167-2110343(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCTGTAGATCTCAA
SmilChr05G000205 Chr05 NC_080391.1:1631416-1631430promoter 内 2509-2523 bp + 1478 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 1625450-1629938(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCCAGATCTACAATT
SmilChr02G001330 Chr02 NC_080388.1:24756569-24756583promoter 内 2498-2512 bp + 1489 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 24758072-24767165(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCACTAGATCTAAA
SmilChr01G000051 Chr01 NC_080387.1:826317-826331promoter 内 2462-2476 bp + 1525 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 823676-824792(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCTAGATCTATAATC
SmilChr01G000873 Chr01 NC_080387.1:18607310-18607324promoter 内 2417-2431 bp - 1570 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 18604931-18605740(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCGACTAGATCTGTG
SmilChr01G000870 Chr01 NC_080387.1:18570979-18570993promoter 内 2339-2353 bp - 1648 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 18567168-18569331(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCGACTAGATCTGTG
SmilChr01G000116 Chr01 NC_080387.1:1984482-1984496promoter 内 2237-2251 bp - 1750 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 1986246-1987674(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATTTGGATAT
SmilChr03G000196 Chr03 NC_080389.1:2221159-2221173promoter 内 2237-2251 bp + 1750 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 2222923-2228958(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATTTAGATCTCCT
SmilChr04G002304 Chr04 NC_080390.1:37317305-37317319promoter 内 2234-2248 bp + 1753 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 37309996-37315552(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATTTGGATAT
SmilChr05G000206 Chr05 NC_080391.1:1631416-1631430promoter 内 2222-2236 bp + 1765 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 1633195-1645182(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATTGTAGATCTGGC
SmilChr02G000570 Chr02 NC_080388.1:8047785-8047799promoter 内 2201-2215 bp - 1786 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 8049585-8051478(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTTAGATCTAGCAAC
SmilChr03G003949 Chr03 NC_080389.1:58550636-58550650promoter 内 2195-2209 bp + 1792 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 58552442-58553992(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TACATTAGATCTGAA
SmilChr01G006084 Chr01 NC_080387.1:76280185-76280199promoter 内 2094-2108 bp + 1893 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 76282092-76285016(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATTATAGATCTAAG
SmilChr02G002746 Chr02 NC_080388.1:47446242-47446256promoter 内 2083-2097 bp + 1904 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 47442827-47444338(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CAGAGATCTAAATGC
SmilChr01G000260 Chr01 NC_080387.1:5026046-5026060promoter 内 1897-1911 bp + 2090 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 5022327-5023956(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTTAGATCTAGCAAC
SmilChr03G000337 Chr03 NC_080389.1:3818562-3818576promoter 内 1763-1777 bp - 2224 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 3820800-3827343(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCCAAATC
SmilChr01G001313 Chr01 NC_080387.1:26111932-26111946promoter 内 1651-1665 bp + 2336 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 26102816-26109596(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTCAAATT
SmilChr02G004643 Chr02 NC_080388.1:68873560-68873574promoter 内 1636-1650 bp + 2351 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 68869654-68871209(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GACAGATCTGCATTT
SmilChr05G001340 Chr05 NC_080391.1:11813551-11813565promoter 内 1573-1587 bp - 2414 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 11815979-11817212(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTATTGTT
SmilChr02G000185 Chr02 NC_080388.1:2340373-2340387promoter 内 1572-1586 bp - 2415 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 2336804-2337958(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATGGTGGATCTGAG
SmilChr05G001336 Chr05 NC_080391.1:11759303-11759317promoter 内 1553-1567 bp - 2434 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 11761751-11762999(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACAGATCTCGATCA
SmilChr04G000598 Chr04 NC_080390.1:6741262-6741276promoter 内 1478-1492 bp + 2509 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 6743785-6745013(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTGCCAGATCTGCA
SmilChr02G005531 Chr02 NC_080388.1:75369997-75370011promoter 内 1471-1485 bp - 2516 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 75364076-75367481(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACACTAGATCTCAT
SmilChr04G001281 Chr04 NC_080390.1:20411862-20411876promoter 内 1466-1480 bp + 2521 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 20408629-20409341(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTTAGATCTATAATT
SmilChr02G003171 Chr02 NC_080388.1:52747833-52747847promoter 内 1450-1464 bp - 2537 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 52745190-52745296(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGTCCTAGATCTGTA
SmilChr03G002066 Chr03 NC_080389.1:31526545-31526559promoter 内 1264-1278 bp - 2723 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 31529282-31530244(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTTAGATCTAGCAAC
SmilChr03G002934 Chr03 NC_080389.1:46074265-46074279promoter 内 1261-1275 bp + 2726 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 46077005-46079177(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGAACTAGATCTTCA
SmilChr04G003194 Chr04 NC_080390.1:48682757-48682771promoter 内 1143-1157 bp + 2844 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 48677946-48679913(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATTTGGATAT
SmilChr02G001140 Chr02 NC_080388.1:20581438-20581452promoter 内 1090-1104 bp - 2897 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 20584349-20594367(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TACAGATCTGTATAT
SmilChr05G001466 Chr05 NC_080391.1:13428723-13428737promoter 内 1086-1100 bp - 2901 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 13431638-13435388(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGGAGATCTAGATTA
SmilChr03G004129 Chr03 NC_080389.1:60124983-60124997promoter 内 1071-1085 bp - 2916 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 60127913-60132164(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCTAGATCTATACCA
SmilChr01G005420 Chr01 NC_080387.1:71405081-71405095promoter 内 1033-1047 bp + 2954 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 71399457-71402127(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCGGGATCTAGATCA
SmilChr04G001618 Chr04 NC_080390.1:26968811-26968825promoter 内 999-1013 bp - 2988 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 26954229-26965823(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GACTCGGGATCTGAC
SmilChr01G003670 Chr01 NC_080387.1:55132257-55132271promoter 内 914-928 bp + 3073 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 55135344-55138558(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAGACTAGATCTAGC
SmilChr02G002191 Chr02 NC_080388.1:39142919-39142933promoter 内 912-926 bp + 3075 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 39136070-39139844(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTAAAAAG
SmilChr02G005133 Chr02 NC_080388.1:72775824-72775838promoter 内 892-906 bp + 3095 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 72778933-72781542(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACTACAGATCTGCT
SmilChr01G003427 Chr01 NC_080387.1:52935500-52935514promoter 内 839-853 bp + 3148 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 52929091-52932352(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTATCTAT
SmilChr01G000930 Chr01 NC_080387.1:19684308-19684322promoter 内 836-850 bp + 3151 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 19677595-19681157(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTTAGATCTATAATT
SmilChr04G002063 Chr04 NC_080390.1:33371677-33371691promoter 内 798-812 bp + 3189 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 33367761-33368488(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTCATCCA
SmilChr04G000581 Chr04 NC_080390.1:6459853-6459867promoter 内 791-805 bp - 3196 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 6463063-6464878(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCAATCTG
SmilChr01G003495 Chr01 NC_080387.1:53557309-53557323promoter 内 762-776 bp + 3225 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 53550772-53554084(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTATCTAT
SmilChr04G002612 Chr04 NC_080390.1:41546491-41546505promoter 内 707-721 bp - 3280 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 41542222-41543211(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATTGTAGATCTGGC
SmilChr04G002986 Chr04 NC_080390.1:46274053-46274067promoter 内 615-629 bp - 3372 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 46266040-46270681(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGAGAGGGATCTGAG
SmilChr01G004690 Chr01 NC_080387.1:64957213-64957227promoter 内 566-580 bp + 3421 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 64934331-64953792(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCCAGATCTAATAGC