转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001111; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00023725-RA_Salv SmilChr06G001111 MYB XP_057768512.1 MP00388 AAAGTTAGGTATAA

可能结合的靶基因

9774 个结合位点 6870 个候选靶基因 第 91 / 138 下载 TSV

上一页 91 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003336 Chr02 NC_080388.1:54602858-54602871promoter 内 1468-1481 bp + 2520 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 54599667-54600338(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AGCTACCTAATTAC
SmilChr01G005886 Chr01 NC_080387.1:74771255-74771268promoter 内 1239-1252 bp + 2749 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 74774017-74848538(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AGAATTAGGTAGTC
SmilChr02G002104 Chr02 NC_080388.1:37721588-37721601promoter 内 620-633 bp - 3368 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 37724969-37727465(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GAAAACCTAACATC
SmilChr01G000778 Chr01 NC_080387.1:16977281-16977294promoter 内 531-544 bp - 3457 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 16980751-16982877(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TATGACCTAACCGT
SmilChr02G000968 Chr02 NC_080388.1:16921322-16921335promoter 内 340-353 bp - 3648 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 16910989-16917674(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AGTGTTAGGTGTTC
SmilChr01G003646 Chr01 NC_080387.1:54945520-54945533promoter 内 318-331 bp - 3670 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 54939119-54941850(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TCAATTAGGTACTA
SmilChr01G004150 Chr01 NC_080387.1:60038446-60038459promoter 内 152-165 bp - 3836 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 60028237-60034610(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GGAGTTAGGCAATG
SmilChr03G001413 Chr03 NC_080389.1:16789594-16789607promoter 内 144-157 bp + 3844 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 16793451-16796328(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATATTTAGGTATGA
SmilChr01G005320 Chr01 NC_080387.1:70432406-70432419promoter 内 97-110 bp + 3891 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 70424670-70428515(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TAAAACCTAACACC
SmilChr01G005317 Chr01 NC_080387.1:70432406-70432419promoter 内 91-104 bp + 3897 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 70412045-70428509(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TAAAACCTAACACC
SmilChr01G003556 Chr01 NC_080387.1:54192032-54192045promoter 内 71-84 bp + 3917 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 54185514-54188115(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GACAACCTAACCAA
SmilChr01G002753 Chr01 NC_080387.1:45854059-45854072promoter 内 49-62 bp + 3939 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 45847328-45850120(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CTAGGCCTAACTGA
SmilChr03G000798 Chr03 NC_080389.1:9130233-9130246promoter 内 36-49 bp - 3952 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 9134198-9135559(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TATGACCTAACCGT
SmilChr01G000956 Chr01 NC_080387.1:20223867-20223880promoter 内 3922-3935 bp + 66 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 20214644-20223801(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TCGTACCTAATGCA
SmilChr02G002971 Chr02 NC_080388.1:50230045-50230058promoter 内 3872-3885 bp - 116 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 50230174-50231112(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TATAACCTAACAAA
SmilChr01G005319 Chr01 NC_080387.1:70422843-70422856promoter 内 3813-3826 bp + 175 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 70423031-70423624(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTAATTAGGTATCT
SmilChr02G001948 Chr02 NC_080388.1:35119464-35119477promoter 内 3805-3818 bp - 183 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 35119660-35126823(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AACCACCTAACAAT
SmilChr03G000495 Chr03 NC_080389.1:5309543-5309556promoter 内 3741-3754 bp + 247 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 5308165-5309296(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TGTAACCTAACCGC
SmilChr02G000275 Chr02 NC_080388.1:3524225-3524238promoter 内 3669-3682 bp - 319 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 3519795-3523906(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GAAGTTAGGCAGTT
SmilChr01G006177 Chr01 NC_080387.1:77307250-77307263promoter 内 3570-3583 bp + 418 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 77301681-77306832(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CTTGACCTAACGCC
SmilChr01G001469 Chr01 NC_080387.1:28477493-28477506promoter 内 3556-3569 bp + 432 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 28471739-28477061(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TCTAGCCTAACTGT
SmilChr01G005284 Chr01 NC_080387.1:70213031-70213044promoter 内 3420-3433 bp - 568 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 70213612-70214342(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CATTACCTAATTTG
SmilChr01G005976 Chr01 NC_080387.1:75433378-75433391promoter 内 3337-3350 bp + 651 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 75423908-75432727(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TCCGGCCTAACTGC
SmilChr01G002618 Chr01 NC_080387.1:44452923-44452936promoter 内 3239-3252 bp + 749 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 44453685-44453765(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CAAATTAGGTAATG
SmilChr03G002461 Chr03 NC_080389.1:38976513-38976526promoter 内 3159-3172 bp - 829 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 38967393-38975684(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TAAATTAGGTATTT
SmilChr01G001999 Chr01 NC_080387.1:35498120-35498133promoter 内 3089-3102 bp + 899 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 35499032-35502377(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TAAGTTAGGCTGCA
SmilChr02G000182 Chr02 NC_080388.1:2319943-2319956promoter 内 2974-2987 bp - 1014 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 2316010-2318929(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATAGTTAGGCTTAT
SmilChr01G002001 Chr01 NC_080387.1:35518007-35518020promoter 内 2852-2865 bp + 1136 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 35519156-35526979(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTAGTTAGGCTTGT
SmilChr01G004930 Chr01 NC_080387.1:67367757-67367770promoter 内 2825-2838 bp - 1163 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 67365644-67366594(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CTTGTTAGGTGACA
SmilChr01G001544 Chr01 NC_080387.1:29444646-29444659promoter 内 2802-2815 bp + 1186 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 29445845-29446040(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GTAATTAGGTAGTA
SmilChr01G001576 Chr01 NC_080387.1:29796292-29796305promoter 内 2790-2803 bp + 1198 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 29797503-29797698(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GTAATTAGGTAGTA
SmilChr02G004936 Chr02 NC_080388.1:71339454-71339467promoter 内 2575-2588 bp + 1413 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 71335126-71338041(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTATACCAACCAAA
SmilChr01G004118 Chr01 NC_080387.1:59709676-59709689promoter 内 2530-2543 bp + 1458 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 59711147-59712513(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GAGATTAGGTAGCT
SmilChr02G000183 Chr02 NC_080388.1:2319943-2319956promoter 内 2428-2441 bp - 1560 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 2321516-2326040(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATAAGCCTAACTAT
SmilChr02G003996 Chr02 NC_080388.1:62285056-62285069promoter 内 2415-2428 bp - 1573 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 62286642-62291386(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ACACGCCTAACTAA
SmilChr03G001079 Chr03 NC_080389.1:12479023-12479036promoter 内 2340-2353 bp - 1648 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 12480684-12481652(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AACGACCTAACTCG
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