转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G000943; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008897-RA_Salv SmilChr01G000943 MIKC_MADS XP_057790035.1 MP00508 CTTTCCTTTTTTGGAAAGT

可能结合的靶基因

7481 个结合位点 5979 个候选靶基因 第 92 / 120 下载 TSV

上一页 92 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G000387 Chr04 NC_080390.1:3915816-3915834promoter 内 327-345 bp - 3656 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 3919490-3923807(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GTTGTCCAAAAATAGAAAG
SmilChr08G001878 Chr08 NC_080394.1:16245603-16245621promoter 内 244-262 bp + 3739 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 16238801-16241864(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATATTCTTAAAAAGGAAAA
SmilChr08G000375 Chr08 NC_080394.1:2610191-2610209promoter 内 241-259 bp + 3742 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 2613951-2614525(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCTATTTTTGGACAAC
SmilChr08G000379 Chr08 NC_080394.1:2654737-2654755promoter 内 241-259 bp + 3742 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 2658497-2659086(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCTATTTTTGGACAAC
SmilChr02G004095 Chr02 NC_080388.1:63270497-63270515promoter 内 228-246 bp - 3755 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 63263398-63266742(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTCCTTTTTGGGATGTT
SmilChr01G002465 Chr01 NC_080387.1:42335582-42335600promoter 内 225-243 bp - 3758 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 42339358-42340635(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GTTGCCCAAAAATGGAAAG
SmilChr02G004334 Chr02 NC_080388.1:65600119-65600137promoter 内 196-214 bp - 3787 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 65603924-65606997(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GTTGTCCAAAAATAGAAAG
SmilChr06G001577 Chr06 NC_080392.1:17229432-17229450promoter 内 116-134 bp + 3867 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 17223440-17225565(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GTTGTCCAAAAATAGAAAG
SmilChr07G002499 Chr07 NC_080393.1:23711877-23711895promoter 内 100-118 bp - 3883 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 23715778-23719307(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TGTAACCAAAAAGGGAAGC
SmilChr01G004013 Chr01 NC_080387.1:58548739-58548757promoter 内 90-108 bp - 3893 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 58544466-58544846(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCTATTTTTGGACAAC
SmilChr05G000693 Chr05 NC_080391.1:5244837-5244855promoter 内 85-103 bp + 3898 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 5239438-5240939(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GTTGTCCAAAAATAGAAAG
SmilChr05G001145 Chr05 NC_080391.1:9582339-9582357promoter 内 57-75 bp + 3926 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 9586283-9593541(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTCCTTTTTAGGACAAA
SmilChr08G002375 Chr08 NC_080394.1:22547147-22547165promoter 内 35-53 bp + 3948 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 22541583-22543199(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GGCAACCCAAAAAGGAAAT
SmilChr01G002312 Chr01 NC_080387.1:40111472-40111490promoter 内 3670-3688 bp - 313 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 40109167-40111159(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCTTATATAGAATGA
SmilChr03G003872 Chr03 NC_080389.1:57824901-57824919promoter 内 2643-2661 bp - 1340 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 57826259-57833777(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TATTGCCAAAAAAAGAATG
SmilChr01G003775 Chr01 NC_080387.1:56160639-56160657promoter 内 483-501 bp - 3500 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 56154167-56157139(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTGCTAGTTTTGGAAAGT
SmilChr03G003069 Chr03 NC_080389.1:47655080-47655098promoter 内 345-363 bp - 3638 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 47647448-47651442(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCTTTTTTGGTTGTC
SmilChr07G000065 Chr07 NC_080393.1:301180-301198promoter 内 3952-3970 bp - 31 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 301229-305435(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CATTGCTATAAAAGGAAAG
SmilChr08G003032 Chr08 NC_080394.1:30482456-30482474promoter 内 3877-3895 bp - 106 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 30481635-30482350(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTATCCATTTTTGGGAAGT
SmilChr04G002633 Chr04 NC_080390.1:41732889-41732907promoter 内 3858-3876 bp - 125 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 41733032-41736387(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTACCAAAAAAAGTAAT
SmilChr08G004118 Chr08 NC_080394.1:50032755-50032773promoter 内 3848-3866 bp + 135 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 50032908-50036715(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CATTCTTTTTTTGGCAATA
SmilChr04G001827 Chr04 NC_080390.1:29807819-29807837promoter 内 3781-3799 bp - 202 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 29808039-29808850(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TATTGCCAAAAAAAGAATG
SmilChr08G001078 Chr08 NC_080394.1:8295992-8296010promoter 内 3764-3782 bp + 219 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 8296229-8298457(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCTTTTATAGCAATG
SmilChr02G002364 Chr02 NC_080388.1:41419525-41419543promoter 内 3717-3735 bp + 266 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 41417183-41419259(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTCCCAAAAACAGAAAA
SmilChr03G000038 Chr03 NC_080389.1:458623-458641promoter 内 3607-3625 bp + 376 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 459017-461513(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CATTCTTTTTTTGGCAATA
SmilChr07G000140 Chr07 NC_080393.1:839143-839161promoter 内 3594-3612 bp + 389 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 836691-838754(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GACGTCCCAAAAAGGAAAC
SmilChr04G003813 Chr04 NC_080390.1:54278802-54278820promoter 内 3528-3546 bp - 455 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 54273051-54278347(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTCTATTTTTGGATAAT
SmilChr01G001725 Chr01 NC_080387.1:31781460-31781478promoter 内 3510-3528 bp + 473 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 31781951-31786771(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCTTTTTGAGTTGCT
SmilChr05G000743 Chr05 NC_080391.1:5715016-5715034promoter 内 3490-3508 bp + 493 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 5713592-5714523(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TATAACTAAAAAAGGAAAG
SmilChr05G002674 Chr05 NC_080391.1:30218166-30218184promoter 内 3479-3497 bp + 504 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 30216484-30217662(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TCATTCCTAAAAAGGATAC
SmilChr01G004565 Chr01 NC_080387.1:63723478-63723496promoter 内 3354-3372 bp - 629 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 63722107-63722849(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTCCTTTTTGGGCCATC
SmilChr03G001640 Chr03 NC_080389.1:21159113-21159131promoter 内 3335-3353 bp + 648 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 21157842-21158465(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TATCTCCAAAAGAGGAAAC
SmilChr08G004828 Chr08 NC_080394.1:57531909-57531927promoter 内 3282-3300 bp - 701 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 57527798-57531208(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTCCTTTTTGGGCCATC
SmilChr03G003367 Chr03 NC_080389.1:52030971-52030989promoter 内 3097-3115 bp - 886 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 52027584-52030085(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CATTCTTTTTTTGGCAATA
SmilChr04G002686 Chr04 NC_080390.1:42293643-42293661promoter 内 3076-3094 bp + 907 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 42294568-42297970(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CATTCTTTTTTTGGCAATA
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