转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003973; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011986-RA_Salv SmilChr04G003973 HD-ZIP XP_057805857.1 MP00013 TAATGATTGG

可能结合的靶基因

9712 个结合位点 5927 个候选靶基因 第 84 / 119 下载 TSV

上一页 84 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004118 Chr01 NC_080387.1:59708666-59708675promoter 内 1520-1529 bp + 2472 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 59711147-59712513(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GAATGATTAG
SmilChr01G004655 Chr01 NC_080387.1:64657285-64657294promoter 内 1494-1503 bp - 2498 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 64653899-64654787(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GAATGATTAG
SmilChr01G001794 Chr01 NC_080387.1:32810282-32810291promoter 内 1247-1256 bp - 2745 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 32813036-32817226(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CTAATCATTC
SmilChr01G005631 Chr01 NC_080387.1:72767216-72767225promoter 内 1246-1255 bp - 2746 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 72760374-72764470(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCGTGATTGG
SmilChr01G002719 Chr01 NC_080387.1:45466382-45466391promoter 内 1244-1253 bp - 2748 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 45469139-45471381(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CTAATCATTC
SmilChr02G000954 Chr02 NC_080388.1:16573224-16573233promoter 内 1120-1129 bp + 2872 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 16569435-16570352(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CTAATCATTC
SmilChr02G001550 Chr02 NC_080388.1:28787392-28787401promoter 内 1094-1103 bp + 2898 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 28790299-28792717(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GAATGATTAG
SmilChr02G003668 Chr02 NC_080388.1:58075010-58075019promoter 内 1094-1103 bp - 2898 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 58067179-58072112(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GAATGATTAG
SmilChr02G002940 Chr02 NC_080388.1:49897843-49897852promoter 内 1085-1094 bp + 2907 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 49900759-49908125(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCGTGATTGG
SmilChr02G001893 Chr02 NC_080388.1:34232794-34232803promoter 内 1000-1009 bp - 2992 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 34235795-34239338(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CTAATCATTC
SmilChr01G001002 Chr01 NC_080387.1:21110723-21110732promoter 内 945-954 bp - 3047 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 21113779-21114130(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CTAATCATTC
SmilChr02G001122 Chr02 NC_080388.1:20266413-20266422promoter 内 887-896 bp + 3105 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 20269527-20272752(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GAATGATTAG
SmilChr01G000627 Chr01 NC_080387.1:14054079-14054088promoter 内 762-771 bp + 3230 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 14049918-14050849(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCACGA
SmilChr02G000389 Chr02 NC_080388.1:4813489-4813498promoter 内 726-735 bp + 3266 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 4816764-4820556(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCGTGATTGG
SmilChr02G000021 Chr02 NC_080388.1:169873-169882promoter 内 712-721 bp + 3280 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 162502-166593(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CTAATCATTC
SmilChr02G002649 Chr02 NC_080388.1:45897409-45897418promoter 内 651-660 bp - 3341 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 45900759-45903568(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CTAATCATTC
SmilChr01G001768 Chr01 NC_080387.1:32509966-32509975promoter 内 646-655 bp - 3346 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 32513321-32516105(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCACGA
SmilChr02G001417 Chr02 NC_080388.1:26806520-26806529promoter 内 504-513 bp - 3488 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 26799343-26803032(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCGTGATTGG
SmilChr01G003584 Chr01 NC_080387.1:54412775-54412784promoter 内 452-461 bp - 3540 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 54416324-54421669(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCACGA
SmilChr02G000217 Chr02 NC_080388.1:2836176-2836185promoter 内 343-352 bp + 3649 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 2827451-2832527(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCACGA
SmilChr01G001474 Chr01 NC_080387.1:28504145-28504154promoter 内 64-73 bp - 3928 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 28508082-28509865(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CTAATCATTC
SmilChr02G002921 Chr02 NC_080388.1:49582384-49582393promoter 内 46-55 bp - 3946 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 49586339-49591276(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CTAATCATTC
SmilChr02G003512 Chr02 NC_080388.1:56316038-56316047promoter 内 1927-1936 bp - 2065 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 18 56318112-56320627(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATCC
SmilChr02G003563 Chr02 NC_080388.1:56807366-56807375promoter 内 2010-2019 bp - 1982 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 16 56809357-56812152(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATCC
SmilChr02G000398 Chr02 NC_080388.1:4919944-4919953promoter 内 3964-3973 bp - 28 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 8 4917253-4919916(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCGTGATTGG
SmilChr02G002823 Chr02 NC_080388.1:48347554-48347563promoter 内 2357-2366 bp + 1635 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 4 48342138-48345919(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATCC
SmilChr01G000500 Chr01 NC_080387.1:10153110-10153119promoter 内 3642-3651 bp - 350 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 3 10153469-10163806(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATCC
SmilChr01G005452 Chr01 NC_080387.1:71574645-71574654promoter 内 3666-3675 bp + 326 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 71570016-71574319(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATCC
SmilChr01G000490 Chr01 NC_080387.1:9962592-9962601promoter 内 3368-3377 bp + 624 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 9959422-9961968(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATCC
SmilChr02G002753 Chr02 NC_080388.1:47557512-47557521promoter 内 3340-3349 bp - 652 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 47556057-47556860(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCGTGATTGG
SmilChr02G002755 Chr02 NC_080388.1:47589807-47589816promoter 内 3302-3311 bp + 690 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 47590506-47591247(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCGTGATTGG
SmilChr01G005410 Chr01 NC_080387.1:71345840-71345849promoter 内 3234-3243 bp + 758 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 71345009-71345082(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATCC
SmilChr02G001272 Chr02 NC_080388.1:23282804-23282813promoter 内 3219-3228 bp + 773 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 23280332-23282031(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATCC
SmilChr01G005409 Chr01 NC_080387.1:71345840-71345849promoter 内 3195-3204 bp + 797 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 71341732-71345043(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATCC
SmilChr02G003334 Chr02 NC_080388.1:54578386-54578395promoter 内 3086-3095 bp - 906 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 54579301-54582613(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCACGG
SmilChr02G003252 Chr02 NC_080388.1:53819430-53819439promoter 内 2952-2961 bp - 1040 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 53815197-53818390(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GGATGATTGA
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SmilChr01G003465 Chr01 NC_080387.1:53213923-53213932promoter 内 71-80 bp + 3921 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 2 53217853-53218458(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GGATGATTGA
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