转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G001791; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007112-RA_Salv SmilChr02G001791 TCP XP_057795933.1 MP00062 GGGACCAC

可能结合的靶基因

7249 个结合位点 6454 个候选靶基因 第 86 / 130 下载 TSV

上一页 86 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000935 Chr02 NC_080388.1:16330870-16330877promoter 内 2121-2128 bp - 1873 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 16332750-16336805(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr07G002554 Chr07 NC_080393.1:24239308-24239315promoter 内 2121-2128 bp - 1873 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 24241188-24242823(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr08G000522 Chr08 NC_080394.1:3810023-3810030promoter 内 2121-2128 bp + 1873 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 3798702-3808150(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr02G001716 Chr02 NC_080388.1:31606610-31606617promoter 内 2120-2127 bp + 1874 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 31598685-31604736(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr02G005032 Chr02 NC_080388.1:72044044-72044051promoter 内 2120-2127 bp - 1874 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 72038169-72042170(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr07G004545 Chr07 NC_080393.1:58165091-58165098promoter 内 2120-2127 bp + 1874 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 58160398-58163217(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr08G000993 Chr08 NC_080394.1:7447877-7447884promoter 内 2119-2126 bp - 1875 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 7445292-7446002(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr01G003887 Chr01 NC_080387.1:57191371-57191378promoter 内 2118-2125 bp - 1876 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 57188378-57189495(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr04G003228 Chr04 NC_080390.1:49128435-49128442promoter 内 2118-2125 bp - 1876 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 49125281-49126559(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr05G002493 Chr05 NC_080391.1:27611378-27611385promoter 内 2117-2124 bp + 1877 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 27608457-27609501(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr02G000473 Chr02 NC_080388.1:6471625-6471632promoter 内 2115-2122 bp + 1879 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 6467041-6469746(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr05G002630 Chr05 NC_080391.1:29661896-29661903promoter 内 2115-2122 bp + 1879 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 29663782-29665604(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr01G003609 Chr01 NC_080387.1:54648448-54648455promoter 内 2114-2121 bp + 1880 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 54650335-54651619(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr03G003687 Chr03 NC_080389.1:55766562-55766569promoter 内 2114-2121 bp + 1880 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 55768449-55771826(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr04G001459 Chr04 NC_080390.1:24003915-24003922promoter 内 2114-2121 bp - 1880 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 24005802-24012038(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr05G000757 Chr05 NC_080391.1:5863287-5863294promoter 内 2114-2121 bp - 1880 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 5865174-5869422(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr02G004229 Chr02 NC_080388.1:64498811-64498818promoter 内 2113-2120 bp + 1881 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 64491924-64496930(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr06G000789 Chr06 NC_080392.1:7434819-7434826promoter 内 2111-2118 bp + 1883 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 7431293-7432936(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr07G001871 Chr07 NC_080393.1:16199833-16199840promoter 内 2109-2116 bp - 1885 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 16197257-16197948(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr02G003107 Chr02 NC_080388.1:52043466-52043473promoter 内 2107-2114 bp + 1887 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 52039649-52041579(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr04G000851 Chr04 NC_080390.1:10754166-10754173promoter 内 2106-2113 bp - 1888 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 10750160-10752278(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr07G001591 Chr07 NC_080393.1:13199837-13199844promoter 内 2106-2113 bp + 1888 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 13201732-13202447(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr03G002612 Chr03 NC_080389.1:41522274-41522281promoter 内 2105-2112 bp + 1889 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 41524170-41524241(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr07G002400 Chr07 NC_080393.1:22350329-22350336promoter 内 2105-2112 bp - 1889 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 22352225-22353625(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr01G004284 Chr01 NC_080387.1:61069026-61069033promoter 内 2104-2111 bp - 1890 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 61070923-61074006(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr07G002643 Chr07 NC_080393.1:25585456-25585463promoter 内 2104-2111 bp - 1890 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 25580115-25583566(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr07G003655 Chr07 NC_080393.1:43471981-43471988promoter 内 2104-2111 bp + 1890 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 43463595-43470091(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr08G000749 Chr08 NC_080394.1:5540986-5540993promoter 内 2104-2111 bp - 1890 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 5532119-5539096(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr02G005571 Chr02 NC_080388.1:75595923-75595930promoter 内 2102-2109 bp + 1892 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 75597822-75602866(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr04G000886 Chr04 NC_080390.1:11333075-11333082promoter 内 2101-2108 bp + 1893 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 11334975-11335953(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr03G000576 Chr03 NC_080389.1:6326980-6326987promoter 内 2100-2107 bp + 1894 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 6324433-6325086(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr05G002959 Chr05 NC_080391.1:35784366-35784373promoter 内 2100-2107 bp + 1894 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 35786267-35787433(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr07G000037 Chr07 NC_080393.1:167467-167474promoter 内 2100-2107 bp + 1894 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 162832-165573(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr04G004063 Chr04 NC_080390.1:55776256-55776263promoter 内 2098-2105 bp - 1896 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 55771626-55774360(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr05G003907 Chr05 NC_080391.1:52811828-52811835promoter 内 2098-2105 bp + 1896 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 52806271-52809932(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr07G000047 Chr07 NC_080393.1:201274-201281promoter 内 2096-2103 bp - 1898 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 197956-199376(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr07G003466 Chr07 NC_080393.1:38750292-38750299promoter 内 2095-2102 bp + 1899 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 38752198-38754479(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr02G004807 Chr02 NC_080388.1:70242203-70242210promoter 内 2091-2098 bp + 1903 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 70236589-70240300(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr04G003627 Chr04 NC_080390.1:52760292-52760299promoter 内 2091-2098 bp + 1903 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 52757318-52758389(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr06G000891 Chr06 NC_080392.1:8422234-8422241promoter 内 2090-2097 bp - 1904 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 8424145-8424609(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr07G000161 Chr07 NC_080393.1:964386-964393promoter 内 2090-2097 bp + 1904 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 960392-962482(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr02G000990 Chr02 NC_080388.1:17421327-17421334promoter 内 2089-2096 bp - 1905 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 17418789-17419422(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr04G003620 Chr04 NC_080390.1:52689546-52689553promoter 内 2089-2096 bp + 1905 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 52691458-52695462(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 TGGACCAC
SmilChr04G004065 Chr04 NC_080390.1:55776256-55776263promoter 内 2089-2096 bp - 1905 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 55778168-55779853(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr01G003205 Chr01 NC_080387.1:50815315-50815322promoter 内 2088-2095 bp - 1906 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 50811557-50813409(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr03G002305 Chr03 NC_080389.1:36279572-36279579promoter 内 2088-2095 bp - 1906 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 36281485-36284227(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr02G002636 Chr02 NC_080388.1:45743894-45743901promoter 内 2087-2094 bp - 1907 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 45745808-45746275(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCT
SmilChr05G000926 Chr05 NC_080391.1:7392725-7392732promoter 内 2085-2092 bp - 1909 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 7394641-7401660(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA
SmilChr08G002708 Chr08 NC_080394.1:26646109-26646116promoter 内 2085-2092 bp - 1909 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 26643383-26644200(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 AGGACCAC
SmilChr05G003687 Chr05 NC_080391.1:49999866-49999873promoter 内 2084-2091 bp + 1910 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 49987982-49997956(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCA