转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004607; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002089-RA_Salv SmilChr02G004607 C2H2 XP_057791470.1 MP00608 AAAAACAGAGCA

可能结合的靶基因

9817 个结合位点 6398 个候选靶基因 第 77 / 128 下载 TSV

上一页 77 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002879 Chr01 NC_080387.1:47399077-47399088promoter 内 1109-1120 bp + 2881 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 47394962-47396196(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTTTCTGTTTCC
SmilChr02G002076 Chr02 NC_080388.1:37354019-37354030promoter 内 1096-1107 bp - 2894 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 37348170-37351125(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TAGAACAGAGAA
SmilChr01G003229 Chr01 NC_080387.1:51064686-51064697promoter 内 1088-1099 bp - 2902 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 51067599-51073938(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTCTCTGTTCTA
SmilChr01G002272 Chr01 NC_080387.1:39492524-39492535promoter 内 1068-1079 bp - 2922 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 39488234-39489602(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CAGAACAGAGTT
SmilChr02G002819 Chr02 NC_080388.1:48285742-48285753promoter 内 1058-1069 bp + 2932 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 48288685-48289447(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GGAAACAGAAAA
SmilChr01G004882 Chr01 NC_080387.1:66898655-66898666promoter 内 1040-1051 bp + 2950 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 66895028-66895705(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AGTTCTGTTTTC
SmilChr01G001807 Chr01 NC_080387.1:33006170-33006181promoter 内 1030-1041 bp + 2960 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 32999788-33003210(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GTCTCTGTTCCC
SmilChr01G001110 Chr01 NC_080387.1:22719193-22719204promoter 内 944-955 bp + 3046 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 22722250-22722572(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CGAAACAGAAAA
SmilChr02G000257 Chr02 NC_080388.1:3292808-3292819promoter 内 935-946 bp - 3055 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 3295874-3297706(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTTTCTGTTTTG
SmilChr01G004834 Chr01 NC_080387.1:66475269-66475280promoter 内 918-929 bp - 3072 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 66466249-66472197(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CAAAACAGAAAA
SmilChr01G004603 Chr01 NC_080387.1:64021814-64021825promoter 内 893-904 bp + 3097 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 64016144-64018717(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTTTCTGTTTTG
SmilChr01G003712 Chr01 NC_080387.1:55470632-55470643promoter 内 879-890 bp + 3111 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 55462679-55467521(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTTTCTGTTTTG
SmilChr02G000848 Chr02 NC_080388.1:14414798-14414809promoter 内 876-887 bp + 3114 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 14410321-14411684(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CCCTCTGTTCCA
SmilChr01G006152 Chr01 NC_080387.1:76967051-76967062promoter 内 869-880 bp + 3121 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 76970183-76971980(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GGAAACAGAAAA
SmilChr02G003832 Chr02 NC_080388.1:59966181-59966192promoter 内 836-847 bp + 3154 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 59958803-59963027(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CCCTCTGTTCCA
SmilChr02G002757 Chr02 NC_080388.1:47609084-47609095promoter 内 790-801 bp - 3200 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 47612295-47615093(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AGTTCTGTTTTC
SmilChr02G002490 Chr02 NC_080388.1:43314443-43314454promoter 内 749-760 bp - 3241 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 43317695-43323564(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTTTCTGTTTCC
SmilChr03G000733 Chr03 NC_080389.1:8289634-8289645promoter 内 735-746 bp - 3255 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 8264709-8286379(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TAGAACAGAGAA
SmilChr02G005379 Chr02 NC_080388.1:74471277-74471288promoter 内 718-729 bp + 3272 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 74461454-74468005(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CCCTCTGTTCCA
SmilChr03G001664 Chr03 NC_080389.1:21581051-21581062promoter 内 713-724 bp - 3277 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 21584339-21587644(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTCTCTGTTCTA
SmilChr02G002522 Chr02 NC_080388.1:43831991-43832002promoter 内 712-723 bp + 3278 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 43825725-43828713(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CCCTCTGTTCCA
SmilChr01G003381 Chr01 NC_080387.1:52510024-52510035promoter 内 628-639 bp - 3362 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 52505069-52506662(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGGAACAGAGGG
SmilChr02G001958 Chr02 NC_080388.1:35340055-35340066promoter 内 624-635 bp - 3366 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 35343432-35344730(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 ATCTCTGTTCTT
SmilChr01G004103 Chr01 NC_080387.1:59509097-59509108promoter 内 596-607 bp + 3394 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 59503982-59505703(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTCTCTGTTCTA
SmilChr02G000094 Chr02 NC_080388.1:1237678-1237689promoter 内 575-586 bp + 3415 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 1230404-1234263(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CCCTCTGTTCCA
SmilChr01G003429 Chr01 NC_080387.1:52939300-52939311promoter 内 539-550 bp - 3451 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 52942762-52943529(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GTCTCTGTTCTC
SmilChr02G005148 Chr02 NC_080388.1:72877130-72877141promoter 内 495-506 bp + 3495 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 72873195-72873635(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CCCTCTGTTCCA
SmilChr01G000170 Chr01 NC_080387.1:2797376-2797387promoter 内 487-498 bp + 3503 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 2800890-2804009(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CAAAACAGAAAA
SmilChr03G000646 Chr03 NC_080389.1:7178691-7178702promoter 内 461-472 bp + 3529 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 7172638-7175162(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AGTTCTGTTTTC
SmilChr01G004537 Chr01 NC_080387.1:63527151-63527162promoter 内 426-437 bp - 3564 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 63530726-63531610(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTCTCTGTTCTA
SmilChr03G001260 Chr03 NC_080389.1:14545890-14545901promoter 内 374-385 bp + 3616 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 14541501-14542274(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CCTTCTGTTTTG
SmilChr01G000060 Chr01 NC_080387.1:962935-962946promoter 内 362-373 bp + 3628 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 957173-959307(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CCCTCTGTTCCA
SmilChr01G001266 Chr01 NC_080387.1:25344033-25344044promoter 内 344-355 bp + 3646 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 25347690-25350063(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CGAAACAGAAAA
SmilChr01G005738 Chr01 NC_080387.1:73503557-73503568promoter 内 331-342 bp - 3659 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 73507227-73507982(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTTTCTGTTTCC
SmilChr02G004048 Chr02 NC_080388.1:62818358-62818369promoter 内 259-270 bp + 3731 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 62812569-62814627(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTTTCTGTTTCC
SmilChr01G004724 Chr01 NC_080387.1:65433639-65433650promoter 内 232-243 bp - 3758 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 65426068-65429881(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TAGAACAGAGAA
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SmilChr01G001448 Chr01 NC_080387.1:28185241-28185252promoter 内 159-170 bp + 3831 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 28179537-28181410(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AGTTCTGTTTTC
SmilChr01G001808 Chr01 NC_080387.1:33006170-33006181promoter 内 143-154 bp + 3847 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 33010028-33013340(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GGGAACAGAGAC
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SmilChr01G004234 Chr01 NC_080387.1:60708562-60708573promoter 内 1685-1696 bp - 2305 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 4 60704975-60706257(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AGAAACAGAAAC
SmilChr01G001077 Chr01 NC_080387.1:22194998-22195009promoter 内 3160-3171 bp - 830 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 3 22195839-22202144(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTTTCTGTTTTC
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SmilChr01G002703 Chr01 NC_080387.1:45306649-45306660promoter 内 1272-1283 bp + 2718 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 3 45309378-45312842(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GAAAACAGAAAA