转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005238; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002845-RA_Salv SmilChr02G005238 SBP XP_057792594.1 MP00634 TTGTACGGAC

可能结合的靶基因

7771 个结合位点 6619 个候选靶基因 第 95 / 133 下载 TSV

上一页 95 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G003888 Chr05 NC_080391.1:52626051-52626060promoter 内 3677-3686 bp - 315 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 52621163-52625736(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 ATGTACGGTG
SmilChr05G003857 Chr05 NC_080391.1:52114438-52114447promoter 内 3674-3683 bp - 318 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 52109582-52114120(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 ATGTACGGTG
SmilChr01G004558 Chr01 NC_080387.1:63670556-63670565promoter 内 3639-3648 bp + 353 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 63670918-63672419(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTGTACGGAA
SmilChr07G001004 Chr07 NC_080393.1:7314882-7314891promoter 内 3619-3628 bp - 373 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 7315264-7319318(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTCCGTACAA
SmilChr02G001531 Chr02 NC_080388.1:28566637-28566646promoter 内 3616-3625 bp + 376 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 28562341-28566261(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CACCGTACAT
SmilChr03G002177 Chr03 NC_080389.1:33828762-33828771promoter 内 3602-3611 bp + 390 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 33826747-33828372(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 ATCCGTACTG
SmilChr04G003609 Chr04 NC_080390.1:52567677-52567686promoter 内 3602-3611 bp - 390 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 52567181-52567287(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 ATGTACGGTG
SmilChr08G000967 Chr08 NC_080394.1:7191420-7191429promoter 内 3590-3599 bp + 402 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 7191831-7193832(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTGTACGGAA
SmilChr02G004283 Chr02 NC_080388.1:65073421-65073430promoter 内 3583-3592 bp - 409 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 65071183-65073012(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTGTACGGAA
SmilChr02G003889 Chr02 NC_080388.1:60984665-60984674promoter 内 3553-3562 bp + 439 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 60985113-60991057(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTGTACGGAA
SmilChr03G003069 Chr03 NC_080389.1:47651900-47651909promoter 内 3534-3543 bp + 458 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 47647448-47651442(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CACCGTACAT
SmilChr03G002930 Chr03 NC_080389.1:46057362-46057371promoter 内 3484-3493 bp + 508 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 46053309-46056854(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CACCGTACAT
SmilChr08G000941 Chr08 NC_080394.1:7002587-7002596promoter 内 3470-3479 bp + 522 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 7003118-7007212(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CAGTACGGAT
SmilChr05G000454 Chr05 NC_080391.1:3442216-3442225promoter 内 3460-3469 bp - 532 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 3440706-3441684(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 ATGTACGGTG
SmilChr05G001467 Chr05 NC_080391.1:13450578-13450587promoter 内 3411-3420 bp - 581 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 13451168-13453954(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CACCGTACAT
SmilChr03G001187 Chr03 NC_080389.1:13678334-13678343promoter 内 3401-3410 bp + 591 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 13655651-13677743(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CTCCGTACTA
SmilChr07G003871 Chr07 NC_080393.1:48190658-48190667promoter 内 3391-3400 bp - 601 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 48191268-48192629(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CTCCGTACTA
SmilChr08G004760 Chr08 NC_080394.1:56975281-56975290promoter 内 3369-3378 bp - 623 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 56971185-56974658(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTGTACGGAA
SmilChr05G001821 Chr05 NC_080391.1:18239043-18239052promoter 内 3363-3372 bp + 629 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 18228837-18238414(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTCCGTACAA
SmilChr08G002269 Chr08 NC_080394.1:20957288-20957297promoter 内 3363-3372 bp - 629 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 20957926-20960042(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CACCGTACAT
SmilChr05G000004 Chr05 NC_080391.1:8717-8726promoter 内 3346-3355 bp + 646 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 9372-18827(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTGTACGGAA
SmilChr01G003115 Chr01 NC_080387.1:49956973-49956982promoter 内 3328-3337 bp - 664 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 49957646-49959019(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTCCGTACAA
SmilChr04G001894 Chr04 NC_080390.1:30915206-30915215promoter 内 3317-3326 bp - 675 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 30915890-30924549(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CACCGTACAT
SmilChr02G004513 Chr02 NC_080388.1:67665415-67665424promoter 内 3308-3317 bp + 684 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 67664369-67664731(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CACCGTACAT
SmilChr03G003863 Chr03 NC_080389.1:57705677-57705686promoter 内 3304-3313 bp + 688 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 57704919-57704989(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CTCCGTACTA
SmilChr06G002084 Chr06 NC_080392.1:27479019-27479028promoter 内 3303-3312 bp - 689 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 27479717-27479824(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 ATCCGTACTG
SmilChr08G004681 Chr08 NC_080394.1:56288857-56288866promoter 内 3303-3312 bp - 689 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 56289555-56291105(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CTCCGTACTA
SmilChr05G000614 Chr05 NC_080391.1:4612982-4612991promoter 内 3297-3306 bp + 695 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 4613686-4616997(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTGTACGGAA
SmilChr06G000010 Chr06 NC_080392.1:196908-196917promoter 内 3290-3299 bp - 702 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 197619-197691(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 CACCGTACAT
SmilChr08G000933 Chr08 NC_080394.1:6917468-6917477promoter 内 3263-3272 bp - 729 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 6918206-6924295(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTCCGTACAA
SmilChr04G003542 Chr04 NC_080390.1:51773792-51773801promoter 内 3260-3269 bp - 732 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 51769028-51773060(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTGTACGGAA
SmilChr08G003317 Chr08 NC_080394.1:34397655-34397664promoter 内 3258-3267 bp - 734 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 34398398-34402917(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTCCGTACAA
SmilChr05G003595 Chr05 NC_080391.1:48044410-48044419promoter 内 3257-3266 bp - 735 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 48039962-48043675(-) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTGTACGGAA
SmilChr08G000935 Chr08 NC_080394.1:6937044-6937053promoter 内 3256-3265 bp - 736 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 6937789-6947025(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTCCGTACAA
SmilChr01G001369 Chr01 NC_080387.1:27039427-27039436promoter 内 3254-3263 bp - 738 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 27040174-27042785(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 TTCCGTACAA
SmilChr01G000173 Chr01 NC_080387.1:2835677-2835686promoter 内 3241-3250 bp + 751 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 2836437-2840730(+) SMil_00002845-RA_Salv MP00634 ATGTACGGTG
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