转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003688; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003637-RA_Salv SmilChr02G003688 MYB XP_057794248.1 MP00028 GGCTCAGCGCG

可能结合的靶基因

9024 个结合位点 6764 个候选靶基因 第 8 / 136 下载 TSV

上一页 8 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005589 Chr01 NC_080387.1:72560468-72560478promoter 内 3133-3143 bp - 858 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 72558686-72559610(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCGCT
SmilChr01G005582 Chr01 NC_080387.1:72525265-72525275promoter 内 2821-2831 bp - 1170 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 72523486-72524095(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCGCT
SmilChr07G000101 Chr07 NC_080393.1:544521-544531promoter 内 2732-2742 bp - 1259 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 545790-547799(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCGCTGAGCG
SmilChr07G004298 Chr07 NC_080393.1:55570053-55570063promoter 内 1805-1815 bp + 2186 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 55572249-55573464(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GACTCAGCGCG
SmilChr01G005404 Chr01 NC_080387.1:71306772-71306782promoter 内 1480-1490 bp + 2511 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 71303109-71304261(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCGCTGAGCG
SmilChr04G003767 Chr04 NC_080390.1:53895967-53895977promoter 内 1392-1402 bp - 2599 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 53898576-53900830(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCGCTGAGCG
SmilChr01G005581 Chr01 NC_080387.1:72525265-72525275promoter 内 777-787 bp - 3214 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 72520570-72522051(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCGCT
SmilChr01G005584 Chr01 NC_080387.1:72525265-72525275promoter 内 721-731 bp - 3270 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 72528545-72529494(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGAGCC
SmilChr04G003716 Chr04 NC_080390.1:53458155-53458165promoter 内 3521-3531 bp + 470 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 53449875-53457685(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGAGCC
SmilChr07G000099 Chr07 NC_080393.1:544521-544531promoter 内 3504-3514 bp - 487 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 539750-544034(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCTCAGCGCA
SmilChr01G000524 Chr01 NC_080387.1:10700573-10700583promoter 内 2995-3005 bp + 996 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 10701579-10702581(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCGCT
SmilChr04G003525 Chr04 NC_080390.1:51633948-51633958promoter 内 2899-2909 bp + 1092 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 51635050-51636032(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCGTG
SmilChr07G001262 Chr07 NC_080393.1:9710597-9710607promoter 内 2744-2754 bp + 1247 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 9707670-9709350(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCGCTGAGCG
SmilChr01G003298 Chr01 NC_080387.1:51665428-51665438promoter 内 2676-2686 bp + 1315 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 51666753-51674549(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCTCAGCGCA
SmilChr04G000126 Chr04 NC_080390.1:1072308-1072318promoter 内 2640-2650 bp - 1351 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 1067777-1070957(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCGTG
SmilChr05G002371 Chr05 NC_080391.1:25968542-25968552promoter 内 2490-2500 bp - 1501 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 25970053-25977214(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CACGCTGAGCC
SmilChr04G000575 Chr04 NC_080390.1:6416775-6416785promoter 内 2475-2485 bp - 1516 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 6418301-6419386(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCGCTGAGCG
SmilChr01G001062 Chr01 NC_080387.1:21928395-21928405promoter 内 2419-2429 bp - 1572 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 21929977-21931446(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCGCTGAGCG
SmilChr03G003692 Chr03 NC_080389.1:55868231-55868241promoter 内 2139-2149 bp - 1852 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 55859600-55866379(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCGTG
SmilChr08G004436 Chr08 NC_080394.1:54055485-54055495promoter 内 1723-1733 bp + 2268 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 54057763-54058441(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GACTCAGCGCG
SmilChr07G000186 Chr07 NC_080393.1:1176630-1176640promoter 内 1680-1690 bp + 2311 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 1178951-1180616(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCGTG
SmilChr05G001129 Chr05 NC_080391.1:9417421-9417431promoter 内 1552-1562 bp - 2439 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 9419870-9426929(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CACGCTGAGCC
SmilChr04G003527 Chr04 NC_080390.1:51644177-51644187promoter 内 1367-1377 bp + 2624 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 51646811-51648140(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCGTG
SmilChr02G003687 Chr02 NC_080388.1:58271113-58271123promoter 内 1175-1185 bp + 2816 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 58273939-58274025(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCGTG
SmilChr02G001928 Chr02 NC_080388.1:34700007-34700017promoter 内 1060-1070 bp + 2931 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 34696916-34697076(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CACGCTGAGCC
SmilChr02G001859 Chr02 NC_080388.1:33787906-33787916promoter 内 1054-1064 bp - 2937 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 33790853-33791013(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CACGCTGAGCC
SmilChr08G003321 Chr08 NC_080394.1:34470347-34470357promoter 内 836-846 bp - 3155 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 34473512-34474238(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGAGTC
SmilChr04G003915 Chr04 NC_080390.1:54861692-54861702promoter 内 497-507 bp - 3494 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 54865196-54868355(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCGCTGAGCG
SmilChr04G003108 Chr04 NC_080390.1:47636688-47636698promoter 内 483-493 bp - 3508 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 47640206-47642840(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCGCTGAGCG
SmilChr07G000102 Chr07 NC_080393.1:544521-544531promoter 内 397-407 bp - 3594 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 548125-549914(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCGCTGAGCG
SmilChr06G002485 Chr06 NC_080392.1:35705088-35705098promoter 内 394-404 bp + 3597 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 35700648-35701491(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCGCTGAGCG
SmilChr06G000494 Chr06 NC_080392.1:4040993-4041003promoter 内 175-185 bp + 3816 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 4044819-4049031(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCGCT
SmilChr06G000582 Chr06 NC_080392.1:4983688-4983698promoter 内 119-129 bp + 3872 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 4987570-4991696(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCGCT
SmilChr01G001351 Chr01 NC_080387.1:26785884-26785894promoter 内 995-1005 bp - 2996 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 4 26788890-26794211(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAGCA
SmilChr01G003794 Chr01 NC_080387.1:56336839-56336849promoter 内 3070-3080 bp - 921 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 3 56335848-56335918(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCGCC
SmilChr01G003793 Chr01 NC_080387.1:56336839-56336849promoter 内 2780-2790 bp - 1211 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 3 56334125-56335628(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCGCC
SmilChr08G001842 Chr08 NC_080394.1:15807949-15807959promoter 内 2032-2042 bp + 1959 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 3 15805048-15805990(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCGCTGAGGC
SmilChr06G000252 Chr06 NC_080392.1:1673026-1673036promoter 内 3726-3736 bp + 265 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 1671680-1672761(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCGCTGAGGC
SmilChr08G001963 Chr08 NC_080394.1:17288398-17288408promoter 内 1780-1790 bp - 2211 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 17286115-17286187(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCTCAGCGGC
SmilChr01G003471 Chr01 NC_080387.1:53248770-53248780promoter 内 575-585 bp - 3416 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 53252196-53253778(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAGCA
SmilChr08G004940 Chr08 NC_080394.1:58293860-58293870promoter 内 539-549 bp - 3452 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 58288117-58290408(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCTCAGCGGC
SmilChr07G000641 Chr07 NC_080393.1:4322432-4322442promoter 内 476-486 bp - 3515 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 4316350-4318917(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCTCAGCGGC
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SmilChr08G004104 Chr08 NC_080394.1:49817016-49817026promoter 内 3548-3558 bp - 443 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 49817469-49819788(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCGCTGAGGC
SmilChr02G000316 Chr02 NC_080388.1:3982367-3982377promoter 内 3455-3465 bp - 536 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 3982913-3984679(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCGCTGAGGC
SmilChr05G000312 Chr05 NC_080391.1:2352098-2352108promoter 内 3407-3417 bp + 584 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 2352692-2356102(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCTCAGCGGC
SmilChr03G001528 Chr03 NC_080389.1:19043701-19043711promoter 内 3246-3256 bp + 745 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 19040345-19042956(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCGCTGAGGC
SmilChr08G002929 Chr08 NC_080394.1:29338065-29338075promoter 内 3236-3246 bp + 755 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 29338830-29340604(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGCTCAGCGCC
SmilChr03G001130 Chr03 NC_080389.1:13054810-13054820promoter 内 3180-3190 bp + 811 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 13055631-13056833(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCTCAGCGGC
SmilChr01G005419 Chr01 NC_080387.1:71396116-71396126promoter 内 3172-3182 bp - 819 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 71396945-71399306(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCGCTGAGCA