转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G002953; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011004-RA_Salv SmilChr04G002953 ARF XP_057809314.1 MP00033 TTTGTCGGC

可能结合的靶基因

9827 个结合位点 7406 个候选靶基因 第 91 / 149 下载 TSV

上一页 91 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000192 Chr03 NC_080389.1:2132783-2132791promoter 内 2855-2863 bp + 1138 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 2133929-2149729(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGA
SmilChr04G001151 Chr04 NC_080390.1:16975482-16975490promoter 内 2743-2751 bp - 1250 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 16976740-16977351(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr01G005856 Chr01 NC_080387.1:74490284-74490292promoter 内 2619-2627 bp - 1374 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 74491666-74497993(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr03G000193 Chr03 NC_080389.1:2132783-2132791promoter 内 2577-2585 bp + 1416 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 2134207-2145325(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGA
SmilChr03G001114 Chr03 NC_080389.1:12850035-12850043promoter 内 2556-2564 bp - 1437 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 12851480-12855465(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr01G002065 Chr01 NC_080387.1:36509458-36509466promoter 内 2516-2524 bp + 1477 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 36504862-36507981(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr01G003795 Chr01 NC_080387.1:56340477-56340485promoter 内 2506-2514 bp - 1487 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 56336337-56338990(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGA
SmilChr01G003796 Chr01 NC_080387.1:56340477-56340485promoter 内 2418-2426 bp - 1575 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 56342060-56343178(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr01G002319 Chr01 NC_080387.1:40219133-40219141promoter 内 2383-2391 bp + 1610 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 40220751-40228519(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGA
SmilChr01G000383 Chr01 NC_080387.1:7872307-7872315promoter 内 2374-2382 bp + 1619 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 7873934-7877658(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGA
SmilChr02G001360 Chr02 NC_080388.1:25437059-25437067promoter 内 2229-2237 bp + 1764 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 25433017-25435295(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr02G003976 Chr02 NC_080388.1:62021396-62021404promoter 内 1994-2002 bp + 1999 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 62023403-62027692(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGA
SmilChr02G004660 Chr02 NC_080388.1:69000816-69000824promoter 内 1886-1894 bp + 2107 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 69002931-69006333(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGA
SmilChr04G000532 Chr04 NC_080390.1:5885635-5885643promoter 内 1747-1755 bp - 2246 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 5880920-5883389(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGA
SmilChr02G000497 Chr02 NC_080388.1:6844163-6844171promoter 内 1616-1624 bp - 2377 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 6846548-6849545(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr01G004151 Chr01 NC_080387.1:60038955-60038963promoter 内 1544-1552 bp - 2449 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 60041412-60047436(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr03G003170 Chr03 NC_080389.1:49062622-49062630promoter 内 1537-1545 bp - 2456 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 49051056-49060166(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGA
SmilChr01G003812 Chr01 NC_080387.1:56496857-56496865promoter 内 1427-1435 bp + 2566 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 56492209-56494291(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr01G005057 Chr01 NC_080387.1:68489153-68489161promoter 内 1313-1321 bp + 2680 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 68491841-68495297(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGA
SmilChr04G000920 Chr04 NC_080390.1:11977801-11977809promoter 内 1187-1195 bp - 2806 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 11970954-11974995(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGA
SmilChr02G003782 Chr02 NC_080388.1:59495843-59495851promoter 内 1143-1151 bp + 2850 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 59490863-59492993(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr01G003069 Chr01 NC_080387.1:49535336-49535344promoter 内 1070-1078 bp + 2923 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 49531191-49532413(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr04G002684 Chr04 NC_080390.1:42291261-42291269promoter 内 894-902 bp + 3099 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 42285729-42288162(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr01G003243 Chr01 NC_080387.1:51161875-51161883promoter 内 856-864 bp + 3137 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 51157523-51158738(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr02G000066 Chr02 NC_080388.1:860148-860156promoter 内 703-711 bp - 3290 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 863446-866698(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr01G004857 Chr01 NC_080387.1:66742945-66742953promoter 内 660-668 bp - 3333 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 66736214-66739612(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGA
SmilChr04G002047 Chr04 NC_080390.1:33204540-33204548promoter 内 600-608 bp - 3393 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 33207941-33210377(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr03G003173 Chr03 NC_080389.1:49120307-49120315promoter 内 440-448 bp + 3553 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 49111047-49116754(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr01G002118 Chr01 NC_080387.1:37206821-37206829promoter 内 417-425 bp - 3576 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 37201447-37203245(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGA
SmilChr02G003759 Chr02 NC_080388.1:59235724-59235732promoter 内 365-373 bp + 3628 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 59239360-59240873(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGA
SmilChr01G004390 Chr01 NC_080387.1:62058683-62058691promoter 内 3972-3980 bp + 21 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 62056274-62058662(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr01G001674 Chr01 NC_080387.1:30885054-30885062promoter 内 3970-3978 bp - 23 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 30882641-30885031(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGA
SmilChr01G001969 Chr01 NC_080387.1:35079809-35079817promoter 内 3962-3970 bp - 31 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 35079848-35080779(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr02G005219 Chr02 NC_080388.1:73402092-73402100promoter 内 3942-3950 bp + 51 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 73402151-73407155(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGA
SmilChr02G004759 Chr02 NC_080388.1:69780029-69780037promoter 内 3910-3918 bp + 83 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 69780120-69781536(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGA
SmilChr04G000124 Chr04 NC_080390.1:1058077-1058085promoter 内 3908-3916 bp + 85 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 1057497-1057992(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
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