转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004579; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010264-RA_Salv SmilChr01G004579 MYB XP_057787263.1 MP00132 CTTTTCCAACCACCTTTTC

可能结合的靶基因

9926 个结合位点 7583 个候选靶基因 第 79 / 152 下载 TSV

上一页 79 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000049 Chr03 NC_080389.1:513628-513646promoter 内 787-805 bp - 3196 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 504684-510432(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TAGTTCCAACTGCCTTTCC
SmilChr01G000628 Chr01 NC_080387.1:14049040-14049058promoter 内 768-786 bp + 3215 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 14052273-14053478(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TACACTCAACTACCTTTTA
SmilChr02G004614 Chr02 NC_080388.1:68663389-68663407promoter 内 755-773 bp + 3228 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 68658631-68660161(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TAAAAGGTAGTTGAGTGTA
SmilChr01G005926 Chr01 NC_080387.1:75067883-75067901promoter 内 751-769 bp - 3232 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 75063982-75064651(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TACACTCAACTACCTTTTA
SmilChr01G005108 Chr01 NC_080387.1:68862287-68862305promoter 内 746-764 bp + 3237 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 68865542-68866791(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TACACTCAACTACCTTTTA
SmilChr05G001480 Chr05 NC_080391.1:13577892-13577910promoter 内 743-761 bp - 3240 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 13572886-13574652(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TACACTCAACTACCTTTTA
SmilChr03G002347 Chr03 NC_080389.1:37022149-37022167promoter 内 715-733 bp + 3268 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 37015279-37018881(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TAAAAGGTAGTTGAGTGTA
SmilChr01G003978 Chr01 NC_080387.1:58233585-58233603promoter 内 708-726 bp + 3275 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 58236878-58238026(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TACACTCAACTACCTTTTA
SmilChr04G001701 Chr04 NC_080390.1:28153141-28153159promoter 内 708-726 bp - 3275 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 28138086-28149866(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TACACTCAACTACCTTTTA
SmilChr01G001373 Chr01 NC_080387.1:27055199-27055217promoter 内 707-725 bp + 3276 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 27058493-27061257(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCACAACAACCACCACCAC
SmilChr01G004843 Chr01 NC_080387.1:66573732-66573750promoter 内 699-717 bp - 3284 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 66562443-66570448(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TACACTCAACTACCTTTTA
SmilChr03G003857 Chr03 NC_080389.1:57668410-57668428promoter 内 693-711 bp + 3290 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 57660289-57665120(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AACTATGTGGTTGGAGTTT
SmilChr02G001752 Chr02 NC_080388.1:32213875-32213893promoter 内 686-704 bp + 3297 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 32208725-32210578(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTCCAAGTGGTTGAAGAGA
SmilChr05G000468 Chr05 NC_080391.1:3533634-3533652promoter 内 677-695 bp - 3306 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 3529271-3530328(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TACACTCAACTACCTTTTA
SmilChr01G003550 Chr01 NC_080387.1:54109489-54109507promoter 内 636-654 bp - 3347 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 54104430-54106142(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TACACTCAACTACCTTTTA
SmilChr01G005661 Chr01 NC_080387.1:72943949-72943967promoter 内 622-640 bp - 3361 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 72947328-72949283(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGAGTAGTGGTTGAAAACT
SmilChr05G002334 Chr05 NC_080391.1:25232648-25232666promoter 内 612-630 bp - 3371 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 25236037-25237221(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TAAAAGGTAGTTGAGTGTA
SmilChr02G000494 Chr02 NC_080388.1:6810293-6810311promoter 内 610-628 bp + 3373 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 6813684-6815029(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TACACTCAACTACCTTTTA
SmilChr03G003613 Chr03 NC_080389.1:54807357-54807375promoter 内 608-626 bp - 3375 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 54802885-54803982(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TACACTCAACTACCTTTTA
SmilChr02G005486 Chr02 NC_080388.1:75045336-75045354promoter 内 601-619 bp - 3382 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 75048736-75053767(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGTAGGGTTGTTGGAATAG
SmilChr01G003473 Chr01 NC_080387.1:53273942-53273960promoter 内 588-606 bp - 3395 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 53277355-53281155(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TAAAAGGTAGTTGAGTGTA
SmilChr03G003283 Chr03 NC_080389.1:50858624-50858642promoter 内 570-588 bp + 3413 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 50862055-50870593(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTCTCTCAACCACCGAGAA
SmilChr03G002886 Chr03 NC_080389.1:45522656-45522674promoter 内 545-563 bp + 3438 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 45518729-45519218(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTGGGATTGGTTGGGGATT
SmilChr01G000654 Chr01 NC_080387.1:14541762-14541780promoter 内 512-530 bp - 3471 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 14545251-14547409(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGCATGTGGGTGGAAAAA
SmilChr01G004823 Chr01 NC_080387.1:66402552-66402570promoter 内 503-521 bp + 3480 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 66406050-66412791(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTTATTCAACCACTCTCAT
SmilChr01G002036 Chr01 NC_080387.1:35994930-35994948promoter 内 494-512 bp - 3489 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 35998437-36001209(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAAAAGGTAGTTGATCTAG
SmilChr03G003591 Chr03 NC_080389.1:54561518-54561536promoter 内 472-490 bp - 3511 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 54565047-54570287(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TAATCAGTGGTTGGAGACA
SmilChr01G005636 Chr01 NC_080387.1:72802187-72802205promoter 内 465-483 bp + 3518 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 72796920-72798669(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGTAGTGTGGTTGGAAAGG
SmilChr02G001788 Chr02 NC_080388.1:32659524-32659542promoter 内 444-462 bp + 3539 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 32653735-32655985(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGAAGGTGGTGGGAGTGT
SmilChr01G001739 Chr01 NC_080387.1:32023117-32023135promoter 内 436-454 bp + 3547 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 32015658-32019570(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TAAAAGGTAGTTGAGTGTA
SmilChr01G004371 Chr01 NC_080387.1:61926921-61926939promoter 内 393-411 bp - 3590 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 61922627-61923331(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAGCACCCACCACCTCCTC
SmilChr02G000974 Chr02 NC_080388.1:17040120-17040138promoter 内 374-392 bp - 3609 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 17034660-17036511(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGTTTCCAACCACCAGGAA
SmilChr04G002023 Chr04 NC_080390.1:32811050-32811068promoter 内 368-386 bp - 3615 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 32805679-32807435(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TACACTCAACTACCTTTTA
SmilChr02G003516 Chr02 NC_080388.1:56349200-56349218promoter 内 347-365 bp - 3636 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 56352854-56354315(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGTGGTGTGGTTGACGGCG
SmilChr04G000477 Chr04 NC_080390.1:5090221-5090239promoter 内 323-341 bp - 3660 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 5093899-5096182(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGTGTTGTGGTTGATGAAG
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SmilChr01G003708 Chr01 NC_080387.1:55430498-55430516promoter 内 91-109 bp + 3892 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 55434408-55435001(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AACATCCAACAACCTTTTC