转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003688; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003637-RA_Salv SmilChr02G003688 MYB XP_057794248.1 MP00028 GGCTCAGCGCG

可能结合的靶基因

9024 个结合位点 6764 个候选靶基因 第 88 / 136 下载 TSV

上一页 88 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G003507 Chr03 NC_080389.1:53667272-53667282promoter 内 723-733 bp - 3268 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 53670550-53673864(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCGCTGAGAG
SmilChr08G002107 Chr08 NC_080394.1:18932654-18932664promoter 内 641-651 bp - 3350 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 18926376-18929304(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GAGTCAGCGCC
SmilChr01G000464 Chr01 NC_080387.1:9521816-9521826promoter 内 592-602 bp + 3399 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 9525225-9527003(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GAGTCAGCGCC
SmilChr07G001923 Chr07 NC_080393.1:16663420-16663430promoter 内 584-594 bp - 3407 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 16658242-16660013(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GAGTCAGCGCC
SmilChr07G004024 Chr07 NC_080393.1:51338631-51338641promoter 内 539-549 bp + 3452 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 51342093-51342940(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CTCTCAGCGGC
SmilChr02G000676 Chr02 NC_080388.1:10560307-10560317promoter 内 411-421 bp + 3580 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 10554034-10556727(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCGCTGAGAG
SmilChr02G002183 Chr02 NC_080388.1:39031341-39031351promoter 内 242-252 bp + 3749 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 39035100-39037243(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCGAA
SmilChr05G001318 Chr05 NC_080391.1:11334174-11334184promoter 内 186-196 bp + 3805 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 11337989-11338438(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CTCTCAGCGGC
SmilChr05G001317 Chr05 NC_080391.1:11334174-11334184promoter 内 155-165 bp + 3836 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 11324444-11330338(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCGCTGAGAG
SmilChr06G003195 Chr06 NC_080392.1:44829175-44829185promoter 内 19-29 bp - 3972 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 44833157-44835112(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GCCGCTGAGAG
SmilChr05G000111 Chr05 NC_080391.1:728494-728504promoter 内 16-26 bp + 3975 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 732479-733183(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CTCTCAGCGGC
SmilChr01G002769 Chr01 NC_080387.1:46145798-46145808promoter 内 1623-1633 bp - 2368 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 3 46136304-46143430(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCCTC
SmilChr01G000460 Chr01 NC_080387.1:9429414-9429424promoter 内 225-235 bp - 3766 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 3 9423489-9425648(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GATTCAGCGCG
SmilChr03G001387 Chr03 NC_080389.1:16421078-16421088promoter 内 3969-3979 bp - 22 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 16421110-16424014(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGAATC
SmilChr07G000872 Chr07 NC_080393.1:6250792-6250802promoter 内 2759-2769 bp - 1232 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 6245831-6249560(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCCTC
SmilChr03G001986 Chr03 NC_080389.1:29056880-29056890promoter 内 2734-2744 bp - 1257 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 29054470-29055623(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCACT
SmilChr06G001213 Chr06 NC_080392.1:12432664-12432674promoter 内 2596-2606 bp + 1395 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 12428016-12431269(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 ACGGCTGAGCC
SmilChr04G002923 Chr04 NC_080390.1:45497921-45497931promoter 内 2446-2456 bp - 1545 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 45491549-45496376(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CCCTCAGCGAC
SmilChr08G003449 Chr08 NC_080394.1:36970085-36970095promoter 内 2054-2064 bp - 1937 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 36967675-36968148(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCACT
SmilChr05G003527 Chr05 NC_080391.1:47152884-47152894promoter 内 1964-1974 bp + 2027 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 47148822-47150857(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGAACC
SmilChr07G002610 Chr07 NC_080393.1:25089022-25089032promoter 内 1075-1085 bp + 2916 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 25091948-25095916(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCCTC
SmilChr05G002974 Chr05 NC_080391.1:36209824-36209834promoter 内 750-760 bp + 3241 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 36202948-36206583(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GTCGCTGAGGG
SmilChr04G003068 Chr04 NC_080390.1:47211788-47211798promoter 内 601-611 bp - 3390 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 47215188-47223158(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 ACGGCTGAGCC
SmilChr05G000152 Chr05 NC_080391.1:1233047-1233057promoter 内 566-576 bp + 3425 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 1228255-1229622(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GTCGCTGAGGG
SmilChr08G001754 Chr08 NC_080394.1:14744305-14744315promoter 内 552-562 bp - 3439 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 14747754-14749570(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGTGCTGAGCG
SmilChr04G000680 Chr04 NC_080390.1:7844212-7844222promoter 内 155-165 bp - 3836 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 7848058-7850724(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GTCGCTGAGGG
SmilChr02G003256 Chr02 NC_080388.1:53875288-53875298promoter 内 63-73 bp - 3928 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 53862311-53871360(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCTCAGCACA
SmilChr05G001619 Chr05 NC_080391.1:14966611-14966621promoter 内 3937-3947 bp + 54 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 14961256-14966557(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GAGGCTGAGCC
SmilChr07G000070 Chr07 NC_080393.1:330742-330752promoter 内 3895-3905 bp + 96 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 327790-330646(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGTGCTGAGCC
SmilChr08G001748 Chr08 NC_080394.1:14703229-14703239promoter 内 3889-3899 bp + 102 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 14696655-14703127(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AGCGCTGAACC
SmilChr05G002286 Chr05 NC_080391.1:24629881-24629891promoter 内 3871-3881 bp + 120 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 24623679-24629761(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TCGGCTGAGCG
SmilChr02G001749 Chr02 NC_080388.1:32108908-32108918promoter 内 3825-3835 bp - 166 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 32109084-32110010(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGAATC
SmilChr01G002770 Chr01 NC_080387.1:46145798-46145808promoter 内 3744-3754 bp - 247 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 46144436-46145551(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCCTC
SmilChr02G000564 Chr02 NC_080388.1:7968256-7968266promoter 内 3573-3583 bp - 418 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 7961432-7967838(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCTCAGCACA
SmilChr03G003496 Chr03 NC_080389.1:53582938-53582948promoter 内 3550-3560 bp + 441 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 53581454-53582497(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GAGGCTGAGCC
SmilChr03G002605 Chr03 NC_080389.1:41438401-41438411promoter 内 3440-3450 bp + 551 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 41438962-41444298(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GACACAGCGCG
SmilChr08G002903 Chr08 NC_080394.1:28991024-28991034promoter 内 3423-3433 bp - 568 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 28991602-28992839(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCGCTGAATC
SmilChr05G003894 Chr05 NC_080391.1:52683843-52683853promoter 内 3300-3310 bp + 691 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 52677033-52683152(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGTGCTGAGCG
SmilChr03G003332 Chr03 NC_080389.1:51588708-51588718promoter 内 3294-3304 bp - 697 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 51589415-51591216(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GAGGCTGAGCC
SmilChr07G001172 Chr07 NC_080393.1:8826335-8826345promoter 内 3236-3246 bp + 755 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 8821545-8825580(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGTGCTGAGCG
SmilChr01G004126 Chr01 NC_080387.1:59755892-59755902promoter 内 3218-3228 bp - 773 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 59756675-59758001(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 AACGCTGAGTC
SmilChr01G000656 Chr01 NC_080387.1:14620199-14620209promoter 内 3203-3213 bp + 788 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 14614324-14619411(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GAGGCTGAGCC
SmilChr08G002902 Chr08 NC_080394.1:28991024-28991034promoter 内 3198-3208 bp - 793 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 28987849-28990231(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GATTCAGCGCG
SmilChr01G005103 Chr01 NC_080387.1:68822524-68822534promoter 内 3163-3173 bp + 828 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 68818996-68821696(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGTGCTGAGCG
SmilChr01G005098 Chr01 NC_080387.1:68805934-68805944promoter 内 3111-3121 bp + 880 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 68802452-68805054(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGTGCTGAGCG
SmilChr02G003911 Chr02 NC_080388.1:61200975-61200985promoter 内 3096-3106 bp + 895 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 61195543-61200080(-) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 TGTGCTGAGCG
SmilChr03G002961 Chr03 NC_080389.1:46367568-46367578promoter 内 3036-3046 bp + 955 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 46368533-46374019(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 CGCTCAGCACA
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SmilChr05G004196 Chr05 NC_080391.1:55829512-55829522promoter 内 2993-3003 bp + 998 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 55830520-55832866(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GATTCAGCGCG
SmilChr06G003136 Chr06 NC_080392.1:44267915-44267925promoter 内 2988-2998 bp + 1003 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 44268928-44271557(+) SMil_00003637-RA_Salv MP00028 GGCTCAGCCTC