转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005851; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011948-RA_Salv SmilChr01G005851 MYB XP_057789306.1 MP00055 CAGATAAGGT

可能结合的靶基因

9685 个结合位点 6638 个候选靶基因 第 8 / 133 下载 TSV

上一页 8 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005187 Chr01 NC_080387.1:69583051-69583060promoter 内 547-556 bp + 3445 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 69586505-69589186(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGGT
SmilChr01G005843 Chr01 NC_080387.1:74424119-74424128promoter 内 495-504 bp - 3497 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 74416401-74420622(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGGT
SmilChr02G003492 Chr02 NC_080388.1:56159547-56159556promoter 内 462-471 bp + 3530 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 56163086-56165043(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGGT
SmilChr01G005388 Chr01 NC_080387.1:71171400-71171409promoter 内 193-202 bp + 3799 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 71175208-71178122(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGGT
SmilChr02G000289 Chr02 NC_080388.1:3677878-3677887promoter 内 3799-3808 bp + 193 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 3 3676633-3677685(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCCTTATCTG
SmilChr01G004395 Chr01 NC_080387.1:62108587-62108596promoter 内 3478-3487 bp - 514 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 3 62109110-62112274(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCCTTATCTG
SmilChr02G004928 Chr02 NC_080388.1:71291045-71291054promoter 内 2135-2144 bp - 1857 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 3 71292911-71295909(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCCTTATCTG
SmilChr01G004969 Chr01 NC_080387.1:67796200-67796209promoter 内 2077-2086 bp - 1915 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 3 67793183-67794285(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGGG
SmilChr02G000350 Chr02 NC_080388.1:4524319-4524328promoter 内 3799-3808 bp - 193 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 4524521-4525545(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCCTTATCTG
SmilChr02G000348 Chr02 NC_080388.1:4517625-4517634promoter 内 3798-3807 bp - 194 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 4517828-4518880(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCCTTATCTG
SmilChr01G001296 Chr01 NC_080387.1:25826649-25826658promoter 内 3663-3672 bp - 329 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 25825694-25826320(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGGG
SmilChr02G001762 Chr02 NC_080388.1:32371671-32371680promoter 内 3144-3153 bp + 848 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 32370276-32370823(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCCTTATCTG
SmilChr02G002090 Chr02 NC_080388.1:37494242-37494251promoter 内 2970-2979 bp - 1022 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 37487786-37493220(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGGG
SmilChr02G001585 Chr02 NC_080388.1:29602518-29602527promoter 内 2823-2832 bp - 1169 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 29603696-29605036(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCCTTATCTG
SmilChr02G000349 Chr02 NC_080388.1:4524319-4524328promoter 内 2801-2810 bp - 1191 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 4519587-4523128(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGGG
SmilChr02G000202 Chr02 NC_080388.1:2604560-2604569promoter 内 2077-2086 bp + 1915 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 2606484-2608618(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGGG
SmilChr03G000334 Chr03 NC_080389.1:3785235-3785244promoter 内 2074-2083 bp - 1918 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 3787162-3788672(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCCTTATCTG
SmilChr01G003085 Chr01 NC_080387.1:49687583-49687592promoter 内 1856-1865 bp + 2136 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 49689728-49693147(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGGG
SmilChr02G002896 Chr02 NC_080388.1:49237635-49237644promoter 内 1630-1639 bp - 2362 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 49240006-49243113(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCCTTATCTG
SmilChr01G000545 Chr01 NC_080387.1:11260246-11260255promoter 内 1169-1178 bp + 2823 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 11263078-11263679(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGGG
SmilChr01G004396 Chr01 NC_080387.1:62108587-62108596promoter 内 315-324 bp - 3677 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 62112273-62113970(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCCTTATCTG
SmilChr02G002425 Chr02 NC_080388.1:42234632-42234641promoter 内 232-241 bp - 3760 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 42238401-42241061(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCCTTATCTG
SmilChr02G003581 Chr02 NC_080388.1:56977244-56977253promoter 内 42-51 bp - 3950 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 56970000-56973294(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGGG
SmilChr02G004756 Chr02 NC_080388.1:69741823-69741832promoter 内 2991-3000 bp - 1001 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 69738659-69740822(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGGG
SmilChr02G001763 Chr02 NC_080388.1:32371671-32371680promoter 内 2773-2782 bp + 1219 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 32372899-32374214(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGGG
SmilChr01G005257 Chr01 NC_080387.1:70071276-70071285promoter 内 2111-2120 bp - 1881 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 70073166-70073965(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCCTTATCTG
SmilChr01G005433 Chr01 NC_080387.1:71476485-71476494promoter 内 1437-1446 bp + 2555 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 71479049-71484760(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGGG
SmilChr02G002010 Chr02 NC_080388.1:36233778-36233787promoter 内 1400-1409 bp + 2592 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 36236379-36237725(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGGG
SmilChr02G003350 Chr02 NC_080388.1:54694023-54694032promoter 内 727-736 bp + 3265 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 54688348-54690758(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCCTTATCTG
SmilChr02G002049 Chr02 NC_080388.1:36884994-36885003promoter 内 620-629 bp - 3372 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 36879878-36881622(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CAGATAAGGG
SmilChr02G003852 Chr02 NC_080388.1:60294027-60294036promoter 内 689-698 bp - 3303 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 6 60290627-60290724(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TGGATAAGGT
SmilChr02G002230 Chr02 NC_080388.1:39656418-39656427promoter 内 3163-3172 bp - 829 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 4 39652687-39655589(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TGGATAAGGT
SmilChr03G000022 Chr03 NC_080389.1:355999-356008promoter 内 2042-2051 bp + 1950 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 4 352188-354049(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACCTTATCCA
SmilChr02G004642 Chr02 NC_080388.1:68879950-68879959promoter 内 855-864 bp - 3137 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 4 68869286-68876813(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TGGATAAGGT
SmilChr03G000023 Chr03 NC_080389.1:355999-356008promoter 内 99-108 bp + 3893 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 4 359901-361173(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TGGATAAGGT
SmilChr01G003037 Chr01 NC_080387.1:49376383-49376392promoter 内 3910-3919 bp + 82 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 3 49375882-49376301(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACCTTATCCA
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SmilChr02G000721 Chr02 NC_080388.1:11600948-11600957promoter 内 3158-3167 bp + 834 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 3 11601791-11604723(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TGGATAAGGT
SmilChr01G001410 Chr01 NC_080387.1:27688996-27689005promoter 内 3154-3163 bp + 838 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 3 27689843-27692777(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TGGATAAGGT
SmilChr02G001096 Chr02 NC_080388.1:19777525-19777534promoter 内 3128-3137 bp + 864 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 3 19778398-19784710(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TGGATAAGGT
SmilChr02G004295 Chr02 NC_080388.1:65309542-65309551promoter 内 3103-3112 bp + 889 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 3 65310440-65313328(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TGGATAAGGT
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SmilChr03G000561 Chr03 NC_080389.1:6100568-6100577promoter 内 2673-2682 bp + 1319 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 3 6101896-6104054(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TGGATAAGGT
SmilChr01G005353 Chr01 NC_080387.1:70766225-70766234promoter 内 2373-2382 bp + 1619 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 3 70763380-70764606(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACCTTATCCA
SmilChr01G001455 Chr01 NC_080387.1:28237398-28237407promoter 内 2362-2371 bp - 1630 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 3 28239037-28242801(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACCTTATCCA
SmilChr02G003869 Chr02 NC_080388.1:60700377-60700386promoter 内 2043-2052 bp + 1949 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 3 60702335-60705004(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TGGATAAGGT
SmilChr02G000591 Chr02 NC_080388.1:8463829-8463838promoter 内 1975-1984 bp + 2017 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 3 8465855-8466898(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TGGATAAGGT
SmilChr02G001097 Chr02 NC_080388.1:19777525-19777534promoter 内 1593-1602 bp + 2399 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 3 19779933-19782733(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TGGATAAGGT
SmilChr03G000596 Chr03 NC_080389.1:6618501-6618510promoter 内 1591-1600 bp - 2401 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 3 6613066-6616100(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TGGATAAGGT