转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003117; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008316-RA_Salv SmilChr04G003117 C2H2 XP_057809539.1 MP00592 AAGAAAACGACAAAAAA

可能结合的靶基因

9901 个结合位点 8519 个候选靶基因 第 88 / 171 下载 TSV

上一页 88 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G001853 Chr08 NC_080394.1:15924881-15924897promoter 内 806-822 bp + 3179 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 15928076-15931215(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CTAAAAATGACAAAAAA
SmilChr06G000229 Chr06 NC_080392.1:1547583-1547599promoter 内 786-802 bp + 3199 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 1540443-1544384(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCATTTTTAG
SmilChr01G003851 Chr01 NC_080387.1:56795223-56795239promoter 内 776-792 bp + 3209 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 56798448-56799858(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 GAGAAAGAGACAAAAGC
SmilChr07G001058 Chr07 NC_080393.1:7743914-7743930promoter 内 776-792 bp + 3209 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 7736645-7740705(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TCATTTGTCGTTTACAA
SmilChr05G000864 Chr05 NC_080391.1:6859829-6859845promoter 内 773-789 bp + 3212 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 6851903-6856617(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCATTTTTAG
SmilChr01G005300 Chr01 NC_080387.1:70299192-70299208promoter 内 742-758 bp - 3243 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 70295068-70295949(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CAAGACAAGACAAAACA
SmilChr01G004429 Chr01 NC_080387.1:62385071-62385087promoter 内 732-748 bp - 3253 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 62388340-62389416(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCATTTTTAG
SmilChr06G000647 Chr06 NC_080392.1:5738262-5738278promoter 内 672-688 bp + 3313 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 5733556-5734949(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TATTTTGTCTTTTTAAA
SmilChr08G002128 Chr08 NC_080394.1:19166729-19166745promoter 内 668-684 bp - 3317 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 19162028-19163412(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CTAAAAATGACAAAAAA
SmilChr05G000606 Chr05 NC_080391.1:4567576-4567592promoter 内 607-623 bp + 3378 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 4570970-4573365(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TGTAAACCGACAAAATT
SmilChr08G003089 Chr08 NC_080394.1:31105415-31105431promoter 内 599-615 bp - 3386 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 31108817-31109911(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCATTTTTAG
SmilChr01G000769 Chr01 NC_080387.1:16819512-16819528promoter 内 590-606 bp - 3395 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 16822923-16823270(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCTGCTTTTT
SmilChr07G000476 Chr07 NC_080393.1:3333598-3333614promoter 内 587-603 bp + 3398 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 3324682-3330200(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CATCTTGTCGTTTTTCT
SmilChr08G004744 Chr08 NC_080394.1:56809075-56809091promoter 内 584-600 bp + 3401 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 56812492-56821273(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TGTAAAATGACAAAAAA
SmilChr08G004762 Chr08 NC_080394.1:56984221-56984237promoter 内 580-596 bp - 3405 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 56978478-56980816(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TCGGAGAAGACAAAAGA
SmilChr01G002076 Chr01 NC_080387.1:36713276-36713292promoter 内 565-581 bp + 3420 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 36708310-36709856(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TATTTTGTCATTTTTTA
SmilChr02G000785 Chr02 NC_080388.1:12905600-12905616promoter 内 556-572 bp - 3429 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 12901317-12902171(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TAGTATAGGACAAAATT
SmilChr08G000739 Chr08 NC_080394.1:5469163-5469179promoter 内 548-564 bp - 3437 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 5472616-5476520(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCATTTTTAG
SmilChr01G002850 Chr01 NC_080387.1:47079012-47079028promoter 内 546-562 bp - 3439 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 47072622-47075573(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AGAAACCCGACAAAAAA
SmilChr05G000276 Chr05 NC_080391.1:2132893-2132909promoter 内 528-544 bp - 3457 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 2136366-2137767(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCTTTAAATT
SmilChr03G001433 Chr03 NC_080389.1:17022499-17022515promoter 内 509-525 bp + 3476 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 17015322-17019023(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCATTTTTAG
SmilChr03G002182 Chr03 NC_080389.1:33898829-33898845promoter 内 504-520 bp - 3481 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 33894567-33895348(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 GAAATAGCGACAAAAAA
SmilChr08G002129 Chr08 NC_080394.1:19166729-19166745promoter 内 500-516 bp - 3485 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 19170230-19175271(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCATTTTTAG
SmilChr04G001377 Chr04 NC_080390.1:22372138-22372154promoter 内 497-513 bp - 3488 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 22367109-22368650(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ATATAAAAGACAAAAAT
SmilChr06G001015 Chr06 NC_080392.1:10044411-10044427promoter 内 485-501 bp + 3500 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 10047927-10051822(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CTAAAAATGACAAAAAA
SmilChr04G000162 Chr04 NC_080390.1:1435642-1435658promoter 内 483-499 bp - 3502 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 1439160-1441180(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ATTTTTGTCCTCATCGT
SmilChr07G000766 Chr07 NC_080393.1:5365453-5365469promoter 内 481-497 bp - 3504 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 5368973-5369456(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TCTTTTGTCTTGTAGCT
SmilChr03G001296 Chr03 NC_080389.1:15153752-15153768promoter 内 462-478 bp + 3523 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 15157291-15160121(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CAGGACAAGACAAAATG
SmilChr06G002689 Chr06 NC_080392.1:38819832-38819848promoter 内 443-459 bp - 3542 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 38814854-38816290(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TAAAAAATGACAAAATA
SmilChr03G003241 Chr03 NC_080389.1:50315875-50315891promoter 内 412-428 bp + 3573 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 50306234-50312302(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TATTTTGTCTTGTTATT
SmilChr02G000739 Chr02 NC_080388.1:11978337-11978353promoter 内 409-425 bp - 3576 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 11981929-11982861(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCATTTTTAG
SmilChr03G001434 Chr03 NC_080389.1:17022499-17022515promoter 内 405-421 bp + 3580 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 17026095-17027142(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CTAAAAATGACAAAAAA
SmilChr07G002174 Chr07 NC_080393.1:19928964-19928980promoter 内 403-419 bp - 3582 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 19932562-19938524(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCATTTTACA
SmilChr07G000776 Chr07 NC_080393.1:5437148-5437164promoter 内 383-399 bp - 3602 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 5440766-5442248(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 GTTTTTGTCTATTTCTG
SmilChr08G003990 Chr08 NC_080394.1:48114441-48114457promoter 内 370-386 bp - 3615 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 48105356-48110826(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CTAAAAATGACAAAAAA
SmilChr07G004274 Chr07 NC_080393.1:55230161-55230177promoter 内 363-379 bp + 3622 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 55223924-55226539(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CTTTTTGTCGTTTGTGT
SmilChr07G003489 Chr07 NC_080393.1:39463987-39464003promoter 内 349-365 bp + 3636 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 39458740-39460351(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ATTTTTGTCTTTTATAT
SmilChr08G003983 Chr08 NC_080394.1:47981299-47981315promoter 内 345-361 bp - 3640 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 47972314-47977659(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CTAAAAATGACAAAAAA
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SmilChr08G001669 Chr08 NC_080394.1:13913710-13913726promoter 内 260-276 bp + 3725 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 13917451-13926217(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CTAAAAATGACAAAAAA
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SmilChr05G001188 Chr05 NC_080391.1:9966203-9966219promoter 内 123-139 bp + 3862 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 9970081-9970750(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AAGATAATGACAAAAAT
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SmilChr07G002814 Chr07 NC_080393.1:28170132-28170148promoter 内 3-19 bp - 3982 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 28174130-28175488(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCTTGTGGTG