转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G001516; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00019310-RA_Salv SmilChr01G001516 bZIP XP_057803325.1 MP00648 ACACGTGG

可能结合的靶基因

9939 个结合位点 6170 个候选靶基因 第 72 / 124 下载 TSV

上一页 72 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G004288 Chr05 NC_080391.1:56661310-56661317promoter 内 2991-2998 bp + 1003 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 56662320-56668544(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr05G003623 Chr05 NC_080391.1:48410109-48410116promoter 内 2987-2994 bp - 1007 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 48407938-48409102(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr04G000925 Chr04 NC_080390.1:12072550-12072557promoter 内 2985-2992 bp + 1009 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 12073566-12076750(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr01G001273 Chr01 NC_080387.1:25425798-25425805promoter 内 2975-2982 bp - 1019 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 25418890-25424779(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr01G005384 Chr01 NC_080387.1:71124343-71124350promoter 内 2973-2980 bp - 1021 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 71121235-71123322(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr01G004370 Chr01 NC_080387.1:61897644-61897651promoter 内 2971-2978 bp + 1023 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 61898674-61900356(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr05G000826 Chr05 NC_080391.1:6484539-6484546promoter 内 2969-2976 bp + 1025 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 6485571-6485642(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr02G000896 Chr02 NC_080388.1:15405791-15405798promoter 内 2964-2971 bp - 1030 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 15400707-15404761(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr03G003513 Chr03 NC_080389.1:53739440-53739447promoter 内 2962-2969 bp - 1032 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 53734229-53738408(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr05G000312 Chr05 NC_080391.1:2351652-2351659promoter 内 2961-2968 bp + 1033 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 2352692-2356102(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr02G004682 Chr02 NC_080388.1:69140021-69140028promoter 内 2953-2960 bp - 1041 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 69138544-69138980(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr02G002224 Chr02 NC_080388.1:39558998-39559005promoter 内 2942-2949 bp - 1052 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 39556098-39557946(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr02G005142 Chr02 NC_080388.1:72833346-72833353promoter 内 2938-2945 bp - 1056 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 72830020-72832290(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr02G000474 Chr02 NC_080388.1:6505473-6505480promoter 内 2920-2927 bp - 1074 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 6502083-6504399(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr05G001436 Chr05 NC_080391.1:13101731-13101738promoter 内 2917-2924 bp - 1077 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 13098022-13100654(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr05G003978 Chr05 NC_080391.1:53562343-53562350promoter 内 2888-2895 bp + 1106 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 53563456-53566223(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr03G002536 Chr03 NC_080389.1:40426624-40426631promoter 内 2884-2891 bp + 1110 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 40427741-40428405(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr02G005049 Chr02 NC_080388.1:72221576-72221583promoter 内 2880-2887 bp + 1114 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 72222697-72225713(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr01G000900 Chr01 NC_080387.1:19061884-19061891promoter 内 2878-2885 bp + 1116 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 19063007-19063716(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr01G002166 Chr01 NC_080387.1:37729040-37729047promoter 内 2870-2877 bp + 1124 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 37730171-37731070(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr05G002301 Chr05 NC_080391.1:24846244-24846251promoter 内 2870-2877 bp - 1124 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 24833630-24845120(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr03G004424 Chr03 NC_080389.1:62400197-62400204promoter 内 2861-2868 bp - 1133 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 62396982-62399064(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr02G002386 Chr02 NC_080388.1:41793105-41793112promoter 内 2860-2867 bp + 1134 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 41794246-41799827(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr02G001899 Chr02 NC_080388.1:34279004-34279011promoter 内 2858-2865 bp + 1136 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 34280147-34282700(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr03G004320 Chr03 NC_080389.1:61572182-61572189promoter 内 2848-2855 bp - 1146 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 61565931-61571036(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr03G001780 Chr03 NC_080389.1:24312431-24312438promoter 内 2845-2852 bp - 1149 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 24309724-24311282(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr03G004502 Chr03 NC_080389.1:63124021-63124028promoter 内 2835-2842 bp + 1159 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 63125187-63126134(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr01G000750 Chr01 NC_080387.1:16574689-16574696promoter 内 2827-2834 bp + 1167 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 16575863-16581141(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr01G005146 Chr01 NC_080387.1:69246519-69246526promoter 内 2825-2832 bp + 1169 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 69247695-69250544(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr04G000593 Chr04 NC_080390.1:6615477-6615484promoter 内 2823-2830 bp + 1171 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 6616655-6632838(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr02G004473 Chr02 NC_080388.1:67116559-67116566promoter 内 2820-2827 bp + 1174 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 67117740-67120938(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr06G000415 Chr06 NC_080392.1:3445808-3445815promoter 内 2806-2813 bp - 1188 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 3435914-3444620(-) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr03G003107 Chr03 NC_080389.1:48205378-48205385promoter 内 2804-2811 bp + 1190 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 48206575-48209756(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr01G000175 Chr01 NC_080387.1:2851009-2851016promoter 内 2801-2808 bp + 1193 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 2852209-2853163(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr03G004073 Chr03 NC_080389.1:59691017-59691024promoter 内 2798-2805 bp + 1196 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 59692220-59697900(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
SmilChr07G000815 Chr07 NC_080393.1:5742143-5742150promoter 内 2797-2804 bp + 1197 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 5743347-5748440(+) SMil_00019310-RA_Salv MP00648 ACACGTGT
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