转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003367; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001784-RA_Salv SmilChr04G003367 MYB XP_057804957.1 MP00191 ATTAACCTTATCCTC

可能结合的靶基因

9690 个结合位点 6736 个候选靶基因 第 71 / 135 下载 TSV

上一页 71 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005680 Chr01 NC_080387.1:73075452-73075466promoter 内 2261-2275 bp + 1726 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 73072286-73073726(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAGGATAAGAAGAGG
SmilChr01G001853 Chr01 NC_080387.1:33472321-33472335promoter 内 2141-2155 bp - 1846 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 33467816-33470475(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCTTATCTTATCCTG
SmilChr02G001536 Chr02 NC_080388.1:28601258-28601272promoter 内 1758-1772 bp + 2229 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 28603501-28604426(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAAACTCTTATCCAA
SmilChr02G001533 Chr02 NC_080388.1:28601258-28601272promoter 内 1754-1768 bp + 2233 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 28598548-28599025(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGAGTTTG
SmilChr01G002843 Chr01 NC_080387.1:47004508-47004522promoter 内 1724-1738 bp + 2263 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 46996758-47002245(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTAGATAAGGGAGGA
SmilChr01G001917 Chr01 NC_080387.1:34310869-34310883promoter 内 1486-1500 bp - 2501 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 34313384-34317252(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGAGATAAGGTACAT
SmilChr01G001873 Chr01 NC_080387.1:33754177-33754191promoter 内 1450-1464 bp - 2537 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 33756728-33760494(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGAGATAAGGTACAT
SmilChr02G001184 Chr02 NC_080388.1:21759875-21759889promoter 内 1450-1464 bp + 2537 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 21756307-21757338(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGAGATAAGGAAGTT
SmilChr02G001185 Chr02 NC_080388.1:21765291-21765305promoter 内 1450-1464 bp + 2537 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 21761723-21762754(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGAGATAAGGAAGTT
SmilChr02G001093 Chr02 NC_080388.1:19695572-19695586promoter 内 1075-1089 bp + 2912 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 19698498-19699654(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GACGACGTTATCCTA
SmilChr03G000273 Chr03 NC_080389.1:3122075-3122089promoter 内 560-574 bp - 3427 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 3115970-3118648(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTATTGTTATCCTT
SmilChr01G005490 Chr01 NC_080387.1:71827403-71827417promoter 内 422-436 bp + 3565 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 71830982-71831763(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTCTTCCTTATCAAA
SmilChr03G000832 Chr03 NC_080389.1:9559184-9559198promoter 内 399-413 bp + 3588 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 9548359-9555596(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGGGATAAGAAATTG
SmilChr02G000854 Chr02 NC_080388.1:14551580-14551594promoter 内 384-398 bp + 3603 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 14546214-14547977(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAACAATCAA
SmilChr02G002172 Chr02 NC_080388.1:38954557-38954571promoter 内 329-343 bp - 3658 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 38948107-38950899(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTCTCGTTATCCTT
SmilChr01G003138 Chr01 NC_080387.1:50170543-50170557promoter 内 33-47 bp - 3954 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 50165129-50166589(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAAACTCTTATCCAA
SmilChr01G000801 Chr01 NC_080387.1:17291564-17291578promoter 内 3960-3974 bp - 27 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 17291605-17295058(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATGATAAGGTATAA
SmilChr01G000753 Chr01 NC_080387.1:16612326-16612340promoter 内 3900-3914 bp + 87 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 16608795-16612239(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATGATAAGGTATAA
SmilChr02G001535 Chr02 NC_080388.1:28601258-28601272promoter 内 3879-3893 bp + 108 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 28601380-28601452(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAAACTCTTATCCAA
SmilChr01G001989 Chr01 NC_080387.1:35318485-35318499promoter 内 3790-3804 bp - 197 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 35312795-35318288(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTAACCTTATCAAG
SmilChr02G003334 Chr02 NC_080388.1:54579090-54579104promoter 内 3790-3804 bp - 197 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 54579301-54582613(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGGATAAGAGTAGT
SmilChr01G003014 Chr01 NC_080387.1:49172511-49172525promoter 内 3748-3762 bp + 239 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 49172764-49176736(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TATTTTCTTATCCCA
SmilChr02G004967 Chr02 NC_080388.1:71575659-71575673promoter 内 3700-3714 bp - 287 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 71575960-71577118(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATGATAAGGTCGAA
SmilChr01G003955 Chr01 NC_080387.1:57926146-57926160promoter 内 3635-3649 bp + 352 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 57926512-57928904(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGATTTCTTATCCAA
SmilChr01G001351 Chr01 NC_080387.1:26788504-26788518promoter 内 3615-3629 bp + 372 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 26788890-26794211(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTATATCTTATCCCT
SmilChr02G002215 Chr02 NC_080388.1:39384141-39384155promoter 内 3573-3587 bp + 414 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 39381185-39383727(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGAGTATT
SmilChr03G002138 Chr03 NC_080389.1:33317880-33317894promoter 内 3484-3498 bp - 503 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 33314936-33317377(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACGAATATTATCCTC
SmilChr03G001190 Chr03 NC_080389.1:13702470-13702484promoter 内 3479-3493 bp - 508 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 13699601-13701962(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACGAATATTATCCTC
SmilChr03G000938 Chr03 NC_080389.1:10672498-10672512promoter 内 3428-3442 bp - 559 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 10673071-10674949(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGGGATAAGAAATTG
SmilChr03G001189 Chr03 NC_080389.1:13691684-13691698promoter 内 3418-3432 bp - 569 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 13688763-13691115(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACGAATATTATCCTC
SmilChr01G001436 Chr01 NC_080387.1:28031435-28031449promoter 内 3352-3366 bp - 635 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 28030640-28030800(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGAGATCTTATCCAA
SmilChr01G005423 Chr01 NC_080387.1:71419110-71419124promoter 内 3313-3327 bp - 674 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 71415456-71418436(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCCGACCTTATCTCT
SmilChr02G000963 Chr02 NC_080388.1:16784466-16784480promoter 内 3196-3210 bp - 791 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 16785271-16786344(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAATATTTAG
SmilChr01G005974 Chr01 NC_080387.1:75402863-75402877promoter 内 3157-3171 bp + 830 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 75403707-75413345(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGATTTCTTATCCTT
SmilChr02G004266 Chr02 NC_080388.1:64872716-64872730promoter 内 3080-3094 bp + 907 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 64873637-64876958(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAACTCCTTATCTCT
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SmilChr01G001997 Chr01 NC_080387.1:35430980-35430994promoter 内 1875-1889 bp - 2112 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 35433106-35441187(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATATGGATATA