靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr04G002953; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00011004-RA_Salv |
SmilChr04G002953 |
ARF | XP_057809314.1 |
MP00033 |
TTTGTCGGC |
9827 个结合位点 7406 个候选靶基因 第 95 / 149 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr01G004259 |
Chr01 | NC_080387.1:60851979-60851987promoter 内 1175-1183 bp |
+ | 2818 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.2/ 100 | 1 | 60854805-60856481(+) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
TTTGTCGGA |
SmilChr02G005090 |
Chr02 | NC_080388.1:72490580-72490588promoter 内 1173-1181 bp |
- | 2820 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.2/ 100 | 1 | 72493408-72500890(+) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
TCCGACAAA |
SmilChr03G002438 |
Chr03 | NC_080389.1:38719912-38719920promoter 内 1162-1170 bp |
+ | 2831 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.2/ 100 | 1 | 38716641-38717081(-) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
TCCGACAAA |
SmilChr03G002530 |
Chr03 | NC_080389.1:40370385-40370393promoter 内 1147-1155 bp |
+ | 2846 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.2/ 100 | 1 | 40367090-40367539(-) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
TCCGACAAA |
SmilChr04G001032 |
Chr04 | NC_080390.1:14670541-14670549promoter 内 1137-1145 bp |
+ | 2856 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.2/ 100 | 1 | 14664660-14667685(-) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
TCCGACAAA |
SmilChr01G005762 |
Chr01 | NC_080387.1:73727982-73727990promoter 内 1085-1093 bp |
+ | 2908 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.2/ 100 | 1 | 73722201-73725074(-) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
TCCGACAAA |
SmilChr01G000415 |
Chr01 | NC_080387.1:8382263-8382271promoter 内 1069-1077 bp |
+ | 2924 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.2/ 100 | 1 | 8385195-8388526(+) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
TTTGTCGGA |
SmilChr03G003193 |
Chr03 | NC_080389.1:49393275-49393283promoter 内 1022-1030 bp |
- | 2971 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.2/ 100 | 1 | 49396254-49396766(+) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
TCCGACAAA |
SmilChr03G002577 |
Chr03 | NC_080389.1:40981428-40981436promoter 内 1010-1018 bp |
+ | 2983 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.2/ 100 | 1 | 40984419-40987759(+) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
TTTGTCGGA |
SmilChr02G004589 |
Chr02 | NC_080388.1:68382824-68382832promoter 内 997-1005 bp |
- | 2996 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.2/ 100 | 1 | 68377213-68379828(-) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
TTTGTCGGA |
SmilChr02G004726 |
Chr02 | NC_080388.1:69502899-69502907promoter 内 993-1001 bp |
- | 3000 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.2/ 100 | 1 | 69505907-69508790(+) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
TCCGACAAA |
SmilChr01G004113 |
Chr01 | NC_080387.1:59650147-59650155promoter 内 982-990 bp |
- | 3011 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.2/ 100 | 1 | 59653166-59658647(+) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
TCCGACAAA |
SmilChr02G000649 |
Chr02 | NC_080388.1:9843637-9843645promoter 内 975-983 bp |
+ | 3018 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.2/ 100 | 1 | 9836147-9840619(-) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
TCCGACAAA |
SmilChr04G001041 |
Chr04 | NC_080390.1:14827488-14827496promoter 内 950-958 bp |
- | 3043 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.2/ 100 | 1 | 14821370-14824445(-) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
TTTGTCGGA |
SmilChr04G001075 |
Chr04 | NC_080390.1:15431031-15431039promoter 内 933-941 bp |
+ | 3060 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.2/ 100 | 1 | 15426527-15427971(-) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
TCCGACAAA |
SmilChr02G003180 |
Chr02 | NC_080388.1:52964686-52964694promoter 内 927-935 bp |
- | 3066 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.2/ 100 | 1 | 52957826-52961620(-) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
TTTGTCGGA |
SmilChr01G000868 |
Chr01 | NC_080387.1:18552413-18552421promoter 内 836-844 bp |
+ | 3157 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.2/ 100 | 1 | 18548401-18549256(-) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
TCCGACAAA |
SmilChr03G002873 |
Chr03 | NC_080389.1:45410306-45410314promoter 内 825-833 bp |
- | 3168 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.2/ 100 | 1 | 45395002-45407138(-) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
TTTGTCGGA |
SmilChr03G003738 |
Chr03 | NC_080389.1:56399767-56399775promoter 内 820-828 bp |
+ | 3173 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.2/ 100 | 1 | 56389572-56396594(-) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
TCCGACAAA |
SmilChr03G003092 |
Chr03 | NC_080389.1:47932815-47932823promoter 内 793-801 bp |
+ | 3200 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.2/ 100 | 1 | 47936023-47938666(+) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
TTTGTCGGA |
SmilChr02G003880 |
Chr02 | NC_080388.1:60865924-60865932promoter 内 787-795 bp |
+ | 3206 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.2/ 100 | 1 | 60869138-60871414(+) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
TTTGTCGGA |
SmilChr01G001796 |
Chr01 | NC_080387.1:32821620-32821628promoter 内 774-782 bp |
- | 3219 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.2/ 100 | 1 | 32824847-32825280(+) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
TCCGACAAA |
SmilChr02G005315 |
Chr02 | NC_080388.1:74035821-74035829promoter 内 766-774 bp |
- | 3227 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.2/ 100 | 1 | 74039056-74041937(+) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
TCCGACAAA |
SmilChr01G003565 |
Chr01 | NC_080387.1:54235512-54235520promoter 内 728-736 bp |
+ | 3265 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.2/ 100 | 1 | 54238785-54239221(+) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
TTTGTCGGA |
SmilChr02G002418 |
Chr02 | NC_080388.1:42177139-42177147promoter 内 702-710 bp |
- | 3291 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.2/ 100 | 1 | 42172958-42173848(-) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
TTTGTCGGA |
SmilChr01G002236 |
Chr01 | NC_080387.1:38896480-38896488promoter 内 683-691 bp |
+ | 3310 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.2/ 100 | 1 | 38899798-38902795(+) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
TTTGTCGGA |
SmilChr04G000944 |
Chr04 | NC_080390.1:12495526-12495534promoter 内 683-691 bp |
- | 3310 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.2/ 100 | 1 | 12498844-12502934(+) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
TCCGACAAA |
SmilChr04G003055 |
Chr04 | NC_080390.1:47140090-47140098promoter 内 634-642 bp |
- | 3359 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.2/ 100 | 1 | 47135548-47136731(-) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
TTTGTCGGA |
SmilChr01G003394 |
Chr01 | NC_080387.1:52657575-52657583promoter 内 617-625 bp |
- | 3376 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.2/ 100 | 1 | 52660959-52662894(+) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
TCCGACAAA |
SmilChr02G001243 |
Chr02 | NC_080388.1:22821750-22821758promoter 内 592-600 bp |
+ | 3401 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.2/ 100 | 1 | 22815321-22818349(-) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
TCCGACAAA |
SmilChr01G005337 |
Chr01 | NC_080387.1:70599528-70599536promoter 内 586-594 bp |
- | 3407 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.2/ 100 | 1 | 70602943-70604862(+) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
TCCGACAAA |
SmilChr01G000638 |
Chr01 | NC_080387.1:14357626-14357634promoter 内 563-571 bp |
- | 3430 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.2/ 100 | 1 | 14361064-14363497(+) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
TCCGACAAA |
SmilChr03G000539 |
Chr03 | NC_080389.1:5847957-5847965promoter 内 556-564 bp |
- | 3437 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.2/ 100 | 1 | 5851402-5859757(+) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
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SmilChr01G005107 |
Chr01 | NC_080387.1:68860935-68860943promoter 内 541-549 bp |
- | 3452 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.2/ 100 | 1 | 68855458-68857483(-) |
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MP00033 |
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Chr02 | NC_080388.1:38823073-38823081promoter 内 522-530 bp |
- | 3471 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.2/ 100 | 1 | 38816497-38819602(-) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
TTTGTCGGA |
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Chr03 | NC_080389.1:30275343-30275351promoter 内 519-527 bp |
+ | 3474 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.2/ 100 | 1 | 30268889-30271869(-) |
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- | 3483 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.2/ 100 | 1 | 2494935-2498868(+) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
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+ | 3486 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.2/ 100 | 1 | 58442565-58448672(+) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
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+ | 3487 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.2/ 100 | 1 | 64796328-64798662(+) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
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SmilChr01G003531 |
Chr01 | NC_080387.1:53937211-53937219promoter 内 490-498 bp |
- | 3503 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.2/ 100 | 1 | 53931251-53933708(-) |
SMil_00011004-RA_Salv |
MP00033 |
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+ | 3534 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.2/ 100 | 1 | 46305962-46309106(-) |
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MP00033 |
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- | 3612 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.2/ 100 | 1 | 47216517-47219785(+) |
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MP00033 |
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Chr02 | NC_080388.1:777336-777344promoter 内 301-309 bp |
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+ | 3700 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.2/ 100 | 1 | 66311786-66315489(+) |
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+ | 3703 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.2/ 100 | 1 | 2288499-2291230(+) |
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+ | 3714 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.2/ 100 | 1 | 73173717-73178743(-) |
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+ | 3716 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 95.2/ 100 | 1 | 65512834-65514958(+) |
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