转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004447; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027346-RA_Salv SmilChr02G004447 HD-ZIP XP_057797242.1 MP00200 AAAAGTAATGATTAC

可能结合的靶基因

9930 个结合位点 6661 个候选靶基因 第 72 / 134 下载 TSV

上一页 72 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001101 Chr01 NC_080387.1:22527619-22527633promoter 内 1178-1192 bp + 2809 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 22530442-22532019(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAGTGTAATGATAAT
SmilChr03G001426 Chr03 NC_080389.1:16903900-16903914promoter 内 1053-1067 bp + 2934 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 16900895-16900966(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTACACTT
SmilChr02G003361 Chr02 NC_080388.1:54739628-54739642promoter 内 1036-1050 bp - 2951 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 54742593-54743716(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTTTTACC
SmilChr03G000006 Chr03 NC_080389.1:90592-90606promoter 内 937-951 bp + 3050 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 85191-87542(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATCATTTAA
SmilChr02G005496 Chr02 NC_080388.1:75118872-75118886promoter 内 878-892 bp - 3109 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 75121995-75125320(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTATATGA
SmilChr02G003964 Chr02 NC_080388.1:61798197-61798211promoter 内 675-689 bp + 3312 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 61791360-61794885(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTACACTT
SmilChr02G004308 Chr02 NC_080388.1:65450834-65450848promoter 内 349-363 bp - 3638 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 65454486-65460577(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CCCATCATTATATAA
SmilChr01G001119 Chr01 NC_080387.1:22829370-22829384promoter 内 294-308 bp + 3693 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 22823266-22825677(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTACACTT
SmilChr03G002157 Chr03 NC_080389.1:33574310-33574324promoter 内 3947-3961 bp + 40 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 33566471-33574270(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATAATTACTTTT
SmilChr02G000823 Chr02 NC_080388.1:13851342-13851356promoter 内 3945-3959 bp + 42 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 13851398-13852798(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAGTGTAATGATAAT
SmilChr02G001708 Chr02 NC_080388.1:31429958-31429972promoter 内 3871-3885 bp - 116 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 31428694-31429842(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TATAGTAATGATAAT
SmilChr01G003783 Chr01 NC_080387.1:56216606-56216620promoter 内 3789-3803 bp - 198 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 56216818-56219149(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTACACTT
SmilChr02G005313 Chr02 NC_080388.1:74018281-74018295promoter 内 3751-3765 bp + 236 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 74015848-74018045(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATCATAGCA
SmilChr01G000316 Chr01 NC_080387.1:6118404-6118418promoter 内 3655-3669 bp + 332 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 6116304-6118072(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCAATCATTGGTTTT
SmilChr03G000078 Chr03 NC_080389.1:948672-948686promoter 内 3630-3644 bp + 357 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 945320-948315(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTACACTT
SmilChr02G000180 Chr02 NC_080388.1:2300301-2300315promoter 内 3612-3626 bp + 375 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 2300690-2304986(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAGTGTAATGATAAT
SmilChr01G004764 Chr01 NC_080387.1:65834742-65834756promoter 内 3610-3624 bp - 377 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 65835133-65838194(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTTCACTT
SmilChr03G001019 Chr03 NC_080389.1:11717026-11717040promoter 内 3601-3615 bp + 386 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 11717426-11718501(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTACTAATGATGGG
SmilChr03G002822 Chr03 NC_080389.1:44711341-44711355promoter 内 3579-3593 bp - 408 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 44709761-44710933(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAGTGTAATGATAAT
SmilChr02G002933 Chr02 NC_080388.1:49832511-49832525promoter 内 3569-3583 bp + 418 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 49827147-49832093(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTACACTT
SmilChr01G005726 Chr01 NC_080387.1:73408599-73408613promoter 内 3477-3491 bp + 510 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 73409123-73409703(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAGTGTAATGATAAT
SmilChr02G003573 Chr02 NC_080388.1:56894540-56894554promoter 内 3453-3467 bp + 534 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 56895088-56900158(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAGTGTAATGATAAT
SmilChr02G003085 Chr02 NC_080388.1:51753196-51753210promoter 内 3426-3440 bp + 561 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 51753771-51754938(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTTGGTAATGATAAT
SmilChr02G001157 Chr02 NC_080388.1:21111718-21111732promoter 内 3347-3361 bp - 640 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 21112372-21115555(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTACACTT
SmilChr02G002257 Chr02 NC_080388.1:40005368-40005382promoter 内 3310-3324 bp - 677 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 40006059-40006637(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTACACTT
SmilChr01G004901 Chr01 NC_080387.1:67081122-67081136promoter 内 3267-3281 bp - 720 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 67081856-67085121(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTACACTT
SmilChr02G005271 Chr02 NC_080388.1:73791181-73791195promoter 内 3225-3239 bp + 762 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 73786059-73790419(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTACACTT
SmilChr01G001585 Chr01 NC_080387.1:29869149-29869163promoter 内 3221-3235 bp + 766 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 29867004-29868383(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACCATCATTAAATTC
SmilChr03G002470 Chr03 NC_080389.1:39174180-39174194promoter 内 3220-3234 bp + 767 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 39174961-39175034(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAGTGTAATGATAAT
SmilChr02G000062 Chr02 NC_080388.1:775669-775683promoter 内 3201-3215 bp + 786 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 776469-779675(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAGTGTAATGATAAT
SmilChr03G002548 Chr03 NC_080389.1:40656834-40656848promoter 内 3161-3175 bp - 826 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 40648123-40656008(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAGTGTAATGATAAT
SmilChr02G004456 Chr02 NC_080388.1:66975178-66975192promoter 内 3119-3133 bp - 868 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 66976060-66978911(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTACACTT
SmilChr03G002471 Chr03 NC_080389.1:39174180-39174194promoter 内 3115-3129 bp + 872 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 39175066-39178152(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAGTGTAATGATAAT
SmilChr01G002816 Chr01 NC_080387.1:46722657-46722671promoter 内 3103-3117 bp - 884 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 46723555-46729059(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATAATTACTTCC
SmilChr02G001925 Chr02 NC_080388.1:34666796-34666810promoter 内 3081-3095 bp - 906 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 34667716-34670849(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACAATCATTATAGTA
SmilChr01G006028 Chr01 NC_080387.1:75839415-75839429promoter 内 3037-3051 bp + 950 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 75837700-75838465(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATAATTACTTTT
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SmilChr02G001905 Chr02 NC_080388.1:34348481-34348495promoter 内 3002-3016 bp - 985 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 34345531-34347496(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAGGGTAATGATGTT
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