转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005012; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013472-RA_Salv SmilChr02G005012 TALE XP_057792191.1 MP00670 AGTGACGGCA

可能结合的靶基因

9906 个结合位点 7758 个候选靶基因 第 74 / 156 下载 TSV

上一页 74 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000663 Chr03 NC_080389.1:7433578-7433587promoter 内 581-590 bp + 3411 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 7436998-7438713(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGGGA
SmilChr01G003545 Chr01 NC_080387.1:54036345-54036354promoter 内 579-588 bp + 3413 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 54039767-54043050(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 ATTGACGGCT
SmilChr03G000410 Chr03 NC_080389.1:4444840-4444849promoter 内 522-531 bp - 3470 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 4440018-4441370(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GTTGACGGCG
SmilChr03G001356 Chr03 NC_080389.1:15931980-15931989promoter 内 515-524 bp + 3477 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 15927053-15928503(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGCCGTCAAT
SmilChr03G003014 Chr03 NC_080389.1:47034388-47034397promoter 内 515-524 bp + 3477 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 47029132-47030911(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCAAC
SmilChr02G003125 Chr02 NC_080388.1:52251244-52251253promoter 内 463-472 bp - 3529 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 52244355-52247715(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGGT
SmilChr05G003608 Chr05 NC_080391.1:48159696-48159705promoter 内 458-467 bp - 3534 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 48144936-48156162(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AATGACGGCT
SmilChr05G000490 Chr05 NC_080391.1:3839506-3839515promoter 内 370-379 bp + 3622 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 3843137-3845965(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GTTGACGGCG
SmilChr02G000581 Chr02 NC_080388.1:8378446-8378455promoter 内 369-378 bp - 3623 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 8373689-8374823(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGGGA
SmilChr02G003516 Chr02 NC_080388.1:56349209-56349218promoter 内 356-365 bp + 3636 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 56352854-56354315(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GTTGACGGCG
SmilChr02G000123 Chr02 NC_080388.1:1685482-1685491promoter 内 334-343 bp - 3658 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 1689149-1692030(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGCCGTCATT
SmilChr03G004235 Chr03 NC_080389.1:60870173-60870182promoter 内 330-339 bp - 3662 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 60864735-60866511(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGGT
SmilChr01G004111 Chr01 NC_080387.1:59624555-59624564promoter 内 326-335 bp - 3666 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 59628230-59631003(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGCCGTCAAT
SmilChr03G000140 Chr03 NC_080389.1:1528025-1528034promoter 内 318-327 bp + 3674 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 1531708-1532933(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GTTGACGGCG
SmilChr05G003168 Chr05 NC_080391.1:40468972-40468981promoter 内 317-326 bp - 3675 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 40472656-40472736(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCAAC
SmilChr01G001671 Chr01 NC_080387.1:30815977-30815986promoter 内 313-322 bp - 3679 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 30819665-30820468(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGCCGTCATT
SmilChr03G000080 Chr03 NC_080389.1:965045-965054promoter 内 304-313 bp - 3688 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 960402-961357(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GTTGACGGCG
SmilChr05G000869 Chr05 NC_080391.1:6884763-6884772promoter 内 292-301 bp - 3700 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 6880445-6881063(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 ATTGACGGCT
SmilChr02G001677 Chr02 NC_080388.1:31008908-31008917promoter 内 268-277 bp - 3724 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 31003685-31005184(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGGGA
SmilChr01G000199 Chr01 NC_080387.1:3429969-3429978promoter 内 253-262 bp + 3739 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 3433717-3434676(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AATGACGGCT
SmilChr03G001801 Chr03 NC_080389.1:24618261-24618270promoter 内 241-250 bp + 3751 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 24613175-24614510(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGCCGTCATT
SmilChr06G000790 Chr06 NC_080392.1:7454912-7454921promoter 内 232-241 bp + 3760 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 7448176-7451152(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TCCCGTCACT
SmilChr02G000095 Chr02 NC_080388.1:1243589-1243598promoter 内 225-234 bp + 3767 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 1236911-1239822(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGCCGTCATT
SmilChr02G002911 Chr02 NC_080388.1:49407722-49407731promoter 内 206-215 bp - 3786 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 49411517-49415442(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 ACCCGTCACC
SmilChr03G000727 Chr03 NC_080389.1:8205073-8205082promoter 内 205-214 bp - 3787 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 8198009-8201286(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GTTGACGGCG
SmilChr01G004551 Chr01 NC_080387.1:63629997-63630006promoter 内 187-196 bp - 3805 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 63623874-63626192(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GTTGACGGCG
SmilChr04G000533 Chr04 NC_080390.1:5904082-5904091promoter 内 172-181 bp + 3820 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 5907911-5921541(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGGGA
SmilChr05G002512 Chr05 NC_080391.1:27880163-27880172promoter 内 147-156 bp - 3845 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 27873659-27876318(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGTGACGGGT
SmilChr03G002136 Chr03 NC_080389.1:33250814-33250823promoter 内 130-139 bp + 3862 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 33240495-33246952(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCAAC
SmilChr06G000305 Chr06 NC_080392.1:2198618-2198627promoter 内 112-121 bp - 3880 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 2191739-2194738(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGGGA
SmilChr06G000570 Chr06 NC_080392.1:4862780-4862789promoter 内 107-116 bp + 3885 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 4857908-4858895(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TCCCGTCACT
SmilChr03G003722 Chr03 NC_080389.1:56237667-56237676promoter 内 102-111 bp - 3890 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 56241566-56245128(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGCCGTCAAC
SmilChr01G000128 Chr01 NC_080387.1:2162560-2162569promoter 内 68-77 bp - 3924 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 2150771-2158636(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGGGA
SmilChr05G000128 Chr05 NC_080391.1:1021391-1021400promoter 内 57-66 bp + 3935 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 1025335-1066327(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GTTGACGGCG
SmilChr02G004843 Chr02 NC_080388.1:70561928-70561937promoter 内 31-40 bp + 3961 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 70552265-70557967(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 TCCCGTCACT
SmilChr01G004265 Chr01 NC_080387.1:60916862-60916871promoter 内 20-29 bp - 3972 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 60911850-60912890(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GTTGACGGCG
SmilChr01G004489 Chr01 NC_080387.1:63020650-63020659promoter 内 13-22 bp - 3979 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 63015032-63016671(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AGTGACGGGA
SmilChr02G002653 Chr02 NC_080388.1:45981080-45981089promoter 内 2489-2498 bp - 1503 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 9 45976523-45979577(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 ATTGACGGCG
SmilChr02G003289 Chr02 NC_080388.1:54168912-54168921promoter 内 2224-2233 bp + 1768 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 7 54165330-54167144(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCATT
SmilChr05G003125 Chr05 NC_080391.1:39894946-39894955promoter 内 89-98 bp + 3903 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 5 39889837-39891043(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCAAT
SmilChr01G002017 Chr01 NC_080387.1:35746986-35746995promoter 内 3230-3239 bp - 762 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 4 35745559-35746224(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 ATTGACGGCG
SmilChr01G000240 Chr01 NC_080387.1:4494017-4494026promoter 内 3030-3039 bp - 962 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 4494988-4496928(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCATT
SmilChr01G001487 Chr01 NC_080387.1:28659206-28659215promoter 内 2974-2983 bp - 1018 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 28653686-28658188(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 ATTGACGGCG
SmilChr03G000238 Chr03 NC_080389.1:2840253-2840262promoter 内 2501-2510 bp + 1491 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 2828665-2838762(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGCCGTCAAT
SmilChr04G002674 Chr04 NC_080390.1:42157815-42157824promoter 内 2155-2164 bp + 1837 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 42154381-42155978(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCAAT
SmilChr01G000241 Chr01 NC_080387.1:4494017-4494026promoter 内 122-131 bp - 3870 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 4497896-4500637(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCATT
SmilChr05G002596 Chr05 NC_080391.1:29182477-29182486promoter 内 3969-3978 bp + 23 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 29181060-29182454(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 GGCCGTCAAT
SmilChr02G000988 Chr02 NC_080388.1:17403943-17403952promoter 内 3939-3948 bp + 53 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 17397232-17403890(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 CGCCGTCATT
SmilChr06G000130 Chr06 NC_080392.1:922144-922153promoter 内 3897-3906 bp + 95 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 922248-929003(+) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 ATTGACGGCG
SmilChr01G005033 Chr01 NC_080387.1:68286672-68286681promoter 内 3420-3429 bp - 572 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 68283988-68286100(-) SMil_00013472-RA_Salv MP00670 AATGACGGCG