转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004408; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011278-RA_Salv SmilChr08G004408 MYB XP_057780613.1 MP00114 AAGTTGGTAGGTGAG

可能结合的靶基因

9897 个结合位点 8151 个候选靶基因 第 71 / 164 下载 TSV

上一页 71 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G002535 Chr08 NC_080394.1:24596300-24596314promoter 内 454-468 bp + 3533 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 24599847-24605088(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTTTGGTAGGTTGA
SmilChr08G002078 Chr08 NC_080394.1:18686592-18686606promoter 内 398-412 bp + 3589 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 18678957-18683003(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACCGCCCT
SmilChr06G003080 Chr06 NC_080392.1:43691378-43691392promoter 内 379-393 bp + 3608 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 43683506-43687770(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCAACCTACCTTCTA
SmilChr07G003062 Chr07 NC_080393.1:32008916-32008930promoter 内 331-345 bp + 3656 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 32012586-32014209(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GACGGAGTAGGTGAG
SmilChr06G000900 Chr06 NC_080392.1:8499231-8499245promoter 内 325-339 bp + 3662 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 8491170-8495569(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCAACCTACCAAGTT
SmilChr08G001238 Chr08 NC_080394.1:9906570-9906584promoter 内 287-301 bp - 3700 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 9910284-9910355(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTACCTACCTCAGT
SmilChr02G002259 Chr02 NC_080388.1:40029027-40029041promoter 内 254-268 bp + 3733 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 40022937-40025294(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCAACCTACCCACCG
SmilChr01G005464 Chr01 NC_080387.1:71638207-71638221promoter 内 248-262 bp + 3739 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 71641960-71651010(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTTGGGTAGGTGTA
SmilChr01G000745 Chr01 NC_080387.1:16468551-16468565promoter 内 198-212 bp + 3789 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 16472354-16473132(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CAGGAAGTAGGTGAA
SmilChr01G004939 Chr01 NC_080387.1:67499895-67499909promoter 内 160-174 bp - 3827 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 67503736-67512271(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTAACCTACCACTTG
SmilChr08G001782 Chr08 NC_080394.1:15022965-15022979promoter 内 103-117 bp + 3884 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 15026863-15027974(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGTGGGGTAGGTGTC
SmilChr04G000929 Chr04 NC_080390.1:12093902-12093916promoter 内 72-86 bp + 3915 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 12097831-12098751(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGTGGGGTAGGTGTC
SmilChr01G002695 Chr01 NC_080387.1:45207781-45207795promoter 内 70-84 bp - 3917 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 45211712-45216382(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CATACCTACCACATG
SmilChr06G003181 Chr06 NC_080392.1:44730235-44730249promoter 内 59-73 bp + 3928 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 44734177-44735323(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTATAGTAGGTGGA
SmilChr07G000498 Chr07 NC_080393.1:3475433-3475447promoter 内 33-47 bp + 3954 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 3479401-3481943(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGTGGGGTAGGTGTC
SmilChr02G003210 Chr02 NC_080388.1:53279396-53279410promoter 内 2740-2754 bp + 1247 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 3 53280657-53285286(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GATTTAGTAGGTGTG
SmilChr03G000291 Chr03 NC_080389.1:3332881-3332895promoter 内 842-856 bp - 3145 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 3 3328708-3329736(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTTCTGGTAGGTGTA
SmilChr01G005594 Chr01 NC_080387.1:72573250-72573264promoter 内 3398-3412 bp + 589 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 72573853-72574621(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GATGTGGTAGGTCGG
SmilChr01G001373 Chr01 NC_080387.1:27057402-27057416promoter 内 2910-2924 bp + 1077 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 27058493-27061257(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CGTAGAGTAGGTGGG
SmilChr05G000867 Chr05 NC_080391.1:6864198-6864212promoter 内 2713-2727 bp - 1274 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 6865486-6866897(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACTTTTAC
SmilChr03G000471 Chr03 NC_080389.1:5029933-5029947promoter 内 2596-2610 bp - 1391 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 5025100-5028542(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGCGTAGTAGGTGGC
SmilChr07G000619 Chr07 NC_080393.1:4199263-4199277promoter 内 2566-2580 bp - 1421 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 4196273-4197842(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GATTTAGTAGGTGGC
SmilChr01G002512 Chr01 NC_080387.1:43024047-43024061promoter 内 2121-2135 bp - 1866 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 43025927-43027437(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACTTTTAC
SmilChr07G001594 Chr07 NC_080393.1:13222421-13222435promoter 内 2040-2054 bp + 1947 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 13217975-13220474(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCAACCTACCTTATA
SmilChr01G005161 Chr01 NC_080387.1:69387400-69387414promoter 内 1807-1821 bp + 2180 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 69381428-69385220(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CGAACCTACCATCTC
SmilChr02G004408 Chr02 NC_080388.1:66405359-66405373promoter 内 1786-1800 bp - 2201 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 66401834-66403158(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CAGTGGGTAGGTGAT
SmilChr03G000250 Chr03 NC_080389.1:2941816-2941830promoter 内 1581-1595 bp - 2406 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 2944236-2951268(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACCTGGAG
SmilChr08G000900 Chr08 NC_080394.1:6676978-6676992promoter 内 1539-1553 bp - 2448 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 6679440-6682982(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACTTTTAC
SmilChr08G001767 Chr08 NC_080394.1:14890489-14890503promoter 内 1224-1238 bp - 2763 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 14880301-14887726(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGAGAGGTAGGTTGA
SmilChr07G000625 Chr07 NC_080393.1:4224689-4224703promoter 内 1154-1168 bp - 2833 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 4227536-4227606(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCAACTACCAATCT
SmilChr07G000924 Chr07 NC_080393.1:6579526-6579540promoter 内 1023-1037 bp - 2964 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 6582504-6582613(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACTTTTAC
SmilChr07G000118 Chr07 NC_080393.1:659746-659760promoter 内 526-540 bp + 3461 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 663221-665376(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTAAAAGTAGGTGAG
SmilChr01G005715 Chr01 NC_080387.1:73362762-73362776promoter 内 422-436 bp - 3565 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 73356046-73359197(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTTGGGTAGGTGCA
SmilChr07G003305 Chr07 NC_080393.1:35047085-35047099promoter 内 105-119 bp - 3882 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 35050981-35054963(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTTAACTACCAACTT
SmilChr05G002807 Chr05 NC_080391.1:32860723-32860737promoter 内 3965-3979 bp + 22 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 32860759-32862901(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAGTCAGTAGGTGGG
SmilChr08G002221 Chr08 NC_080394.1:20212526-20212540promoter 内 3919-3933 bp + 68 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 20212608-20213448(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TAGATAGTAGGTGTG
SmilChr03G002535 Chr03 NC_080389.1:40424920-40424934promoter 内 3881-3895 bp + 106 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 40425040-40425946(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGGCAGGTAGGTTAG
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