转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007215-RA_Salv SmilChr01G003955 WRKY XP_057779712.1 MP00450 AGCGTTGACTTTTT

可能结合的靶基因

9901 个结合位点 8044 个候选靶基因 第 94 / 161 下载 TSV

上一页 94 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G001712 Chr06 NC_080392.1:19702905-19702918promoter 内 3186-3199 bp + 802 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 19703720-19717214(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGGTTTGACTTTAG
SmilChr03G002813 Chr03 NC_080389.1:44594244-44594257promoter 内 3026-3039 bp - 962 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 44595219-44596953(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAGAAGTCAAAGAA
SmilChr06G002746 Chr06 NC_080392.1:39899536-39899549promoter 内 2456-2469 bp + 1532 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 39895120-39898004(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAAAAGTCAAATAG
SmilChr03G000964 Chr03 NC_080389.1:10869410-10869423promoter 内 2452-2465 bp - 1536 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 10870959-10873841(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAAAAGTCAAATAG
SmilChr07G004242 Chr07 NC_080393.1:54838017-54838030promoter 内 2449-2462 bp - 1539 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 54839569-54842415(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAAAAGTCAAATAG
SmilChr03G003114 Chr03 NC_080389.1:48265940-48265953promoter 内 2435-2448 bp - 1553 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 48267506-48270483(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAAAAGTCAAATAG
SmilChr03G000965 Chr03 NC_080389.1:10879158-10879171promoter 内 2413-2426 bp - 1575 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 10880746-10883586(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAAAAGTCAAATAG
SmilChr05G003657 Chr05 NC_080391.1:49251018-49251031promoter 内 2409-2422 bp + 1579 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 49246484-49249439(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAAAAGTCAAATAG
SmilChr03G001319 Chr03 NC_080389.1:15461669-15461682promoter 内 2072-2085 bp + 1916 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 15458438-15459753(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTGAAGTCAACTCT
SmilChr05G003276 Chr05 NC_080391.1:42586018-42586031promoter 内 2013-2026 bp + 1975 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 42578727-42584043(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAATTA
SmilChr07G003085 Chr07 NC_080393.1:32531365-32531378promoter 内 1194-1207 bp - 2794 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 32534172-32535611(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AATAAGTCAAAGCA
SmilChr01G003893 Chr01 NC_080387.1:57222977-57222990promoter 内 1155-1168 bp + 2833 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 57225823-57234347(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACCGTTGACCTCCT
SmilChr04G000770 Chr04 NC_080390.1:9467390-9467403promoter 内 1147-1160 bp - 2841 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 9463934-9464549(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TGCTTTGACTTATT
SmilChr03G004646 Chr03 NC_080389.1:64022939-64022952promoter 内 1118-1131 bp - 2870 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 64019175-64020069(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGCGTTGACTCTAC
SmilChr06G001624 Chr06 NC_080392.1:18096340-18096353promoter 内 1033-1046 bp + 2955 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 18090383-18093385(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAACTA
SmilChr01G002493 Chr01 NC_080387.1:42682940-42682953promoter 内 1024-1037 bp + 2964 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 42676562-42679976(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CGAAAGTCAAATGT
SmilChr03G001317 Chr03 NC_080389.1:15454017-15454030promoter 内 787-800 bp - 3201 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 15449509-15450816(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGAGTTGACTTCAA
SmilChr01G003228 Chr01 NC_080387.1:51038411-51038424promoter 内 492-505 bp - 3496 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 51041920-51053928(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CTAAAGTCAAACCC
SmilChr06G000479 Chr06 NC_080392.1:3900619-3900632promoter 内 416-429 bp - 3572 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 3894559-3897047(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAATTTGACTTTGT
SmilChr01G000182 Chr01 NC_080387.1:3130163-3130176promoter 内 350-363 bp + 3638 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 3133814-3136631(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CCATTTGACTTTGT
SmilChr05G001223 Chr05 NC_080391.1:10255451-10255464promoter 内 99-112 bp - 3889 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 10259353-10262894(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACAAAGTCAAACTC
SmilChr03G001063 Chr03 NC_080389.1:12337891-12337904promoter 内 42-55 bp - 3946 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 12332113-12333945(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AACGTTGACTTGGA
SmilChr06G001568 Chr06 NC_080392.1:17136624-17136637promoter 内 11-24 bp + 3977 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 17131412-17132647(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACAAAGTCAAACTC
SmilChr02G001128 Chr02 NC_080388.1:20411162-20411175promoter 内 3978-3991 bp - 10 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 20411185-20412039(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACAAAGTCAAATGG
SmilChr05G001061 Chr05 NC_080391.1:8770537-8770550promoter 内 3978-3991 bp - 10 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 8770560-8774801(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACAAAGTCAAATGG
SmilChr06G000892 Chr06 NC_080392.1:8425346-8425359promoter 内 3978-3991 bp - 10 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 8425369-8426079(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACAAAGTCAAATGG
SmilChr06G002618 Chr06 NC_080392.1:37649970-37649983promoter 内 3978-3991 bp + 10 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 37649103-37649960(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACAAAGTCAAATGG
SmilChr01G000742 Chr01 NC_080387.1:16422773-16422786promoter 内 3975-3988 bp - 13 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 16422799-16423392(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACAAAGTCAAATGG
SmilChr02G003247 Chr02 NC_080388.1:53739160-53739173promoter 内 3969-3982 bp - 19 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 53739192-53742653(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATTAAGTCAACCGC
SmilChr04G002725 Chr04 NC_080390.1:42859537-42859550promoter 内 3969-3982 bp + 19 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 42853277-42859518(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAGAGTCAACTGT
SmilChr01G002045 Chr01 NC_080387.1:36195243-36195256promoter 内 3935-3948 bp - 53 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 36195309-36197167(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAATAGTCAACTTT
SmilChr06G002959 Chr06 NC_080392.1:42391000-42391013promoter 内 3929-3942 bp - 59 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 42391072-42393776(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CGGAGGTCAACGAC
SmilChr03G000915 Chr03 NC_080389.1:10470910-10470923promoter 内 3926-3939 bp - 62 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 10469068-10470848(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGTGTTGACTTAGG
SmilChr04G000814 Chr04 NC_080390.1:10206231-10206244promoter 内 3924-3937 bp + 64 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 10205237-10206167(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TACAAGTCAACTCT
SmilChr07G001622 Chr07 NC_080393.1:13606121-13606134promoter 内 3826-3839 bp - 162 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 13606296-13606823(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AACAAGTCAACCTC
SmilChr04G001877 Chr04 NC_080390.1:30647564-30647577promoter 内 3792-3805 bp + 196 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 30647773-30649053(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGGGTTGACTTCAA
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