转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004708; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00017834-RA_Salv SmilChr01G004708 WRKY XP_057787833.1 MP00251 AACGTTGACTTTTTT

可能结合的靶基因

9713 个结合位点 6140 个候选靶基因 第 73 / 123 下载 TSV

上一页 73 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002233 Chr01 NC_080387.1:38811484-38811498promoter 内 797-811 bp + 3190 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 38807842-38808294(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CCATAAGTCAACCTA
SmilChr02G004360 Chr02 NC_080388.1:65884640-65884654promoter 内 788-802 bp - 3199 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 65880094-65881441(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AAAGTTGACTTGTGA
SmilChr02G003914 Chr02 NC_080388.1:61238484-61238498promoter 内 765-779 bp - 3222 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 61234002-61235262(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TTTTTTGACTTGGTT
SmilChr01G005054 Chr01 NC_080387.1:68479165-68479179promoter 内 710-724 bp - 3277 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 68474427-68475888(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ATACTTGACTTGTTC
SmilChr01G003899 Chr01 NC_080387.1:57277283-57277297promoter 内 697-711 bp + 3290 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 57280587-57285754(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GTATTTGACTTTTAT
SmilChr01G005446 Chr01 NC_080387.1:71553962-71553976promoter 内 605-619 bp + 3382 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 71546333-71550580(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CTAAAAGTCAATCCT
SmilChr01G001868 Chr01 NC_080387.1:33674838-33674852promoter 内 596-610 bp - 3391 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 33678243-33680006(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GGAGAAGTCAAGAAA
SmilChr01G004628 Chr01 NC_080387.1:64336203-64336217promoter 内 590-604 bp + 3397 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 64329989-64332806(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AAAGAAGTCAAGCAC
SmilChr01G005441 Chr01 NC_080387.1:71517981-71517995promoter 内 552-566 bp + 3435 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 71521430-71523973(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CAGGTTGACTTAGTT
SmilChr01G003888 Chr01 NC_080387.1:57194860-57194874promoter 内 541-555 bp - 3446 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 57198320-57204154(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GGCGAAGTCAAGATT
SmilChr01G001127 Chr01 NC_080387.1:22867657-22867671promoter 内 508-522 bp - 3479 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 22871150-22872813(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GCTAAAGTCAAACCT
SmilChr02G002957 Chr02 NC_080388.1:50098066-50098080promoter 内 486-500 bp - 3501 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 50101581-50105146(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ACAACAGTCAACCAA
SmilChr01G004226 Chr01 NC_080387.1:60637517-60637531promoter 内 473-487 bp + 3514 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 60631906-60634003(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TCACAAGTCAACTTT
SmilChr02G001307 Chr02 NC_080388.1:24315097-24315111promoter 内 460-474 bp + 3527 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 24318638-24321474(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CACTTTGACTTATTA
SmilChr01G002968 Chr01 NC_080387.1:48575572-48575586promoter 内 456-470 bp - 3531 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 48568564-48572041(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GGTCTTGACTTTAGA
SmilChr01G003185 Chr01 NC_080387.1:50604725-50604739promoter 内 454-468 bp + 3533 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 50608272-50610918(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TCGATTGACTTTCTG
SmilChr01G001912 Chr01 NC_080387.1:34263336-34263350promoter 内 423-437 bp - 3564 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 34266914-34268749(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GGAGAAGTCAAGAAA
SmilChr01G000505 Chr01 NC_080387.1:10228169-10228183promoter 内 382-396 bp + 3605 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 10222400-10224564(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GCGGTGGTCAACGGT
SmilChr02G002524 Chr02 NC_080388.1:43918174-43918188promoter 内 325-339 bp - 3662 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 43921850-43925405(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AAAAAAGTCAATCAA
SmilChr01G003633 Chr01 NC_080387.1:54851381-54851395promoter 内 319-333 bp - 3668 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 54855063-54856789(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TAGAAAGTCAAACAA
SmilChr01G005777 Chr01 NC_080387.1:73880170-73880184promoter 内 290-304 bp + 3697 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 73883881-73885272(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TGCGTTGACTTCAAT
SmilChr01G001614 Chr01 NC_080387.1:30270664-30270678promoter 内 174-188 bp - 3813 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 30274491-30275147(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AACCAAGTCAAAAAA
SmilChr01G000206 Chr01 NC_080387.1:3591415-3591429promoter 内 157-171 bp + 3830 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 3595259-3598970(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GTTATTGACTTTTAA
SmilChr02G003552 Chr02 NC_080388.1:56703294-56703308promoter 内 156-170 bp + 3831 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 56694510-56699463(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TTGAAAGTCAAACCT
SmilChr01G002339 Chr01 NC_080387.1:40570373-40570387promoter 内 16-30 bp + 3971 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 40562384-40566402(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GGACAAGTCAAATTT
SmilChr01G002722 Chr01 NC_080387.1:45560876-45560890promoter 内 1635-1649 bp - 2352 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 7 45563242-45575353(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TTAAAAGTCAAAATG
SmilChr01G001378 Chr01 NC_080387.1:27154417-27154431promoter 内 1280-1294 bp - 2707 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 6 27147069-27151710(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GGGCTTGACTTGACT
SmilChr02G002175 Chr02 NC_080388.1:38974060-38974074promoter 内 3055-3069 bp + 932 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 4 38975006-38978265(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TTTATTGACTTTGTT
SmilChr01G005807 Chr01 NC_080387.1:74110876-74110890promoter 内 3907-3921 bp - 80 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 74109394-74110796(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AATATTGACTTTTGG
SmilChr02G001011 Chr02 NC_080388.1:17863736-17863750promoter 内 3430-3444 bp + 557 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 17864307-17865524(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CTAGTTGACTTTGAA
SmilChr02G004386 Chr02 NC_080388.1:66200701-66200715promoter 内 2388-2402 bp + 1599 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 66202314-66205202(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GCAGTTGACTCTGGC
SmilChr02G000404 Chr02 NC_080388.1:5006103-5006117promoter 内 2204-2218 bp + 1783 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 5007900-5010738(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AGTTTTGACTTTATT
SmilChr01G005806 Chr01 NC_080387.1:74110876-74110890promoter 内 1828-1842 bp - 2159 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 74108120-74108717(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AATATTGACTTTTGG
SmilChr02G003645 Chr02 NC_080388.1:57825773-57825787promoter 内 1235-1249 bp + 2752 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 57804805-57823021(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CTGAAAGTCAAACTT
SmilChr01G004517 Chr01 NC_080387.1:63297113-63297127promoter 内 686-700 bp - 3301 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 63300428-63304872(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AAAAAAGTCAAATTA
SmilChr02G004698 Chr02 NC_080388.1:69306550-69306564promoter 内 521-535 bp - 3466 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 69299539-69303084(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GAACTTGACTTGTCA
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