转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005217; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006334-RA_Salv SmilChr02G005217 G2-like XP_057792502.1 MP00022 GAGAATCTGT

可能结合的靶基因

9720 个结合位点 6959 个候选靶基因 第 78 / 140 下载 TSV

上一页 78 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002788 Chr03 NC_080389.1:44400232-44400241promoter 内 2132-2141 bp - 1860 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 44393563-44398372(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACGAATCTGT
SmilChr03G000915 Chr03 NC_080389.1:10472725-10472734promoter 内 2115-2124 bp - 1877 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 10469068-10470848(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CAGAATCTAG
SmilChr02G000984 Chr02 NC_080388.1:17324368-17324377promoter 内 2111-2120 bp - 1881 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 17319604-17322487(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACGAATCTGT
SmilChr04G000739 Chr04 NC_080390.1:8999606-8999615promoter 内 2100-2109 bp - 1892 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 8997376-8997714(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTCT
SmilChr01G004477 Chr01 NC_080387.1:62874176-62874185promoter 内 2092-2101 bp - 1900 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 62876085-62878174(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACAGATTCGT
SmilChr03G001012 Chr03 NC_080389.1:11633662-11633671promoter 内 2034-2043 bp - 1958 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 11628154-11631704(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTCT
SmilChr04G000508 Chr04 NC_080390.1:5576893-5576902promoter 内 1931-1940 bp + 2061 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 5568927-5574832(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 AGAGATTCTC
SmilChr03G001885 Chr03 NC_080389.1:26257436-26257445promoter 内 1920-1929 bp - 2072 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 26247151-26255364(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CAGAATCTAG
SmilChr02G001972 Chr02 NC_080388.1:35692721-35692730promoter 内 1904-1913 bp - 2088 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 35694818-35697027(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CTAGATTCTG
SmilChr02G005568 Chr02 NC_080388.1:75581105-75581114promoter 内 1886-1895 bp - 2106 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 75583220-75584946(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 AGAGATTCTC
SmilChr03G001366 Chr03 NC_080389.1:16012622-16012631promoter 内 1855-1864 bp - 2137 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 16006066-16010485(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTCT
SmilChr01G003353 Chr01 NC_080387.1:52280895-52280904promoter 内 1815-1824 bp + 2177 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 52283081-52286271(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CAGAATCTAG
SmilChr04G000519 Chr04 NC_080390.1:5735317-5735326promoter 内 1790-1799 bp + 2202 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 5730233-5733115(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CTAGATTCTG
SmilChr03G004423 Chr03 NC_080389.1:62398832-62398841promoter 内 1768-1777 bp - 2224 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 62394783-62396608(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CAGAATCTAG
SmilChr03G001023 Chr03 NC_080389.1:11862168-11862177promoter 内 1758-1767 bp - 2234 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 11864411-11867753(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 AGAGATTCTC
SmilChr01G000586 Chr01 NC_080387.1:12669941-12669950promoter 内 1723-1732 bp + 2269 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 12667289-12667672(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 AGAGATTCTC
SmilChr04G000043 Chr04 NC_080390.1:410528-410537promoter 内 1693-1702 bp + 2299 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 412836-414785(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CAGAATCTAG
SmilChr01G002539 Chr01 NC_080387.1:43441913-43441922promoter 内 1652-1661 bp + 2340 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 43444262-43446750(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTCT
SmilChr04G000616 Chr04 NC_080390.1:6957692-6957701promoter 内 1649-1658 bp + 2343 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 6960044-6962334(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACGAATCTGT
SmilChr01G004254 Chr01 NC_080387.1:60825012-60825021promoter 内 1575-1584 bp + 2417 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 60827438-60828265(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTCT
SmilChr01G003612 Chr01 NC_080387.1:54667145-54667154promoter 内 1557-1566 bp - 2435 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 54663828-54664710(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTCT
SmilChr03G001013 Chr03 NC_080389.1:11633662-11633671promoter 内 1546-1555 bp - 2446 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 11636117-11637926(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 AGAGATTCTC
SmilChr03G002135 Chr03 NC_080389.1:33235793-33235802promoter 内 1540-1549 bp - 2452 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 33231916-33233341(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTCT
SmilChr02G002993 Chr02 NC_080388.1:50599903-50599912promoter 内 1530-1539 bp + 2462 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 50602374-50603343(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTCT
SmilChr01G003677 Chr01 NC_080387.1:55189629-55189638promoter 内 1468-1477 bp - 2524 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 55184061-55187105(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTCT
SmilChr01G001178 Chr01 NC_080387.1:23832059-23832068promoter 内 1447-1456 bp - 2545 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 23827198-23829514(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTCT
SmilChr01G002001 Chr01 NC_080387.1:35516577-35516586promoter 内 1422-1431 bp + 2570 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 35519156-35526979(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTCT
SmilChr02G000859 Chr02 NC_080388.1:14758889-14758898promoter 内 1419-1428 bp + 2573 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 14755255-14756316(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CTAGATTCTG
SmilChr01G002688 Chr01 NC_080387.1:45109504-45109513promoter 内 1404-1413 bp + 2588 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 45104700-45106916(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CTAGATTCTG
SmilChr01G000594 Chr01 NC_080387.1:12936023-12936032promoter 内 1397-1406 bp + 2595 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 12938627-12948947(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 GAGAATCTCT
SmilChr02G001791 Chr02 NC_080388.1:32667708-32667717promoter 内 1393-1402 bp + 2599 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 32662522-32665109(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 CTAGATTCTG
SmilChr02G005364 Chr02 NC_080388.1:74353181-74353190promoter 内 1389-1398 bp + 2603 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 74348519-74350578(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 AGAGATTCTC
SmilChr04G000740 Chr04 NC_080390.1:8999606-8999615promoter 内 1379-1388 bp - 2613 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 9002228-9002334(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 AGAGATTCTC
SmilChr02G001614 Chr02 NC_080388.1:30053763-30053772promoter 内 1346-1355 bp - 2646 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 30056418-30063132(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACAGATTCGT
SmilChr01G000928 Chr01 NC_080387.1:19666458-19666467promoter 内 1321-1330 bp + 2671 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 19661589-19663787(-) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 AGAGATTCTC
SmilChr01G000760 Chr01 NC_080387.1:16664560-16664569promoter 内 1315-1324 bp + 2677 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 16667246-16673175(+) SMil_00006334-RA_Salv MP00022 ACGAATCTGT
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