转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G002953; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011004-RA_Salv SmilChr04G002953 ARF XP_057809314.1 MP00033 TTTGTCGGC

可能结合的靶基因

9827 个结合位点 7406 个候选靶基因 第 95 / 149 下载 TSV

上一页 95 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004259 Chr01 NC_080387.1:60851979-60851987promoter 内 1175-1183 bp + 2818 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 60854805-60856481(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGA
SmilChr02G005090 Chr02 NC_080388.1:72490580-72490588promoter 内 1173-1181 bp - 2820 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 72493408-72500890(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr03G002438 Chr03 NC_080389.1:38719912-38719920promoter 内 1162-1170 bp + 2831 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 38716641-38717081(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr03G002530 Chr03 NC_080389.1:40370385-40370393promoter 内 1147-1155 bp + 2846 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 40367090-40367539(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr04G001032 Chr04 NC_080390.1:14670541-14670549promoter 内 1137-1145 bp + 2856 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 14664660-14667685(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr01G005762 Chr01 NC_080387.1:73727982-73727990promoter 内 1085-1093 bp + 2908 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 73722201-73725074(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr01G000415 Chr01 NC_080387.1:8382263-8382271promoter 内 1069-1077 bp + 2924 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 8385195-8388526(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGA
SmilChr03G003193 Chr03 NC_080389.1:49393275-49393283promoter 内 1022-1030 bp - 2971 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 49396254-49396766(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr03G002577 Chr03 NC_080389.1:40981428-40981436promoter 内 1010-1018 bp + 2983 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 40984419-40987759(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGA
SmilChr02G004589 Chr02 NC_080388.1:68382824-68382832promoter 内 997-1005 bp - 2996 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 68377213-68379828(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGA
SmilChr02G004726 Chr02 NC_080388.1:69502899-69502907promoter 内 993-1001 bp - 3000 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 69505907-69508790(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr01G004113 Chr01 NC_080387.1:59650147-59650155promoter 内 982-990 bp - 3011 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 59653166-59658647(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr02G000649 Chr02 NC_080388.1:9843637-9843645promoter 内 975-983 bp + 3018 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 9836147-9840619(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr04G001041 Chr04 NC_080390.1:14827488-14827496promoter 内 950-958 bp - 3043 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 14821370-14824445(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGA
SmilChr04G001075 Chr04 NC_080390.1:15431031-15431039promoter 内 933-941 bp + 3060 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 15426527-15427971(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr02G003180 Chr02 NC_080388.1:52964686-52964694promoter 内 927-935 bp - 3066 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 52957826-52961620(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGA
SmilChr01G000868 Chr01 NC_080387.1:18552413-18552421promoter 内 836-844 bp + 3157 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 18548401-18549256(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr03G002873 Chr03 NC_080389.1:45410306-45410314promoter 内 825-833 bp - 3168 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 45395002-45407138(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGA
SmilChr03G003738 Chr03 NC_080389.1:56399767-56399775promoter 内 820-828 bp + 3173 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 56389572-56396594(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr03G003092 Chr03 NC_080389.1:47932815-47932823promoter 内 793-801 bp + 3200 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 47936023-47938666(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGA
SmilChr02G003880 Chr02 NC_080388.1:60865924-60865932promoter 内 787-795 bp + 3206 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 60869138-60871414(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGA
SmilChr01G001796 Chr01 NC_080387.1:32821620-32821628promoter 内 774-782 bp - 3219 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 32824847-32825280(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr02G005315 Chr02 NC_080388.1:74035821-74035829promoter 内 766-774 bp - 3227 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 74039056-74041937(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr01G003565 Chr01 NC_080387.1:54235512-54235520promoter 内 728-736 bp + 3265 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 54238785-54239221(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGA
SmilChr02G002418 Chr02 NC_080388.1:42177139-42177147promoter 内 702-710 bp - 3291 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 42172958-42173848(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGA
SmilChr01G002236 Chr01 NC_080387.1:38896480-38896488promoter 内 683-691 bp + 3310 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 38899798-38902795(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGA
SmilChr04G000944 Chr04 NC_080390.1:12495526-12495534promoter 内 683-691 bp - 3310 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 12498844-12502934(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr04G003055 Chr04 NC_080390.1:47140090-47140098promoter 内 634-642 bp - 3359 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 47135548-47136731(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGA
SmilChr01G003394 Chr01 NC_080387.1:52657575-52657583promoter 内 617-625 bp - 3376 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 52660959-52662894(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr02G001243 Chr02 NC_080388.1:22821750-22821758promoter 内 592-600 bp + 3401 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 22815321-22818349(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr01G005337 Chr01 NC_080387.1:70599528-70599536promoter 内 586-594 bp - 3407 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 70602943-70604862(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr01G000638 Chr01 NC_080387.1:14357626-14357634promoter 内 563-571 bp - 3430 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 14361064-14363497(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr03G000539 Chr03 NC_080389.1:5847957-5847965promoter 内 556-564 bp - 3437 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 5851402-5859757(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr01G005107 Chr01 NC_080387.1:68860935-68860943promoter 内 541-549 bp - 3452 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 68855458-68857483(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGA
SmilChr02G002159 Chr02 NC_080388.1:38823073-38823081promoter 内 522-530 bp - 3471 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 38816497-38819602(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TTTGTCGGA
SmilChr03G002022 Chr03 NC_080389.1:30275343-30275351promoter 内 519-527 bp + 3474 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 30268889-30271869(-) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
SmilChr01G000146 Chr01 NC_080387.1:2491444-2491452promoter 内 510-518 bp - 3483 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 2494935-2498868(+) SMil_00011004-RA_Salv MP00033 TCCGACAAA
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