转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004199; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010571-RA_Salv SmilChr01G004199 bHLH XP_057782208.1 MP00074 AGAAGGTCACGTGG

可能结合的靶基因

9969 个结合位点 7396 个候选靶基因 第 89 / 148 下载 TSV

上一页 89 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G004436 Chr03 NC_080389.1:62477571-62477584promoter 内 766-779 bp + 3222 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 62480806-62484657(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CTAGTTTCACGTGG
SmilChr02G002488 Chr02 NC_080388.1:43296484-43296497promoter 内 666-679 bp - 3322 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 43299819-43300526(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ACACGTGACAGTCG
SmilChr02G002992 Chr02 NC_080388.1:50589353-50589366promoter 内 525-538 bp - 3463 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 50592829-50601363(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ACACGTGACAGTCG
SmilChr07G001694 Chr07 NC_080393.1:14348350-14348363promoter 内 481-494 bp - 3507 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 14351870-14352947(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGACGATTG
SmilChr01G003635 Chr01 NC_080387.1:54869530-54869543promoter 内 414-427 bp + 3574 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 54865129-54865956(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ACACGTGACAGTCG
SmilChr04G001003 Chr04 NC_080390.1:13909513-13909526promoter 内 370-383 bp + 3618 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 13913144-13913735(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CGACTGTCACGTGT
SmilChr03G001662 Chr03 NC_080389.1:21555894-21555907promoter 内 337-350 bp + 3651 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 21549798-21552243(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCTGTTTC
SmilChr03G001493 Chr03 NC_080389.1:18123587-18123600promoter 内 331-344 bp - 3657 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 18118135-18119930(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GAACGTTCACGTGG
SmilChr07G003061 Chr07 NC_080393.1:31998927-31998940promoter 内 322-335 bp - 3666 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 31994262-31995261(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CGACTGTCACGTGT
SmilChr02G001417 Chr02 NC_080388.1:26806722-26806735promoter 内 298-311 bp + 3690 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 26799343-26803032(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ACACGTGACAGTCG
SmilChr02G003813 Chr02 NC_080388.1:59759674-59759687promoter 内 249-262 bp - 3739 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 59753881-59755935(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGGTGAACACGTGG
SmilChr05G003979 Chr05 NC_080391.1:53569272-53569285promoter 内 248-261 bp + 3740 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 53573025-53576683(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGCATATCACGTGC
SmilChr05G001285 Chr05 NC_080391.1:10996782-10996795promoter 内 237-250 bp - 3751 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 11000546-11003333(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ACACGTGACAGTCG
SmilChr02G005486 Chr02 NC_080388.1:75044940-75044953promoter 内 205-218 bp + 3783 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 75048736-75053767(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GATACTGCACGTGG
SmilChr02G000012 Chr02 NC_080388.1:86779-86792promoter 内 204-217 bp - 3784 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 90576-95584(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ACACGTGACAGACT
SmilChr03G001942 Chr03 NC_080389.1:27670197-27670210promoter 内 191-204 bp - 3797 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 27664212-27666400(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TTTGGATCACGTGG
SmilChr06G000663 Chr06 NC_080392.1:5838747-5838760promoter 内 154-167 bp - 3834 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 5832993-5834913(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GACCGATCACGTGG
SmilChr01G005452 Chr01 NC_080387.1:71578217-71578230promoter 内 90-103 bp - 3898 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 71570016-71574319(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CTTTTGTCACGTGG
SmilChr03G000197 Chr03 NC_080389.1:2245769-2245782promoter 内 87-100 bp + 3901 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 2229827-2241868(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ACACGTGACAGTCG
SmilChr02G005087 Chr02 NC_080388.1:72476354-72476367promoter 内 65-78 bp - 3923 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 72480290-72482320(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ACACGTGACAGTCG
SmilChr06G003232 Chr06 NC_080392.1:45041204-45041217promoter 内 60-73 bp + 3928 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 45045145-45046190(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CATGGTTCACGTGG
SmilChr01G002132 Chr01 NC_080387.1:37319575-37319588promoter 内 47-60 bp + 3941 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 37313759-37315634(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGATATCAT
SmilChr04G002044 Chr04 NC_080390.1:33168093-33168106promoter 内 33-46 bp + 3955 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 33163257-33164138(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ACACGTGACAGTCG
SmilChr07G000342 Chr07 NC_080393.1:2320996-2321009promoter 内 29-42 bp - 3959 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 2315615-2317037(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AAATTGGCACGTGG
SmilChr07G000059 Chr07 NC_080393.1:263839-263852promoter 内 26-39 bp + 3962 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 267814-270133(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATTAAGTCACGTGT
SmilChr07G004224 Chr07 NC_080393.1:54488476-54488489promoter 内 3859-3872 bp - 129 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 54485663-54488347(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATTTTGCCACGTGG
SmilChr05G000966 Chr05 NC_080391.1:7802897-7802910promoter 内 3736-3749 bp - 252 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 7803162-7805218(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TCACGTGAGAGTCC
SmilChr05G000902 Chr05 NC_080391.1:7148067-7148080promoter 内 3705-3718 bp - 283 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 7148363-7150360(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TCACGTGAGAGTCC
SmilChr05G003140 Chr05 NC_080391.1:40010466-40010479promoter 内 2694-2707 bp + 1294 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 40011773-40022714(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AAATAGGCACGTGG
SmilChr02G002056 Chr02 NC_080388.1:37009645-37009658promoter 内 410-423 bp - 3578 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 37004239-37006067(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATGTTCTCACGTGG
SmilChr05G003139 Chr05 NC_080391.1:40010466-40010479promoter 内 256-269 bp + 3732 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 40004677-40006734(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCCTATTT
SmilChr07G004225 Chr07 NC_080393.1:54488476-54488489promoter 内 3890-3903 bp - 98 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 54488587-54489278(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCAAAAT
SmilChr04G000721 Chr04 NC_080390.1:8468030-8468043promoter 内 3735-3748 bp + 253 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 8461382-8467777(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TCACGTGAACCCAA
SmilChr07G004434 Chr07 NC_080393.1:57031379-57031392promoter 内 3579-3592 bp + 409 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 57026529-57030970(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTGTTTTA
SmilChr02G005503 Chr02 NC_080388.1:75165084-75165097promoter 内 3234-3247 bp - 754 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 75160079-75164330(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CATGTGTCACGTGA
SmilChr07G003487 Chr07 NC_080393.1:39398471-39398484promoter 内 2900-2913 bp + 1088 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 39399572-39402276(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATGTTCTCACGTGG
SmilChr05G001434 Chr05 NC_080391.1:13084510-13084523promoter 内 2411-2424 bp + 1577 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 13080736-13082933(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCTATTT
SmilChr05G003218 Chr05 NC_080391.1:41280611-41280624promoter 内 1281-1294 bp - 2707 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 41283331-41285020(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TCACGTGATGCCTC
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SmilChr02G002824 Chr02 NC_080388.1:48356452-48356465promoter 内 541-554 bp - 3447 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 48351833-48353005(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TAAGCATCACGTGG
SmilChr02G005479 Chr02 NC_080388.1:75003616-75003629promoter 内 396-409 bp - 3592 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 75007221-75009530(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCCAATG
SmilChr06G000331 Chr06 NC_080392.1:2479887-2479900promoter 内 204-217 bp + 3784 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 2471310-2476103(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTACCATA
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SmilChr02G004049 Chr02 NC_080388.1:62822888-62822901promoter 内 3926-3939 bp + 62 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 62818193-62822826(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TCACGTGATGTCCA
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SmilChr07G004226 Chr07 NC_080393.1:54493484-54493497promoter 内 3858-3871 bp - 130 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 54490838-54493354(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATTTTGCCACGTGG
SmilChr07G003829 Chr07 NC_080393.1:47359171-47359184promoter 内 3851-3864 bp - 137 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 47359321-47360697(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGAATAACC