转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 96 / 128 下载 TSV

上一页 96 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000810 Chr02 NC_080388.1:13573632-13573646promoter 内 3343-3357 bp + 644 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 13566913-13572988(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TAGCGGTGGTGGAGT
SmilChr07G000756 Chr07 NC_080393.1:5321196-5321210promoter 内 3091-3105 bp - 896 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 5322106-5324888(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCTGCCA
SmilChr07G001821 Chr07 NC_080393.1:15708892-15708906promoter 内 1507-1521 bp - 2480 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 15711386-15713948(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAATGGG
SmilChr04G002963 Chr04 NC_080390.1:46014077-46014091promoter 内 1360-1374 bp + 2627 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 46010779-46011450(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGCTCA
SmilChr05G001772 Chr05 NC_080391.1:17417379-17417393promoter 内 1179-1193 bp + 2808 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 17412009-17414571(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GAGCGGTGGCGGTGT
SmilChr05G001753 Chr05 NC_080391.1:17072859-17072873promoter 内 1178-1192 bp + 2809 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 17067502-17070050(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GAGCGGTGGCGGTGT
SmilChr07G003648 Chr07 NC_080393.1:43289409-43289423promoter 内 950-964 bp + 3037 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 43283825-43286372(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCACGGC
SmilChr06G000715 Chr06 NC_080392.1:6513724-6513738promoter 内 564-578 bp - 3423 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 2 6506773-6510301(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCGCCTCCACCGCGA
SmilChr02G004888 Chr02 NC_080388.1:70944547-70944561promoter 内 3886-3900 bp + 101 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 70944662-70944734(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTCCGCCTCCG
SmilChr07G001212 Chr07 NC_080393.1:9265171-9265185promoter 内 3619-3633 bp + 368 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 9265553-9267723(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ATGGCGCCACCGCCA
SmilChr06G000814 Chr06 NC_080392.1:7683938-7683952promoter 内 3427-3441 bp + 560 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 7679903-7683378(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TAGTGGTGGAGGTGG
SmilChr04G001283 Chr04 NC_080390.1:20441329-20441343promoter 内 3274-3288 bp - 713 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 20442056-20445938(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTCGAGA
SmilChr05G003555 Chr05 NC_080391.1:47461061-47461075promoter 内 3206-3220 bp - 781 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 47456353-47460280(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TTGCCTCCACCGTCG
SmilChr07G000198 Chr07 NC_080393.1:1279594-1279608promoter 内 3124-3138 bp - 863 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 1249307-1278731(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCATCTCCACCACCA
SmilChr04G002964 Chr04 NC_080390.1:46014077-46014091promoter 内 3110-3124 bp + 877 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 46012125-46013200(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGCTCA
SmilChr05G003068 Chr05 NC_080391.1:38560645-38560659promoter 内 2978-2992 bp - 1009 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 38559289-38559636(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGACGACCACCGCCG
SmilChr01G004230 Chr01 NC_080387.1:60685930-60685944promoter 内 2957-2971 bp - 1030 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 60683153-60684900(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCACCTCCACCACCA
SmilChr02G002637 Chr02 NC_080388.1:45762518-45762532promoter 内 2936-2950 bp - 1051 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 45763583-45764729(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGAGGCGGAGGTGG
SmilChr02G005150 Chr02 NC_080388.1:72880493-72880507promoter 内 2910-2924 bp + 1077 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 72881584-72885734(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCCCTGCCACCGCTG
SmilChr03G003736 Chr03 NC_080389.1:56388317-56388331promoter 内 2676-2690 bp + 1311 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 56383169-56387006(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TAGTGGTGGAGGTGG
SmilChr05G001053 Chr05 NC_080391.1:8721636-8721650promoter 内 2634-2648 bp - 1353 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 8718649-8720283(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCGCCTCCACCGCGA
SmilChr06G001166 Chr06 NC_080392.1:11884482-11884496promoter 内 2630-2644 bp - 1357 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 11885853-11890169(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGAGGCGGAGGTGG
SmilChr07G001439 Chr07 NC_080393.1:11158293-11158307promoter 内 2600-2614 bp + 1387 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 11156429-11156906(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCGCGGTGGCAGTGG
SmilChr01G003020 Chr01 NC_080387.1:49214916-49214930promoter 内 2521-2535 bp - 1466 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 49212007-49213450(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGACGACCACCGCCG
SmilChr02G005193 Chr02 NC_080388.1:73208393-73208407promoter 内 2312-2326 bp + 1675 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 73203421-73206718(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGGGCCGC
SmilChr01G005904 Chr01 NC_080387.1:74923031-74923045promoter 内 2234-2248 bp - 1753 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 74919083-74921278(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTCCGCCTCCG
SmilChr07G004139 Chr07 NC_080393.1:53174184-53174198promoter 内 2220-2234 bp + 1767 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 53172299-53172417(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGTGGTGGAGGTGC
SmilChr07G003548 Chr07 NC_080393.1:41162421-41162435promoter 内 2180-2194 bp + 1807 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 41164242-41167141(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGGAGCCACCGCCG
SmilChr03G000582 Chr03 NC_080389.1:6491863-6491877promoter 内 2086-2100 bp + 1901 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 6493778-6499935(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCCACACCACCGCTG
SmilChr08G004009 Chr08 NC_080394.1:48486044-48486058promoter 内 1988-2002 bp - 1999 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 48488057-48488901(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGAGGCGGAGGTGG
SmilChr07G004003 Chr07 NC_080393.1:51102754-51102768promoter 内 1975-1989 bp - 2012 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 51097361-51100742(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCACCTCCACCACCA
SmilChr07G002484 Chr07 NC_080393.1:23491463-23491477promoter 内 1974-1988 bp + 2013 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 23493490-23498038(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCATCTCCACCACCA
SmilChr06G003275 Chr06 NC_080392.1:45339154-45339168promoter 内 1904-1918 bp - 2083 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 45341251-45341929(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGTCGT
SmilChr04G002465 Chr04 NC_080390.1:39480431-39480445promoter 内 1778-1792 bp - 2209 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 39482654-39487438(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTTGAAG
SmilChr04G002107 Chr04 NC_080390.1:34016460-34016474promoter 内 1765-1779 bp + 2222 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 34013504-34014238(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCTGCCA
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