转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G002543; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00020892-RA_Salv SmilChr08G002543 bZIP XP_057778423.1 MP00303 ACCAGCTGTCA

可能结合的靶基因

9868 个结合位点 7416 个候选靶基因 第 81 / 149 下载 TSV

上一页 81 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G003489 Chr04 NC_080390.1:51346249-51346259promoter 内 3063-3073 bp - 928 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 51341850-51345321(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CATGGCTGTCA
SmilChr01G003797 Chr01 NC_080387.1:56356139-56356149promoter 内 3040-3050 bp + 951 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 56350245-56355188(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCTCAA
SmilChr03G002224 Chr03 NC_080389.1:35061124-35061134promoter 内 2992-3002 bp - 999 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 35062133-35067198(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCCATG
SmilChr03G003172 Chr03 NC_080389.1:49095588-49095598promoter 内 2978-2988 bp - 1013 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 49092602-49094575(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CATGGCTGTCA
SmilChr02G004905 Chr02 NC_080388.1:71037491-71037501promoter 内 2949-2959 bp + 1042 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 71033826-71036449(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCCTAT
SmilChr03G002485 Chr03 NC_080389.1:39509653-39509663promoter 内 2883-2893 bp + 1108 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 39505343-39508545(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCCATG
SmilChr02G000044 Chr02 NC_080388.1:597854-597864promoter 内 2880-2890 bp + 1111 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 593910-596743(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCCATG
SmilChr02G002726 Chr02 NC_080388.1:47170424-47170434promoter 内 2811-2821 bp - 1180 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 47166173-47169244(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATAGGCTGTCA
SmilChr01G000660 Chr01 NC_080387.1:14725438-14725448promoter 内 2758-2768 bp + 1233 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 14726681-14734421(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CCCAGCTGTAG
SmilChr03G003048 Chr03 NC_080389.1:47384085-47384095promoter 内 2739-2749 bp - 1252 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 47385347-47389171(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCTCAA
SmilChr05G004133 Chr05 NC_080391.1:55325478-55325488promoter 内 2737-2747 bp + 1254 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 55309027-55324224(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCTCAA
SmilChr06G001634 Chr06 NC_080392.1:18321577-18321587promoter 内 2590-2600 bp + 1401 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 18319204-18320176(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCCATG
SmilChr05G000995 Chr05 NC_080391.1:8079215-8079225promoter 内 2548-2558 bp + 1443 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 8066534-8077772(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCCATG
SmilChr01G002083 Chr01 NC_080387.1:36776616-36776626promoter 内 2545-2555 bp + 1446 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 36770893-36775170(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCCATG
SmilChr03G000267 Chr03 NC_080389.1:3081643-3081653promoter 内 2473-2483 bp - 1518 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 3079532-3080125(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGAGCTGTCA
SmilChr02G002723 Chr02 NC_080388.1:47084888-47084898promoter 内 2436-2446 bp + 1555 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 47086453-47091132(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGAGCTGTCA
SmilChr05G000677 Chr05 NC_080391.1:5175327-5175337promoter 内 2328-2338 bp + 1663 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 5171907-5173664(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTACAGCTGGG
SmilChr01G000317 Chr01 NC_080387.1:6167451-6167461promoter 内 2324-2334 bp - 1667 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 6163128-6165784(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CATGGCTGTCA
SmilChr05G001384 Chr05 NC_080391.1:12406679-12406689promoter 内 2316-2326 bp - 1675 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 12408364-12409517(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCCATG
SmilChr05G001385 Chr05 NC_080391.1:12416126-12416136promoter 内 2316-2326 bp - 1675 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 12417811-12418964(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCCATG
SmilChr01G002635 Chr01 NC_080387.1:44633538-44633548promoter 内 2312-2322 bp + 1679 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 44635227-44639956(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGAGCTGTCA
SmilChr02G004648 Chr02 NC_080388.1:68909991-68910001promoter 内 2270-2280 bp + 1721 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 68911722-68913135(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATAGGCTGTCA
SmilChr02G004570 Chr02 NC_080388.1:68211827-68211837promoter 内 2259-2269 bp - 1732 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 68207567-68210095(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATAGGCTGTCA
SmilChr07G000837 Chr07 NC_080393.1:5966576-5966586promoter 内 2236-2246 bp - 1755 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 5961133-5964821(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGAGCTGTCA
SmilChr05G003613 Chr05 NC_080391.1:48224896-48224906promoter 内 2222-2232 bp + 1769 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 48226675-48229866(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATAGGCTGTCA
SmilChr05G002390 Chr05 NC_080391.1:26399721-26399731promoter 内 2221-2231 bp + 1770 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 26396998-26397951(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCCTAT
SmilChr04G000300 Chr04 NC_080390.1:2778247-2778257promoter 内 2143-2153 bp - 1848 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 2780105-2781652(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCCTAT
SmilChr05G000704 Chr05 NC_080391.1:5295086-5295096promoter 内 2052-2062 bp - 1939 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 5297035-5321242(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCTCAA
SmilChr01G000493 Chr01 NC_080387.1:10049216-10049226promoter 内 1907-1917 bp - 2084 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 10046263-10047132(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CATGGCTGTCA
SmilChr03G000266 Chr03 NC_080389.1:3081643-3081653promoter 内 1806-1816 bp - 2185 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 3077461-3079458(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGAGCTGTCA
SmilChr01G004435 Chr01 NC_080387.1:62445799-62445809promoter 内 1795-1805 bp + 2196 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 62448005-62450804(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CATGGCTGTCA
SmilChr01G004165 Chr01 NC_080387.1:60158782-60158792promoter 内 1766-1776 bp + 2225 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 60151027-60156557(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCCATG
SmilChr01G004311 Chr01 NC_080387.1:61293784-61293794promoter 内 1753-1763 bp + 2238 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 61289693-61291546(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TGACAGCCTAT
SmilChr02G004359 Chr02 NC_080388.1:65880716-65880726promoter 内 1712-1722 bp - 2279 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 65875157-65878437(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CATGGCTGTCA
SmilChr03G001551 Chr03 NC_080389.1:19538211-19538221promoter 内 1684-1694 bp + 2307 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 19540528-19540599(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CATGGCTGTCA
SmilChr06G000249 Chr06 NC_080392.1:1652152-1652162promoter 内 1676-1686 bp - 2315 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 1654477-1655494(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGACAGCTAGC
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SmilChr03G002368 Chr03 NC_080389.1:37319475-37319485promoter 内 1136-1146 bp - 2855 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 37315730-37316620(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TTGAGCTGTCA
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