转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004708; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00017834-RA_Salv SmilChr01G004708 WRKY XP_057787833.1 MP00251 AACGTTGACTTTTTT

可能结合的靶基因

9713 个结合位点 6140 个候选靶基因 第 92 / 123 下载 TSV

上一页 92 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003681 Chr02 NC_080388.1:58175272-58175286promoter 内 1251-1265 bp + 2736 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 58178022-58180943(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TTGATTGACTTTTAG
SmilChr02G004179 Chr02 NC_080388.1:64075534-64075548promoter 内 1197-1211 bp + 2790 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 64078338-64090839(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AGGTTTGACTTAGTT
SmilChr01G005239 Chr01 NC_080387.1:69955846-69955860promoter 内 1089-1103 bp + 2898 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 69952447-69952948(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TTACAAGTCAAGAAA
SmilChr01G003999 Chr01 NC_080387.1:58399418-58399432promoter 内 930-944 bp + 3057 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 58395409-58396361(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CGTATAGTCAACAAT
SmilChr01G001397 Chr01 NC_080387.1:27462813-27462827promoter 内 776-790 bp + 3211 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 27466038-27466984(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CACTTTGACTTACTA
SmilChr02G004663 Chr02 NC_080388.1:69022961-69022975promoter 内 703-717 bp - 3284 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 69016892-69019677(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TAACTTGACTTTTAT
SmilChr01G000134 Chr01 NC_080387.1:2267343-2267357promoter 内 701-715 bp - 3286 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 2270643-2271913(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TAGTAAGTCAAAGTG
SmilChr01G001724 Chr01 NC_080387.1:32920455-32920469promoter 内 666-680 bp + 3321 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 31775044-32917134(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ATAAAAGTCAAATTT
SmilChr02G000671 Chr02 NC_080388.1:10356426-10356440promoter 内 598-612 bp - 3389 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 10352142-10353037(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CACTTTGACTTACTA
SmilChr02G000913 Chr02 NC_080388.1:15788763-15788777promoter 内 583-597 bp - 3404 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 15792181-15792287(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TAGTAAGTCAAAGTG
SmilChr02G000453 Chr02 NC_080388.1:6035953-6035967promoter 内 508-522 bp + 3479 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 6028130-6032474(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ACCGAAGTCAAAATC
SmilChr02G001302 Chr02 NC_080388.1:24165233-24165247promoter 内 501-515 bp + 3486 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 24159815-24161747(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TAGTAAGTCAAAGTG
SmilChr02G001624 Chr02 NC_080388.1:30166032-30166046promoter 内 82-96 bp + 3905 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 30169951-30171198(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CACTTTGACTTACTA
SmilChr01G000798 Chr01 NC_080387.1:17239731-17239745promoter 内 3962-3976 bp - 25 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 17237048-17239706(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CGCGTTGACTACCAT
SmilChr01G001526 Chr01 NC_080387.1:29223634-29223648promoter 内 3915-3929 bp + 72 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 29220885-29223562(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GTTAAAGTCAAAAAT
SmilChr01G001553 Chr01 NC_080387.1:29517673-29517687promoter 内 3908-3922 bp + 79 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 29514942-29517594(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GTTAAAGTCAAAAAT
SmilChr01G004687 Chr01 NC_080387.1:64930740-64930754promoter 内 3875-3889 bp + 112 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 64930269-64930628(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TATGAAGTCAACAAC
SmilChr02G003062 Chr02 NC_080388.1:51457544-51457558promoter 内 3841-3855 bp - 146 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 51457704-51459502(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CGGAAAGTCAAATAA
SmilChr01G003022 Chr01 NC_080387.1:49272948-49272962promoter 内 3794-3808 bp + 193 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 49273155-49275950(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TCGGTTGACTTCACG
SmilChr02G001137 Chr02 NC_080388.1:20501317-20501331promoter 内 3677-3691 bp + 310 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 20501641-20503792(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ATATTTGACTTTTAT
SmilChr01G002479 Chr01 NC_080387.1:42530210-42530224promoter 内 3634-3648 bp + 353 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 42529408-42529857(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ATCAAAGTCAATAAT
SmilChr02G000474 Chr02 NC_080388.1:6504802-6504816promoter 内 3584-3598 bp + 403 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 6502083-6504399(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ACTCAAGTCAAGGAG
SmilChr01G001633 Chr01 NC_080387.1:30391068-30391082promoter 内 3577-3591 bp + 410 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 30391492-30392433(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TGGTTTGACTTTATA
SmilChr02G003199 Chr02 NC_080388.1:53151208-53151222promoter 内 3549-3563 bp - 438 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 53146247-53150770(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AAGGTTGACTCTCCG
SmilChr02G003124 Chr02 NC_080388.1:52243139-52243153promoter 内 3540-3554 bp + 447 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 52241325-52242692(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CGGAAAGTCAAATAA
SmilChr01G000925 Chr01 NC_080387.1:19606218-19606232promoter 内 3499-3513 bp + 488 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 19590326-19605730(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TAGTAAGTCAAAGTG
SmilChr01G002955 Chr01 NC_080387.1:48417108-48417122promoter 内 3488-3502 bp - 499 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 48417621-48421261(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CCTCAAGTCAAGGAG
SmilChr01G000455 Chr01 NC_080387.1:9256180-9256194promoter 内 3481-3495 bp + 506 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 9247288-9255674(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TAGTAAGTCAAAGTG
SmilChr01G005541 Chr01 NC_080387.1:72232733-72232747promoter 内 3440-3454 bp + 547 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 72230622-72232186(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AAACAAGTCAAGTTT
SmilChr01G004040 Chr01 NC_080387.1:58819556-58819570promoter 内 3330-3344 bp + 657 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 58820227-58822393(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TTTTTTGACTTGGAG
SmilChr02G000027 Chr02 NC_080388.1:289569-289583promoter 内 3325-3339 bp + 662 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 290245-293695(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GAAGTTGACTTAGAG
SmilChr01G004686 Chr01 NC_080387.1:64930740-64930754promoter 内 3271-3285 bp + 716 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 64926181-64930024(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TATGAAGTCAACAAC
SmilChr01G003461 Chr01 NC_080387.1:53193755-53193769promoter 内 3240-3254 bp + 747 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 53191905-53193008(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ATAAAAGTCAAATTT
SmilChr01G004451 Chr01 NC_080387.1:62634486-62634500promoter 内 3237-3251 bp - 750 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 62629453-62633736(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AGATTTGACTTTGAA
SmilChr01G000846 Chr01 NC_080387.1:18314570-18314584promoter 内 3235-3249 bp - 752 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 18312378-18313818(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TCAGTTGACTAGGCT
SmilChr01G006067 Chr01 NC_080387.1:76076573-76076587promoter 内 3220-3234 bp + 767 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 76077354-76078168(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GTTGTTGACTGGCAG
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