转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G000836; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008579-RA_Salv SmilChr07G000836 MYB_related XP_057772437.1 MP00568 TATGGATAAGGTTAT

可能结合的靶基因

9696 个结合位点 6611 个候选靶基因 第 78 / 133 下载 TSV

上一页 78 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002619 Chr01 NC_080387.1:44455128-44455142promoter 内 1306-1320 bp - 2681 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 44457823-44458322(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TCCGACTTATCCAAA
SmilChr02G005557 Chr02 NC_080388.1:75536348-75536362promoter 内 1285-1299 bp + 2702 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 75525210-75533646(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TCTTTCTTATCCAAC
SmilChr01G002101 Chr01 NC_080387.1:37047096-37047110promoter 内 1279-1293 bp + 2708 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 37049818-37054190(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GAGGGATAAGAATAT
SmilChr01G002091 Chr01 NC_080387.1:36935034-36935048promoter 内 1207-1221 bp - 2780 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 36937828-36939277(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAATTATTATCCACA
SmilChr03G000905 Chr03 NC_080389.1:10367382-10367396promoter 内 1182-1196 bp + 2805 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 10370201-10373104(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGATGATAAGGAAGG
SmilChr01G001193 Chr01 NC_080387.1:24065659-24065673promoter 内 1155-1169 bp + 2832 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 24068505-24071345(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTGGATAAAGATGG
SmilChr02G003273 Chr02 NC_080388.1:54007607-54007621promoter 内 1145-1159 bp + 2842 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 54010463-54013641(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGTGGATAATAATTT
SmilChr01G000263 Chr01 NC_080387.1:5063721-5063735promoter 内 1041-1055 bp - 2946 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 5059402-5060775(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTGGATAAAGTTGC
SmilChr01G002363 Chr01 NC_080387.1:40785338-40785352promoter 内 1035-1049 bp - 2952 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 40781386-40782386(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTGGATAAGTCGGA
SmilChr02G002519 Chr02 NC_080388.1:43737453-43737467promoter 内 1029-1043 bp - 2958 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 43728294-43734495(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGATGATAAGGATCG
SmilChr03G000229 Chr03 NC_080389.1:2722282-2722296promoter 内 1007-1021 bp + 2980 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 2725276-2727534(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGTGGATAATAATTT
SmilChr02G003421 Chr02 NC_080388.1:55427982-55427996promoter 内 969-983 bp - 3018 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 55424065-55424964(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TATGGATAATATTGC
SmilChr01G001656 Chr01 NC_080387.1:30617003-30617017promoter 内 954-968 bp + 3033 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 30609923-30613970(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATATTCTTATCCCTC
SmilChr01G002458 Chr01 NC_080387.1:42199464-42199478promoter 内 831-845 bp - 3156 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 42202634-42205023(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AATGACTTATCCATA
SmilChr03G000982 Chr03 NC_080389.1:11108520-11108534promoter 内 785-799 bp + 3202 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 11111736-11114161(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTGGATAAGTCGGA
SmilChr01G000091 Chr01 NC_080387.1:1650102-1650116promoter 内 739-753 bp - 3248 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 1653364-1654480(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AATATATTATCCACA
SmilChr02G005362 Chr02 NC_080388.1:74329722-74329736promoter 内 645-659 bp - 3342 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 74333078-74341607(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTCCCTTATCTCTT
SmilChr03G000610 Chr03 NC_080389.1:6744472-6744486promoter 内 635-649 bp - 3352 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 6747838-6749580(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TCCGACTTATCCAAA
SmilChr02G000821 Chr02 NC_080388.1:13830197-13830211promoter 内 424-438 bp + 3563 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 13833774-13835877(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TAGAGATAAGGGATT
SmilChr01G001003 Chr01 NC_080387.1:21116628-21116642promoter 内 327-341 bp - 3660 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 21120302-21128904(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATTTTCTTATCCTTG
SmilChr03G000305 Chr03 NC_080389.1:3484483-3484497promoter 内 235-249 bp + 3752 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 3475239-3480731(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ACAACCTTATCAGAA
SmilChr01G005553 Chr01 NC_080387.1:72366869-72366883promoter 内 199-213 bp + 3788 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 72359681-72363081(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GTATGCTTATCCCAT
SmilChr03G000811 Chr03 NC_080389.1:9290671-9290685promoter 内 41-55 bp - 3946 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 9294631-9297653(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ACAAACTTATCCTTG
SmilChr01G004133 Chr01 NC_080387.1:59846962-59846976promoter 内 25-39 bp + 3962 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 59842130-59843000(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGTTCCTTATCCTAG
SmilChr01G000659 Chr01 NC_080387.1:14696019-14696033promoter 内 3617-3631 bp - 370 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 14696403-14698547(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CCCACCTTATCTCTC
SmilChr02G001498 Chr02 NC_080388.1:27940120-27940134promoter 内 380-394 bp - 3607 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 27933258-27936513(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TCGAGATAAGGGGGG
SmilChr02G003298 Chr02 NC_080388.1:54250598-54250612promoter 内 3903-3917 bp + 84 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 54248813-54250514(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GCATGCTTATCCCTT
SmilChr01G000997 Chr01 NC_080387.1:21009358-21009372promoter 内 3714-3728 bp - 273 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 21002777-21009085(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATTGGATAAGTACAA
SmilChr01G003408 Chr01 NC_080387.1:52748729-52748743promoter 内 3657-3671 bp + 330 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 52749073-52750858(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTATGATAAGGATTT
SmilChr02G001067 Chr02 NC_080388.1:18997529-18997543promoter 内 3649-3663 bp + 338 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 18990958-18997191(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CCCACCTTATCTCTC
SmilChr01G005850 Chr01 NC_080387.1:74440590-74440604promoter 内 3484-3498 bp + 503 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 74438105-74440087(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GGAAGCTTATCCCTT
SmilChr01G000135 Chr01 NC_080387.1:2284940-2284954promoter 内 3290-3304 bp + 697 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 2285651-2289043(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAGAGATAAGGGAGA
SmilChr02G004479 Chr02 NC_080388.1:67220150-67220164promoter 内 3199-3213 bp + 788 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 67220952-67222163(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGTGGATAAAGTATA
SmilChr01G002293 Chr01 NC_080387.1:39772810-39772824promoter 内 3006-3020 bp + 981 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 39762061-39771829(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CATACCTTATCACCT
SmilChr03G001377 Chr03 NC_080389.1:16301492-16301506promoter 内 2914-2928 bp - 1073 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 16302579-16304191(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CCCACCTTATCTCTC
SmilChr02G004576 Chr02 NC_080388.1:68263440-68263454promoter 内 2854-2868 bp + 1133 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 68256724-68262307(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TATACCTTATCAATT
SmilChr01G000123 Chr01 NC_080387.1:2060223-2060237promoter 内 2809-2823 bp + 1178 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 2057057-2059045(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CCCACCTTATCTCTC
SmilChr02G000289 Chr02 NC_080388.1:3678908-3678922promoter 内 2764-2778 bp - 1223 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 3676633-3677685(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TAATGATAAGGTGGA
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SmilChr01G000203 Chr01 NC_080387.1:3481985-3481999promoter 内 2677-2691 bp - 1310 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 3483309-3484678(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CCCACCTTATCTCTC
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SmilChr03G000017 Chr03 NC_080389.1:177442-177456promoter 内 1461-1475 bp + 2526 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 179982-182569(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATCGGATAAGGGGCA
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