转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001518; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00023584-RA_Salv SmilChr05G001518 WRKY XP_057765511.1 MP00455 AACGTTGACTATT

可能结合的靶基因

9792 个结合位点 6900 个候选靶基因 第 81 / 138 下载 TSV

上一页 81 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000698 Chr03 NC_080389.1:7802065-7802077promoter 内 3839-3851 bp - 150 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 7787199-7801915(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CACTTTGACTACT
SmilChr03G003411 Chr03 NC_080389.1:52453750-52453762promoter 内 3759-3771 bp - 230 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 52453992-52458315(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATTAGTCAACTGA
SmilChr01G000199 Chr01 NC_080387.1:3433363-3433375promoter 内 3647-3659 bp - 342 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 3433717-3434676(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GTTAGTCAACATT
SmilChr02G003164 Chr02 NC_080388.1:52678557-52678569promoter 内 3644-3656 bp - 345 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 52675067-52678212(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GTTGTTGACTTCT
SmilChr02G003021 Chr02 NC_080388.1:50897486-50897498promoter 内 3617-3629 bp + 372 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 50897870-50901111(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GTTGTTGACTTCT
SmilChr03G002232 Chr03 NC_080389.1:35219435-35219447promoter 内 3613-3625 bp - 376 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 35216607-35219059(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTGGTTGACTACG
SmilChr02G004915 Chr02 NC_080388.1:71126871-71126883promoter 内 3585-3597 bp + 404 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 71127287-71131478(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTTGTTGACTTGA
SmilChr01G000935 Chr01 NC_080387.1:19829569-19829581promoter 内 3583-3595 bp + 406 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 19827940-19829163(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTCAGTCAACAGG
SmilChr02G001543 Chr02 NC_080388.1:28682342-28682354promoter 内 3549-3561 bp + 440 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 28682794-28685836(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTGGTTGACTTAC
SmilChr02G002929 Chr02 NC_080388.1:49750852-49750864promoter 内 3479-3491 bp + 510 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 49751374-49755603(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGAGTTGACTAAA
SmilChr01G003840 Chr01 NC_080387.1:56743756-56743768promoter 内 3348-3360 bp + 641 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 56744409-56745452(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GTTGTTGACTACT
SmilChr03G002205 Chr03 NC_080389.1:34756706-34756718promoter 内 3328-3340 bp + 661 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 34757379-34761774(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTTGTTGACTATA
SmilChr03G004075 Chr03 NC_080389.1:59702837-59702849promoter 内 3258-3270 bp + 731 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 59699018-59702106(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGTAGTCAACCAA
SmilChr03G003910 Chr03 NC_080389.1:58195507-58195519promoter 内 3204-3216 bp - 785 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 58192431-58194722(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTTGTTGACTTGA
SmilChr03G003712 Chr03 NC_080389.1:56064731-56064743promoter 内 3138-3150 bp + 851 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 56065594-56068105(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTGGTTGACTTAC
SmilChr03G003711 Chr03 NC_080389.1:56059108-56059120promoter 内 3137-3149 bp + 852 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 56059972-56062482(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTGGTTGACTTAC
SmilChr01G000119 Chr01 NC_080387.1:2040393-2040405promoter 内 3127-3139 bp - 862 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 2037174-2039531(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCAGTTGACTGAT
SmilChr01G004956 Chr01 NC_080387.1:67642481-67642493promoter 内 3113-3125 bp - 876 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 67643369-67647185(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CCTAGTCAAACAT
SmilChr02G004913 Chr02 NC_080388.1:71126871-71126883promoter 内 3065-3077 bp + 924 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 71123696-71125947(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCAAGTCAACAAA
SmilChr01G000827 Chr01 NC_080387.1:17802746-17802758promoter 内 3059-3071 bp + 930 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 17803688-17804493(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CCGGTTGACTTCA
SmilChr03G003724 Chr03 NC_080389.1:56260590-56260602promoter 内 2979-2991 bp + 1010 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 56261612-56264124(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GAGTTTGACTAAT
SmilChr01G000826 Chr01 NC_080387.1:17802746-17802758promoter 内 2946-2958 bp + 1043 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 17795788-17801703(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGAAGTCAACCGG
SmilChr02G002544 Chr02 NC_080388.1:44297470-44297482promoter 内 2807-2819 bp + 1182 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 44294146-44296288(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTCAGTCAACACG
SmilChr01G001253 Chr01 NC_080387.1:25170901-25170913promoter 内 2798-2810 bp + 1191 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 25172104-25174860(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATGTTTGACTAGG
SmilChr02G004104 Chr02 NC_080388.1:63346957-63346969promoter 内 2712-2724 bp - 1277 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 63344953-63345680(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GAAGTTGACTTTC
SmilChr02G001479 Chr02 NC_080388.1:27664469-27664481promoter 内 2711-2723 bp + 1278 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 27659998-27663191(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATGAGTCAACCAT
SmilChr01G006140 Chr01 NC_080387.1:76914634-76914646promoter 内 2638-2650 bp + 1351 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 76909055-76913283(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GACAGTCAACATA
SmilChr02G003588 Chr02 NC_080388.1:57085630-57085642promoter 内 2635-2647 bp + 1354 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 57086996-57088465(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTGGTTGACTGAC
SmilChr02G001902 Chr02 NC_080388.1:34336827-34336839promoter 内 2628-2640 bp - 1361 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 34338200-34340347(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTCAGTCAACAGG
SmilChr01G002089 Chr01 NC_080387.1:36885454-36885466promoter 内 2613-2625 bp - 1376 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 36883067-36884078(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATGTTTGACTAGG
SmilChr03G003992 Chr03 NC_080389.1:58960846-58960858promoter 内 2470-2482 bp - 1519 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 58957357-58959327(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AATGTTGACTAAC
SmilChr01G004804 Chr01 NC_080387.1:66239801-66239813promoter 内 2409-2421 bp - 1580 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 66241393-66244561(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GTAAGTCAACATT
SmilChr03G000883 Chr03 NC_080389.1:10025363-10025375promoter 内 2388-2400 bp - 1601 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 10022162-10023762(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CAGGTTGACTAAC
SmilChr02G001575 Chr02 NC_080388.1:29254890-29254902promoter 内 2360-2372 bp + 1629 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 29251984-29253261(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTCAGTCAACAGG
SmilChr01G005009 Chr01 NC_080387.1:68116563-68116575promoter 内 2285-2297 bp - 1704 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 68118279-68120350(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TGAAGTCAACCGG
SmilChr03G001395 Chr03 NC_080389.1:16549122-16549134promoter 内 2184-2196 bp + 1805 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 16545470-16547317(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TTCAGTCAACAGG
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