转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G002953; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011004-RA_Salv SmilChr04G002953 ARF XP_057809314.1 MP00033 TTTGTCGGC

可能结合的靶基因

9827 个结合位点 7406 个候选靶基因 第 73 / 149 下载 TSV

上一页 73 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003526 Chr01 NC_080387.1:53891644-53891652promoter 内 2323-2331 bp - 1670 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 53893322-53895242(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ACCGACAAG
SmilChr04G001123 Chr04 NC_080390.1:16280627-16280635promoter 内 2313-2321 bp - 1680 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 16282315-16283636(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ACCGACAAG
SmilChr01G004325 Chr01 NC_080387.1:61409558-61409566promoter 内 2274-2282 bp - 1719 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 61404681-61407839(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CTTGTCGGT
SmilChr04G001294 Chr04 NC_080390.1:20594135-20594143promoter 内 2272-2280 bp - 1721 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 20595864-20598033(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACACA
SmilChr01G001703 Chr01 NC_080387.1:31471650-31471658promoter 内 2267-2275 bp - 1726 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 31473384-31473543(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACACA
SmilChr03G004033 Chr03 NC_080389.1:59324844-59324852promoter 内 2207-2215 bp + 1786 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 59326638-59331213(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CTTGTCGGT
SmilChr04G001571 Chr04 NC_080390.1:26061113-26061121promoter 内 2149-2157 bp - 1844 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 26062965-26070875(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ACCGACAAG
SmilChr04G001195 Chr04 NC_080390.1:18304636-18304644promoter 内 2121-2129 bp - 1872 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 18300691-18302764(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CTTGTCGGT
SmilChr01G003054 Chr01 NC_080387.1:49473092-49473100promoter 内 2077-2085 bp + 1916 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 49471092-49471176(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACACA
SmilChr02G001398 Chr02 NC_080388.1:26563133-26563141promoter 内 2073-2081 bp - 1920 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 26565061-26567269(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACACA
SmilChr01G005960 Chr01 NC_080387.1:75319356-75319364promoter 内 2071-2079 bp - 1922 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 75321286-75324063(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACACA
SmilChr04G002648 Chr04 NC_080390.1:41841242-41841250promoter 内 2049-2057 bp + 1944 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 41843194-41845852(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TGTGTCGGC
SmilChr03G003806 Chr03 NC_080389.1:57135097-57135105promoter 内 2003-2011 bp - 1990 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 57130065-57133107(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CTTGTCGGT
SmilChr02G002656 Chr02 NC_080388.1:45999228-45999236promoter 内 1998-2006 bp + 1995 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 45994844-45997233(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACACA
SmilChr02G000752 Chr02 NC_080388.1:12268453-12268461promoter 内 1986-1994 bp - 2007 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 12265035-12266446(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TGTGTCGGC
SmilChr04G001844 Chr04 NC_080390.1:29997040-29997048promoter 内 1964-1972 bp + 2029 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 29999077-30005186(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CTTGTCGGT
SmilChr04G001879 Chr04 NC_080390.1:30701034-30701042promoter 内 1936-1944 bp - 2057 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 30698489-30698977(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CTTGTCGGT
SmilChr01G003053 Chr01 NC_080387.1:49473092-49473100promoter 内 1923-1931 bp + 2070 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 49470939-49471022(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACACA
SmilChr01G005917 Chr01 NC_080387.1:75004113-75004121promoter 内 1897-1905 bp - 2096 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 75006217-75008694(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACACA
SmilChr02G004658 Chr02 NC_080388.1:68992291-68992299promoter 内 1894-1902 bp - 2099 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 68989181-68990192(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TGTGTCGGC
SmilChr02G002470 Chr02 NC_080388.1:43096102-43096110promoter 内 1888-1896 bp - 2105 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 43098215-43100259(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ACCGACAAG
SmilChr03G002198 Chr03 NC_080389.1:34591294-34591302promoter 内 1768-1776 bp - 2225 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 34588198-34589069(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TGTGTCGGC
SmilChr02G003078 Chr02 NC_080388.1:51710651-51710659promoter 内 1764-1772 bp + 2229 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 51712888-51716962(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CTTGTCGGT
SmilChr01G005573 Chr01 NC_080387.1:72483258-72483266promoter 内 1762-1770 bp + 2231 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 72485497-72488218(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TGTGTCGGC
SmilChr02G003985 Chr02 NC_080388.1:62110996-62111004promoter 内 1635-1643 bp - 2358 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 62105829-62108638(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CTTGTCGGT
SmilChr01G005287 Chr01 NC_080387.1:70218697-70218705promoter 内 1611-1619 bp - 2382 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 70221087-70222094(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACACA
SmilChr03G000276 Chr03 NC_080389.1:3133531-3133539promoter 内 1596-1604 bp + 2397 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 3135936-3139581(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CTTGTCGGT
SmilChr01G002375 Chr01 NC_080387.1:40960967-40960975promoter 内 1593-1601 bp + 2400 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 40963375-40970669(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TGTGTCGGC
SmilChr01G004049 Chr01 NC_080387.1:58942973-58942981promoter 内 1579-1587 bp + 2414 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 58927254-58940559(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 GCCGACACA
SmilChr04G000638 Chr04 NC_080390.1:7248942-7248950promoter 内 1571-1579 bp + 2422 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 7251372-7256110(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TGTGTCGGC
SmilChr03G002564 Chr03 NC_080389.1:40834376-40834384promoter 内 1561-1569 bp + 2432 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 40836816-40839710(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TGTGTCGGC
SmilChr03G000774 Chr03 NC_080389.1:8828071-8828079promoter 内 1549-1557 bp - 2444 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 8824486-8825627(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TGTGTCGGC
SmilChr03G004246 Chr03 NC_080389.1:60966029-60966037promoter 内 1516-1524 bp - 2477 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 60963097-60963552(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TGTGTCGGC
SmilChr01G002342 Chr01 NC_080387.1:40579823-40579831promoter 内 1500-1508 bp - 2493 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 40574844-40577330(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 CTTGTCGGT
SmilChr03G001694 Chr03 NC_080389.1:22455975-22455983promoter 内 1473-1481 bp + 2520 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 22458503-22458609(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TGTGTCGGC
SmilChr02G004514 Chr02 NC_080388.1:67675121-67675129promoter 内 1456-1464 bp - 2537 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 67677666-67680939(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 ACCGACAAG
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