转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005298; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002362-RA_Salv SmilChr01G005298 ARR-B XP_057788621.1 MP00010 AAAGATACGG

可能结合的靶基因

9778 个结合位点 8344 个候选靶基因 第 80 / 167 下载 TSV

上一页 80 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G000099 Chr06 NC_080392.1:709177-709186promoter 内 3295-3304 bp - 697 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 707805-708480(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GGAGATACGC
SmilChr08G002290 Chr08 NC_080394.1:21372065-21372074promoter 内 3272-3281 bp - 720 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 21369519-21371345(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TGAGATACGG
SmilChr03G002241 Chr03 NC_080389.1:35332529-35332538promoter 内 3263-3272 bp + 729 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 35333267-35335667(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GTAGATACGA
SmilChr03G003039 Chr03 NC_080389.1:47284288-47284297promoter 内 3257-3266 bp - 735 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 47285032-47289471(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCGTATCTTA
SmilChr01G002113 Chr01 NC_080387.1:37166810-37166819promoter 内 3251-3260 bp + 741 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 37165997-37166069(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTCC
SmilChr02G000569 Chr02 NC_080388.1:8038178-8038187promoter 内 3233-3242 bp + 759 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 8038946-8040914(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TAAGATACGA
SmilChr07G000771 Chr07 NC_080393.1:5396690-5396699promoter 内 3215-3224 bp + 777 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 5394790-5395913(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCGTATCTTA
SmilChr06G003261 Chr06 NC_080392.1:45263579-45263588promoter 内 3209-3218 bp + 783 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 45258606-45262796(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCGTATCTTA
SmilChr02G000712 Chr02 NC_080388.1:11480875-11480884promoter 内 3178-3187 bp + 814 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 11478624-11480061(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCGTATCTAC
SmilChr04G003686 Chr04 NC_080390.1:53273455-53273464promoter 内 3162-3171 bp - 830 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 53271866-53272625(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TAAGATACGA
SmilChr01G002112 Chr01 NC_080387.1:37166810-37166819promoter 内 3153-3162 bp + 839 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 37163586-37165971(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTCC
SmilChr07G000932 Chr07 NC_080393.1:6653475-6653484promoter 内 3145-3154 bp + 847 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 6649581-6652628(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCGTATCTAC
SmilChr07G004305 Chr07 NC_080393.1:55634499-55634508promoter 内 3112-3121 bp - 880 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 55635388-55638373(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTGT
SmilChr07G001693 Chr07 NC_080393.1:14348505-14348514promoter 内 3106-3115 bp - 886 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 14341738-14347619(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GTAGATACGA
SmilChr08G003755 Chr08 NC_080394.1:42758561-42758570promoter 内 3099-3108 bp + 893 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 42759463-42768256(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TAAGATACGA
SmilChr07G000538 Chr07 NC_080393.1:3724043-3724052promoter 内 3092-3101 bp - 900 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 3721442-3723143(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GTAGATACGA
SmilChr04G001488 Chr04 NC_080390.1:24325760-24325769promoter 内 3088-3097 bp - 904 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 24326673-24330203(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCGTATCTTA
SmilChr07G001651 Chr07 NC_080393.1:13970571-13970580promoter 内 3085-3094 bp + 907 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 13966140-13969664(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCGTATCTTA
SmilChr03G001122 Chr03 NC_080389.1:12918772-12918781promoter 内 3084-3093 bp - 908 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 12919689-12925466(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GCGTATCTCC
SmilChr01G000623 Chr01 NC_080387.1:13961633-13961642promoter 内 3083-3092 bp + 909 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 13960398-13960724(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTCA
SmilChr01G005797 Chr01 NC_080387.1:74048511-74048520promoter 内 3073-3082 bp + 919 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 74049439-74053234(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TAAGATACGA
SmilChr07G002614 Chr07 NC_080393.1:25239984-25239993promoter 内 3069-3078 bp + 923 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 25240916-25244170(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GTAGATACGA
SmilChr05G003424 Chr05 NC_080391.1:45480132-45480141promoter 内 3044-3053 bp + 948 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 45481089-45481161(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GGAGATACGC
SmilChr07G004237 Chr07 NC_080393.1:54764771-54764780promoter 内 3037-3046 bp + 955 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 54765735-54770647(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GTAGATACGA
SmilChr07G001717 Chr07 NC_080393.1:14589078-14589087promoter 内 3029-3038 bp + 963 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 14590050-14593147(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TGAGATACGG
SmilChr03G000399 Chr03 NC_080389.1:4368348-4368357promoter 内 3012-3021 bp - 980 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 4365807-4367368(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TAAGATACGA
SmilChr08G004166 Chr08 NC_080394.1:50968115-50968124promoter 内 2948-2957 bp - 1044 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 50969168-50969625(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCGTATCTAC
SmilChr01G001196 Chr01 NC_080387.1:24115551-24115560promoter 内 2934-2943 bp + 1058 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 24116618-24118251(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TAAGATACGA
SmilChr01G001197 Chr01 NC_080387.1:24126091-24126100promoter 内 2933-2942 bp + 1059 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 24127159-24128791(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TAAGATACGA
SmilChr02G003928 Chr02 NC_080388.1:61354949-61354958promoter 内 2928-2937 bp - 1064 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 61356022-61361913(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCGTATCTTA
SmilChr03G001653 Chr03 NC_080389.1:21470252-21470261promoter 内 2916-2925 bp + 1076 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 21464796-21469176(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCGTATCTTA
SmilChr05G000361 Chr05 NC_080391.1:2694699-2694708promoter 内 2914-2923 bp - 1078 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 2691707-2693621(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GGAGATACGC
SmilChr05G000362 Chr05 NC_080391.1:2700237-2700246promoter 内 2914-2923 bp - 1078 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 2697325-2699159(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GGAGATACGC
SmilChr03G004337 Chr03 NC_080389.1:61697007-61697016promoter 内 2906-2915 bp - 1086 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 61698102-61699621(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCGTATCTTA
SmilChr05G004393 Chr05 NC_080391.1:57367317-57367326promoter 内 2893-2902 bp + 1099 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 57368425-57372651(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 GTAGATACGA
SmilChr03G000626 Chr03 NC_080389.1:6945687-6945696promoter 内 2866-2875 bp + 1126 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 6936230-6944561(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCGTATCTAC
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