转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003367; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001784-RA_Salv SmilChr04G003367 MYB XP_057804957.1 MP00191 ATTAACCTTATCCTC

可能结合的靶基因

9690 个结合位点 6736 个候选靶基因 第 88 / 135 下载 TSV

上一页 88 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001892 Chr02 NC_080388.1:34224438-34224452promoter 内 711-725 bp + 3276 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 34227728-34230415(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GGATACCTTATCTGA
SmilChr02G001191 Chr02 NC_080388.1:21833563-21833577promoter 内 684-698 bp + 3303 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 21836880-21838824(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAAGGTCTTATCCAC
SmilChr02G004035 Chr02 NC_080388.1:62648817-62648831promoter 内 655-669 bp - 3332 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 62652163-62655801(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATGATAAGGTCACA
SmilChr02G000699 Chr02 NC_080388.1:11190294-11190308promoter 内 651-665 bp - 3336 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 11185973-11186958(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGCACCTTATCTCT
SmilChr02G003380 Chr02 NC_080388.1:54918306-54918320promoter 内 640-654 bp - 3347 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 54921667-54927229(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TATGATAAGGGTGGG
SmilChr03G001147 Chr03 NC_080389.1:13227929-13227943promoter 内 624-638 bp - 3363 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 13222908-13224566(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GGATACCTTATCTGA
SmilChr03G000577 Chr03 NC_080389.1:6397593-6397607promoter 内 560-574 bp - 3427 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 6390720-6394166(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTGCACCATATCCTC
SmilChr01G000010 Chr01 NC_080387.1:228858-228872promoter 内 543-557 bp + 3444 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 221140-225414(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAATGAAATC
SmilChr01G001193 Chr01 NC_080387.1:24065039-24065053promoter 内 535-549 bp - 3452 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 24068505-24071345(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAAGATAAA
SmilChr02G002168 Chr02 NC_080388.1:38905373-38905387promoter 内 507-521 bp - 3480 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 38908867-38910207(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGTGATAAGGAAATG
SmilChr02G000895 Chr02 NC_080388.1:15390642-15390656promoter 内 398-412 bp - 3589 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 15394245-15399848(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTGGATAAGCATAGG
SmilChr03G000634 Chr03 NC_080389.1:6986380-6986394promoter 内 373-387 bp - 3614 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 6981635-6982766(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTATTATTATCCTA
SmilChr01G000947 Chr01 NC_080387.1:20049314-20049328promoter 内 371-385 bp - 3616 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 20052944-20053937(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAATATAATG
SmilChr02G003620 Chr02 NC_080388.1:57499984-57499998promoter 内 187-201 bp - 3800 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 57494061-57496184(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAGATCCTTATCACT
SmilChr03G001196 Chr03 NC_080389.1:13784789-13784803promoter 内 104-118 bp - 3883 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 13777504-13780906(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAAGATCTTATCCGT
SmilChr01G005679 Chr01 NC_080387.1:73056546-73056560promoter 内 86-100 bp + 3901 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 73060461-73061805(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CGTTACCTTATCAGA
SmilChr03G001161 Chr03 NC_080389.1:13383321-13383335promoter 内 56-70 bp + 3931 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 13387266-13388270(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTATTATTATCCTA
SmilChr02G003302 Chr02 NC_080388.1:54296661-54296675promoter 内 3683-3697 bp - 304 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 3 54296979-54300177(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCGGATAAGCTTTAA
SmilChr02G005522 Chr02 NC_080388.1:75310732-75310746promoter 内 1658-1672 bp - 2329 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 3 75307611-75308403(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCCATACTTATCCTC
SmilChr03G000145 Chr03 NC_080389.1:1584078-1584092promoter 内 1034-1048 bp - 2953 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 3 1587045-1589941(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGAGATAAGGAGTTC
SmilChr03G001716 Chr03 NC_080389.1:23012096-23012110promoter 内 529-543 bp + 3458 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 3 23006394-23008638(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GGAGATAAGGGGGTG
SmilChr01G002418 Chr01 NC_080387.1:41624036-41624050promoter 内 430-444 bp - 3557 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 3 41617606-41620479(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTATTTGTTATCCTC
SmilChr02G003330 Chr02 NC_080388.1:54554923-54554937promoter 内 3772-3786 bp - 215 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 54553101-54554708(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATAAAGCTTATCCCT
SmilChr01G000460 Chr01 NC_080387.1:9425976-9425990promoter 内 3659-3673 bp - 328 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 9423489-9425648(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GACGTCCTTATCTGT
SmilChr02G000918 Chr02 NC_080388.1:15898440-15898454promoter 内 3488-3502 bp - 499 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 15898953-15902329(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGGGATAAGGGTTTC
SmilChr03G001671 Chr03 NC_080389.1:21760091-21760105promoter 内 3318-3332 bp + 669 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 21760774-21764204(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTTAACTTATCCTC
SmilChr02G002051 Chr02 NC_080388.1:36927230-36927244promoter 内 3284-3298 bp + 703 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 36927947-36929065(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACCACCATTATCCTC
SmilChr02G003959 Chr02 NC_080388.1:61768402-61768416promoter 内 3272-3286 bp - 715 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 61769131-61770352(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCTGATAAGGTGCAA
SmilChr03G001707 Chr03 NC_080389.1:22667600-22667614promoter 内 3204-3218 bp + 783 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 22668397-22671563(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTTAACTTATCCTC
SmilChr01G001093 Chr01 NC_080387.1:22378322-22378336promoter 内 2600-2614 bp - 1387 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 22379723-22397006(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAAGATAAGGCAACT
SmilChr02G002150 Chr02 NC_080388.1:38710171-38710185promoter 内 2542-2556 bp + 1445 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 38705392-38708726(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGCTATTC
SmilChr01G006059 Chr01 NC_080387.1:76040603-76040617promoter 内 1941-1955 bp - 2046 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 76042663-76046903(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTGATAAGGAAACA
SmilChr02G003960 Chr02 NC_080388.1:61768402-61768416promoter 内 1854-1868 bp - 2133 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 61770549-61774436(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCTGATAAGGTGCAA
SmilChr01G003994 Chr01 NC_080387.1:58368894-58368908promoter 内 1832-1846 bp - 2155 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 58363258-58366739(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGTTTTCTTATCCCA
SmilChr01G002666 Chr01 NC_080387.1:44886708-44886722promoter 内 1405-1419 bp + 2582 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 44883300-44884126(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCGGATAAGCATGCC
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SmilChr01G003996 Chr01 NC_080387.1:58368894-58368908promoter 内 663-677 bp - 3324 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 58372232-58373246(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGGGATAAGAAAACA
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