转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005502; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022202-RA_Salv SmilChr02G005502 bHLH XP_057792768.1 MP00082 TCACGTGG

可能结合的靶基因

9435 个结合位点 6784 个候选靶基因 第 77 / 136 下载 TSV

上一页 77 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000155 Chr03 NC_080389.1:1710287-1710294promoter 内 2547-2554 bp - 1447 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 1695496-1708840(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGC
SmilChr07G000368 Chr07 NC_080393.1:2519842-2519849promoter 内 2546-2553 bp - 1448 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 2517872-2518394(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGC
SmilChr01G003264 Chr01 NC_080387.1:51331404-51331411promoter 内 2543-2550 bp - 1451 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 51323635-51329953(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGC
SmilChr01G001998 Chr01 NC_080387.1:35477913-35477920promoter 内 2542-2549 bp - 1452 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 35470632-35476461(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGC
SmilChr03G001939 Chr03 NC_080389.1:27569002-27569009promoter 内 2532-2539 bp - 1462 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 27564948-27567540(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGC
SmilChr02G000354 Chr02 NC_080388.1:4575266-4575273promoter 内 2530-2537 bp + 1464 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 4576737-4577192(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGC
SmilChr04G001068 Chr04 NC_080390.1:15311513-15311520promoter 内 2527-2534 bp + 1467 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 15312987-15315580(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGC
SmilChr08G002362 Chr08 NC_080394.1:22394182-22394189promoter 内 2525-2532 bp - 1469 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 22383561-22392713(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGC
SmilChr07G001515 Chr07 NC_080393.1:12109779-12109786promoter 内 2524-2531 bp - 1470 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 12101685-12108309(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGC
SmilChr04G004131 Chr04 NC_080390.1:56132267-56132274promoter 内 2521-2528 bp + 1473 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 56133747-56135357(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGC
SmilChr05G003977 Chr05 NC_080391.1:53569278-53569285promoter 内 2520-2527 bp + 1474 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 53562725-53567804(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 GCACGTGA
SmilChr01G000687 Chr01 NC_080387.1:15388613-15388620promoter 内 2517-2524 bp - 1477 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 15387034-15387136(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGC
SmilChr08G002898 Chr08 NC_080394.1:28925348-28925355promoter 内 2516-2523 bp - 1478 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 28915645-28923870(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGC
SmilChr04G003505 Chr04 NC_080390.1:51446572-51446579promoter 内 2514-2521 bp + 1480 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 51448059-51449794(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGC
SmilChr08G004104 Chr08 NC_080394.1:49815980-49815987promoter 内 2512-2519 bp - 1482 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 49817469-49819788(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 GCACGTGA
SmilChr06G001214 Chr06 NC_080392.1:12474622-12474629promoter 内 2510-2517 bp - 1484 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 12470395-12473138(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGC
SmilChr01G002101 Chr01 NC_080387.1:37048322-37048329promoter 内 2505-2512 bp + 1489 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 37049818-37054190(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGC
SmilChr02G000122 Chr02 NC_080388.1:1667588-1667595promoter 内 2503-2510 bp - 1491 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 1663208-1666097(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGC
SmilChr05G003011 Chr05 NC_080391.1:37339470-37339477promoter 内 2501-2508 bp + 1493 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 37337077-37337977(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 GCACGTGA
SmilChr07G003631 Chr07 NC_080393.1:42888271-42888278promoter 内 2501-2508 bp - 1493 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 42889771-42893000(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 GCACGTGA
SmilChr01G001845 Chr01 NC_080387.1:33398867-33398874promoter 内 2499-2506 bp - 1495 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 33400369-33405408(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 GCACGTGA
SmilChr07G000370 Chr07 NC_080393.1:2519842-2519849promoter 内 2498-2505 bp - 1496 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 2521345-2525958(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 GCACGTGA
SmilChr01G005339 Chr01 NC_080387.1:70622404-70622411promoter 内 2496-2503 bp - 1498 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 70623909-70625403(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 GCACGTGA
SmilChr07G004000 Chr07 NC_080393.1:51078533-51078540promoter 内 2488-2495 bp + 1506 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 51074577-51077027(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 GCACGTGA
SmilChr01G001632 Chr01 NC_080387.1:30373068-30373075promoter 内 2485-2492 bp + 1509 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 30374584-30375099(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGC
SmilChr02G005289 Chr02 NC_080388.1:73898997-73899004promoter 内 2485-2492 bp - 1509 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 73895707-73897488(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGC
SmilChr01G002872 Chr01 NC_080387.1:47320648-47320655promoter 内 2484-2491 bp - 1510 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 47317702-47319138(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGC
SmilChr07G004611 Chr07 NC_080393.1:58920633-58920640promoter 内 2481-2488 bp - 1513 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 58922153-58924478(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 GCACGTGA
SmilChr04G004066 Chr04 NC_080390.1:55784642-55784649promoter 内 2476-2483 bp + 1518 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 55779818-55783124(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 GCACGTGA
SmilChr01G000658 Chr01 NC_080387.1:14685644-14685651promoter 内 2475-2482 bp + 1519 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 14687170-14689566(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGC
SmilChr04G002685 Chr04 NC_080390.1:42291907-42291914promoter 内 2470-2477 bp + 1524 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 42288245-42290383(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 GCACGTGA
SmilChr06G001985 Chr06 NC_080392.1:25293676-25293683promoter 内 2468-2475 bp + 1526 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 25282543-25292150(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 GCACGTGA
SmilChr03G000527 Chr03 NC_080389.1:5643207-5643214promoter 内 2463-2470 bp - 1531 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 5644745-5645521(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 GCACGTGA
SmilChr01G001080 Chr01 NC_080387.1:22232581-22232588promoter 内 2461-2468 bp + 1533 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 22234121-22234822(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGC
SmilChr08G002885 Chr08 NC_080394.1:28724186-28724193promoter 内 2461-2468 bp - 1533 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 28719423-28722653(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGC
SmilChr03G002675 Chr03 NC_080389.1:42464885-42464892promoter 内 2460-2467 bp - 1534 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 42462635-42463351(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGC
SmilChr06G001690 Chr06 NC_080392.1:19259747-19259754promoter 内 2457-2464 bp + 1537 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 19261291-19278693(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGC
SmilChr03G002592 Chr03 NC_080389.1:41227801-41227808promoter 内 2454-2461 bp - 1540 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 41229348-41233430(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 GCACGTGA
SmilChr01G000096 Chr01 NC_080387.1:1700980-1700987promoter 内 2452-2459 bp - 1542 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 1702529-1704456(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 GCACGTGA
SmilChr02G002548 Chr02 NC_080388.1:44341353-44341360promoter 内 2450-2457 bp - 1544 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 44337856-44339809(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGC
SmilChr06G000219 Chr06 NC_080392.1:1468637-1468644promoter 内 2450-2457 bp + 1544 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 1464235-1467093(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 GCACGTGA
SmilChr02G001979 Chr02 NC_080388.1:35730924-35730931promoter 内 2439-2446 bp + 1555 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 35732486-35733390(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGC
SmilChr05G002770 Chr05 NC_080391.1:32217049-32217056promoter 内 2439-2446 bp + 1555 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 32218611-32219856(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGC
SmilChr07G000458 Chr07 NC_080393.1:3234432-3234439promoter 内 2439-2446 bp - 1555 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 3235994-3237652(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 GCACGTGA
SmilChr02G004621 Chr02 NC_080388.1:68736323-68736330promoter 内 2436-2443 bp + 1558 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 68732778-68734765(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 GCACGTGA
SmilChr08G003713 Chr08 NC_080394.1:41736679-41736686promoter 内 2433-2440 bp + 1561 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 41734426-41735118(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 GCACGTGA
SmilChr01G005050 Chr01 NC_080387.1:68446244-68446251promoter 内 2431-2438 bp - 1563 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 68447814-68451121(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 GCACGTGA
SmilChr05G001354 Chr05 NC_080391.1:12058761-12058768promoter 内 2426-2433 bp + 1568 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 12060336-12060986(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGC
SmilChr07G003939 Chr07 NC_080393.1:49753971-49753978promoter 内 2425-2432 bp - 1569 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 49755547-49757114(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 GCACGTGA
SmilChr05G003728 Chr05 NC_080391.1:50388833-50388840promoter 内 2424-2431 bp - 1570 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 1 50376345-50387263(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 TCACGTGC