转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003805; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00020790-RA_Salv SmilChr04G003805 MIKC_MADS XP_057805691.1 MP00315 TTTCCAAAAAAGGAAAAAA

可能结合的靶基因

9567 个结合位点 7291 个候选靶基因 第 93 / 146 下载 TSV

上一页 93 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000067 Chr01 NC_080387.1:1111031-1111049promoter 内 3552-3570 bp - 431 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 1111480-1112546(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CCTTTTCCTTTTAAGGAAT
SmilChr04G003813 Chr04 NC_080390.1:54278804-54278822promoter 内 3526-3544 bp + 457 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 54273051-54278347(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CTATTTCTATTTTTGGATA
SmilChr02G002291 Chr02 NC_080388.1:40434890-40434908promoter 内 3515-3533 bp - 468 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 40435376-40439292(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CCTTTTCCTTTTAAGGAAT
SmilChr03G003883 Chr03 NC_080389.1:57912508-57912526promoter 内 3505-3523 bp - 478 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 57913004-57916679(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CATTTGCTAATTTTGGAAA
SmilChr06G002869 Chr06 NC_080392.1:41530002-41530020promoter 内 3300-3318 bp - 683 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 41528149-41529319(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 CATCCGAAAAAGGAAAGAT
SmilChr04G000241 Chr04 NC_080390.1:2154695-2154713promoter 内 3292-3310 bp + 691 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 2152602-2154004(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TCTTTTCCTTTTTTAGAAG
SmilChr08G003920 Chr08 NC_080394.1:46678603-46678621promoter 内 3245-3263 bp + 738 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 46671623-46677865(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 GTTTCACCATTTTTGGAAA
SmilChr07G000148 Chr07 NC_080393.1:887185-887203promoter 内 3242-3260 bp - 741 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 883897-886444(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTACTTTAAATAGAAAAAA
SmilChr07G000675 Chr07 NC_080393.1:4602088-4602106promoter 内 3197-3215 bp + 786 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 4600599-4601302(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTTTTTCTTTTTATGGATT
SmilChr01G006168 Chr01 NC_080387.1:77171595-77171613promoter 内 3112-3130 bp - 871 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 77167156-77170724(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTGCCAAAAAAGGTATAGG
SmilChr05G001568 Chr05 NC_080391.1:14337216-14337234promoter 内 2978-2996 bp + 1005 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 14335564-14336211(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTTCTTCCTTTTTTGGATT
SmilChr03G003145 Chr03 NC_080389.1:48756879-48756897promoter 内 2876-2894 bp - 1107 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 48758004-48759178(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 GTTTCACCATTTTTGGAAA
SmilChr03G003146 Chr03 NC_080389.1:48764743-48764761promoter 内 2876-2894 bp - 1107 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 48765868-48767042(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 GTTTCACCATTTTTGGAAA
SmilChr04G003975 Chr04 NC_080390.1:55224407-55224425promoter 内 2599-2617 bp + 1384 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 55221383-55223023(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ATTTTTCCATTCTAGGCAA
SmilChr03G002039 Chr03 NC_080389.1:30778016-30778034promoter 内 2588-2606 bp - 1395 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 30779429-30780497(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 GTTTCACCATTTTTGGAAA
SmilChr04G001888 Chr04 NC_080390.1:30825058-30825076promoter 内 2548-2566 bp - 1435 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 30826511-30827499(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 GTTTCACCATTTTTGGAAA
SmilChr03G002117 Chr03 NC_080389.1:32919369-32919387promoter 内 2490-2508 bp + 1493 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 32916940-32917876(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 GTTTCACCATTTTTGGAAA
SmilChr04G001887 Chr04 NC_080390.1:30814578-30814596promoter 内 2482-2500 bp - 1501 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 30816097-30817013(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 GTTTCACCATTTTTGGAAA
SmilChr02G000518 Chr02 NC_080388.1:7149854-7149872promoter 内 2403-2421 bp - 1580 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 7145294-7148274(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 AATCTTAAAAAGGAAAAAA
SmilChr04G003363 Chr04 NC_080390.1:50220966-50220984promoter 内 2345-2363 bp - 1638 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 50212442-50219328(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTTCCAAAAAAGGGAATCC
SmilChr08G001400 Chr08 NC_080394.1:11211994-11212012promoter 内 2272-2290 bp - 1711 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 11213723-11214343(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 GATTTTCCTTTTTCGGCTT
SmilChr02G004402 Chr02 NC_080388.1:66355330-66355348promoter 内 2256-2274 bp - 1727 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 66353008-66353603(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 AGTCCTAAAACGGAAAAAA
SmilChr07G001871 Chr07 NC_080393.1:16199689-16199707promoter 内 2242-2260 bp + 1741 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 16197257-16197948(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTTTTTCCTTTTTAAGATT
SmilChr03G002505 Chr03 NC_080389.1:39904412-39904430promoter 内 2231-2249 bp - 1752 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 39900186-39902660(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 GTTCCAAAAATAGAAAAGA
SmilChr08G000579 Chr08 NC_080394.1:4234338-4234356promoter 内 2228-2246 bp + 1755 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 4236111-4237912(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ATTCCTTAAAAGGAAAAGG
SmilChr08G000581 Chr08 NC_080394.1:4240406-4240424promoter 内 2228-2246 bp + 1755 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 4242179-4243980(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ATTCCTTAAAAGGAAAAGG
SmilChr07G003397 Chr07 NC_080393.1:36840637-36840655promoter 内 2014-2032 bp - 1969 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 36834043-36838668(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ATGCCAAAAAAGGAATATG
SmilChr03G004617 Chr03 NC_080389.1:63872638-63872656promoter 内 1925-1943 bp - 2058 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 63874714-63876863(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTTTTTCCTAATTTGGGAA
SmilChr07G002004 Chr07 NC_080393.1:17783549-17783567promoter 内 1918-1936 bp - 2065 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 17785632-17786597(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTATTTCTATTTTTGGACA
SmilChr03G003696 Chr03 NC_080389.1:55890486-55890504promoter 内 1915-1933 bp + 2068 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 55892572-55902658(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TATCTTAAAAAGGAAAATC
SmilChr02G005178 Chr02 NC_080388.1:73076158-73076176promoter 内 1855-1873 bp + 2128 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 73078304-73085938(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ATACCAAAAAAAGATAGTA
SmilChr03G002486 Chr03 NC_080389.1:39526738-39526756promoter 内 1825-1843 bp - 2158 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 39521694-39524580(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ATGCCAAAAAGGGGAAAGA
SmilChr01G002413 Chr01 NC_080387.1:41498793-41498811promoter 内 1757-1775 bp - 2226 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 41501037-41504490(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTTTTTCTTTTCTTGGAAA
SmilChr04G000212 Chr04 NC_080390.1:1886708-1886726promoter 内 1746-1764 bp + 2237 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 1878878-1884471(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 GCCTATCTTTTTTTGGAAA
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