转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 88 / 121 下载 TSV

上一页 88 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004580 Chr01 NC_080387.1:63847139-63847153promoter 内 3654-3668 bp + 333 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 63847486-63849430(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GATTCTAGATCTACC
SmilChr02G003214 Chr02 NC_080388.1:53332199-53332213promoter 内 3605-3619 bp - 382 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 53332595-53333152(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTGAGATCTAGAGAT
SmilChr01G006024 Chr01 NC_080387.1:75817833-75817847promoter 内 3582-3596 bp - 405 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 75812618-75817428(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCACTTAGATCTCAA
SmilChr03G004254 Chr03 NC_080389.1:61013034-61013048promoter 内 3520-3534 bp - 467 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 61013515-61024170(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TACAGATCTCAATTC
SmilChr01G004114 Chr01 NC_080387.1:59668185-59668199promoter 内 3512-3526 bp - 475 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 59668674-59671246(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATGAGATCTATTTTT
SmilChr05G001276 Chr05 NC_080391.1:10913814-10913828promoter 内 3428-3442 bp - 559 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 10910348-10913255(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGACCTAAATCTGAA
SmilChr03G004041 Chr03 NC_080389.1:59416511-59416525promoter 内 3393-3407 bp - 594 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 59417119-59419256(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATGAGATCTAATTTA
SmilChr05G001582 Chr05 NC_080391.1:14528210-14528224promoter 内 3345-3359 bp - 642 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 14528866-14529918(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTAGATCTAGTTAG
SmilChr03G003204 Chr03 NC_080389.1:49585213-49585227promoter 内 3338-3352 bp + 649 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 49583985-49584564(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATGAGATCTATTTTT
SmilChr03G000126 Chr03 NC_080389.1:1378537-1378551promoter 内 3308-3322 bp - 679 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 1375998-1377858(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATATATAGATCTGTT
SmilChr01G000741 Chr01 NC_080387.1:16421215-16421229promoter 内 3293-3307 bp + 694 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 16421923-16422717(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGTGACGGATCTGAA
SmilChr05G001150 Chr05 NC_080391.1:9671429-9671443promoter 内 3293-3307 bp - 694 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 9669454-9670735(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATATTTAGATCTATG
SmilChr01G001067 Chr01 NC_080387.1:22018827-22018841promoter 内 3287-3301 bp + 700 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 22019541-22023684(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGTGACGGATCTGAA
SmilChr04G003505 Chr04 NC_080390.1:51447334-51447348promoter 内 3276-3290 bp + 711 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 51448059-51449794(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TACAATGGATCTGAG
SmilChr05G001395 Chr05 NC_080391.1:12513559-12513573promoter 内 3259-3273 bp - 728 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 12514301-12520239(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GACAGATCTGGTAAC
SmilChr01G004298 Chr01 NC_080387.1:61167991-61168005promoter 内 3207-3221 bp + 780 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 61168785-61172798(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TACAACAGATCTGAT
SmilChr04G001095 Chr04 NC_080390.1:15671486-15671500promoter 内 3184-3198 bp - 803 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 15672303-15672911(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTAGATCTATATTA
SmilChr01G000484 Chr01 NC_080387.1:9917977-9917991promoter 内 3159-3173 bp - 828 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 9918819-9919442(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCAGATCTGTTGCC
SmilChr04G000256 Chr04 NC_080390.1:2324629-2324643promoter 内 3145-3159 bp + 842 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 2325485-2326075(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGTGACGGATCTGAA
SmilChr01G005600 Chr01 NC_080387.1:72595009-72595023promoter 内 3029-3043 bp - 958 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 72593891-72594051(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TATAACGGATCTGAA
SmilChr01G000729 Chr01 NC_080387.1:16224468-16224482promoter 内 2992-3006 bp - 995 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 16225477-16227754(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCAGATCTGGCGGT
SmilChr03G002413 Chr03 NC_080389.1:38374919-38374933promoter 内 2824-2838 bp - 1163 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 38372638-38373756(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GACGGCAGATCTGCG
SmilChr03G002415 Chr03 NC_080389.1:38381211-38381225promoter 内 2824-2838 bp - 1163 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 38378930-38380048(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GACGGCAGATCTGCG
SmilChr04G002686 Chr04 NC_080390.1:42293328-42293342promoter 内 2761-2775 bp - 1226 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 42294568-42297970(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTCAAATA
SmilChr01G004062 Chr01 NC_080387.1:59042140-59042154promoter 内 2740-2754 bp + 1247 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 59040510-59040893(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCAGATCTGCCGCC
SmilChr05G001416 Chr05 NC_080391.1:12794167-12794181promoter 内 2653-2667 bp - 1334 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 12790333-12792833(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGTTTGAGATCTGCA
SmilChr02G002492 Chr02 NC_080388.1:43361740-43361754promoter 内 2635-2649 bp - 1352 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 43353388-43360388(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGTTTGAGATCTGCA
SmilChr02G004924 Chr02 NC_080388.1:71254384-71254398promoter 内 2633-2647 bp - 1354 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 71252206-71253030(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGTTTGAGATCTGCA
SmilChr03G000181 Chr03 NC_080389.1:1945625-1945639promoter 内 2592-2606 bp - 1395 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 1938732-1944230(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGAGAGAGATCTGAT
SmilChr02G003693 Chr02 NC_080388.1:58379017-58379031promoter 内 2558-2572 bp + 1429 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 58373232-58377588(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTCAAACT
SmilChr02G003819 Chr02 NC_080388.1:59819198-59819212promoter 内 2546-2560 bp + 1441 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 59816543-59817757(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATAAGATCTAATTTC
SmilChr01G005137 Chr01 NC_080387.1:69159356-69159370promoter 内 2537-2551 bp + 1450 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 69160820-69162997(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGTTTGAGATCTGCA
SmilChr03G004422 Chr03 NC_080389.1:62392808-62392822promoter 内 2512-2526 bp + 1475 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 62394297-62394380(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCGATTAGATCTGTA
SmilChr04G001706 Chr04 NC_080390.1:28197892-28197906promoter 内 2512-2526 bp - 1475 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 28199381-28202166(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TACAGATCTCAATTC
SmilChr01G002088 Chr01 NC_080387.1:36863701-36863715promoter 内 2510-2524 bp - 1477 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 36861484-36862224(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGTGACGGATCTGAA
SmilChr03G001976 Chr03 NC_080389.1:28602018-28602032promoter 内 2445-2459 bp + 1542 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 28603574-28609243(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TAATCTAGATCTATT
SmilChr02G001930 Chr02 NC_080388.1:34704177-34704191promoter 内 2436-2450 bp - 1551 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 34701680-34702626(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCTCCGAGATCTGGG
SmilChr02G003916 Chr02 NC_080388.1:61253209-61253223promoter 内 2420-2434 bp + 1567 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 61250076-61251642(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCCACTTT
SmilChr01G000742 Chr01 NC_080387.1:16421215-16421229promoter 内 2417-2431 bp + 1570 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 16422799-16423392(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGTGACGGATCTGAA
SmilChr05G001061 Chr05 NC_080391.1:8768973-8768987promoter 内 2414-2428 bp + 1573 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 8770560-8774801(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGTGACGGATCTGAA
SmilChr03G002816 Chr03 NC_080389.1:44644285-44644299promoter 内 2368-2382 bp + 1619 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 44645918-44650101(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATTCTAGATCGGGT
SmilChr04G001524 Chr04 NC_080390.1:25156791-25156805promoter 内 2287-2301 bp + 1700 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 25158505-25162846(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACTAATGGATCTGAT
SmilChr03G001945 Chr03 NC_080389.1:27725554-27725568promoter 内 2263-2277 bp + 1724 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 27727292-27730928(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCGTTTAGATCTGCT
SmilChr05G001673 Chr05 NC_080391.1:15867253-15867267promoter 内 2218-2232 bp + 1769 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 15860542-15865484(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTACCTTG
SmilChr04G002267 Chr04 NC_080390.1:36680980-36680994promoter 内 2208-2222 bp + 1779 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 36682773-36686580(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGTTTGAGATCTGCA
SmilChr01G004579 Chr01 NC_080387.1:63847139-63847153promoter 内 2195-2209 bp + 1792 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 63843623-63845347(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGTAGATCTAGAATC
SmilChr03G004421 Chr03 NC_080389.1:62392808-62392822promoter 内 2102-2116 bp + 1885 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 62388024-62390923(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TACAGATCTAATCGC
SmilChr01G005599 Chr01 NC_080387.1:72595009-72595023promoter 内 2094-2108 bp - 1893 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 72592996-72593116(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TATAACGGATCTGAA
SmilChr02G004500 Chr02 NC_080388.1:67502317-67502331promoter 内 2082-2096 bp - 1905 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 67504236-67504990(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATGGGATCTAGTTTT
SmilChr05G000464 Chr05 NC_080391.1:3513853-3513867promoter 内 2015-2029 bp + 1972 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 3509127-3511881(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACCAGATCTACCATC