转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004447; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027346-RA_Salv SmilChr02G004447 HD-ZIP XP_057797242.1 MP00200 AAAAGTAATGATTAC

可能结合的靶基因

9930 个结合位点 6661 个候选靶基因 第 96 / 134 下载 TSV

上一页 96 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000568 Chr01 NC_080387.1:11737216-11737230promoter 内 802-816 bp - 3185 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 11740415-11741377(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAATCATTACCAAT
SmilChr01G001387 Chr01 NC_080387.1:27280452-27280466promoter 内 714-728 bp + 3273 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 27272328-27277179(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATCAAAATC
SmilChr01G003822 Chr01 NC_080387.1:56560188-56560202promoter 内 643-657 bp + 3344 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 56553834-56556844(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CAAATCATTACTTTA
SmilChr01G005319 Chr01 NC_080387.1:70419669-70419683promoter 内 639-653 bp + 3348 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 70423031-70423624(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GATTAAGATGATTAC
SmilChr03G002650 Chr03 NC_080389.1:42161851-42161865promoter 内 634-648 bp - 3353 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 42165218-42170027(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTTCTTAC
SmilChr02G005587 Chr02 NC_080388.1:75675743-75675757promoter 内 626-640 bp + 3361 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 75668157-75672382(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CCAATCATTAAAATC
SmilChr03G000652 Chr03 NC_080389.1:7243076-7243090promoter 内 558-572 bp + 3429 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 7246519-7247247(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTGGTAATGATTTT
SmilChr02G001628 Chr02 NC_080388.1:30232179-30232193promoter 内 516-530 bp + 3471 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 30235664-30237252(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTATTTAATGATTAG
SmilChr01G001753 Chr01 NC_080387.1:32260155-32260169promoter 内 462-476 bp - 3525 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 32254613-32256630(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTATGTAATGATTTT
SmilChr01G005971 Chr01 NC_080387.1:75382218-75382232promoter 内 348-362 bp + 3639 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 75385871-75386831(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTTTGTAATGATGTT
SmilChr01G003695 Chr01 NC_080387.1:55314007-55314021promoter 内 341-355 bp + 3646 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 55305291-55310361(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CCCATCATTAAAATT
SmilChr02G002319 Chr02 NC_080388.1:40860808-40860822promoter 内 270-284 bp - 3717 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 40864539-40866014(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCCATCATTATAGTG
SmilChr01G002944 Chr01 NC_080387.1:48224337-48224351promoter 内 266-280 bp + 3721 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 48218939-48220616(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CCAATCATTATATGA
SmilChr02G003141 Chr02 NC_080388.1:52438949-52438963promoter 内 239-253 bp - 3748 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 52434287-52435201(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAAAAAATGATTAG
SmilChr02G003917 Chr02 NC_080388.1:61258735-61258749promoter 内 218-232 bp - 3769 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 61252577-61254966(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAAAATAATGATAAA
SmilChr02G005589 Chr02 NC_080388.1:75675743-75675757promoter 内 164-178 bp + 3823 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 75679580-75682317(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GATTTTAATGATTGG
SmilChr02G005273 Chr02 NC_080388.1:73808630-73808644promoter 内 94-108 bp - 3893 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 73812537-73813490(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTAATCATCGTGATA
SmilChr02G005369 Chr02 NC_080388.1:74377695-74377709promoter 内 32-46 bp - 3955 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 74372779-74373740(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTTCCTAATGATTAA
SmilChr03G002752 Chr03 NC_080389.1:43750630-43750644promoter 内 29-43 bp - 3958 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 43741341-43746672(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAAAAAATGATTAG
SmilChr02G003198 Chr02 NC_080388.1:53145342-53145356promoter 内 27-41 bp - 3960 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 53138855-53141382(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATGCTTAATGATTAC
SmilChr02G003886 Chr02 NC_080388.1:60932443-60932457promoter 内 3844-3858 bp + 143 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 4 60928608-60932300(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTCATCATTAAAATG
SmilChr01G000081 Chr01 NC_080387.1:1517699-1517713promoter 内 3034-3048 bp - 953 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 3 1513404-1516746(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TGTAGTAATGATAAT
SmilChr01G004742 Chr01 NC_080387.1:65611633-65611647promoter 内 2174-2188 bp - 1813 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 3 65603892-65609820(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTATTTAATGATGAA
SmilChr01G000082 Chr01 NC_080387.1:1517699-1517713promoter 内 1633-1647 bp - 2354 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 3 1520067-1520775(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTATCATTACTACA
SmilChr02G002583 Chr02 NC_080388.1:44897485-44897499promoter 内 994-1008 bp + 2993 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 3 44888272-44894492(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GGCATCATTACAATA
SmilChr01G004743 Chr01 NC_080387.1:65611633-65611647promoter 内 3931-3945 bp - 56 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 65611703-65613208(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTCATCATTAAATAC
SmilChr02G000117 Chr02 NC_080388.1:1476856-1476870promoter 内 3911-3925 bp + 76 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 1475662-1476780(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCAATGATTACTTAA
SmilChr01G001697 Chr01 NC_080387.1:31262200-31262214promoter 内 3909-3923 bp - 78 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 31258543-31262122(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATGATAATGATTTT
SmilChr02G002804 Chr02 NC_080388.1:48113602-48113616promoter 内 3623-3637 bp - 364 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 48113980-48115436(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTTTTTCA
SmilChr03G001377 Chr03 NC_080389.1:16302060-16302074promoter 内 3482-3496 bp + 505 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 16302579-16304191(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAAGTAATGATTTT
SmilChr01G002076 Chr01 NC_080387.1:36710406-36710420promoter 内 3437-3451 bp - 550 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 36708310-36709856(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTTCTCAATGATTAC
SmilChr01G005801 Chr01 NC_080387.1:74087353-74087367promoter 内 3407-3421 bp - 580 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 74087947-74093377(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTTTAAAT
SmilChr02G000800 Chr02 NC_080388.1:13383670-13383684promoter 内 3164-3178 bp + 823 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 13384507-13387621(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAAGTAATCATAAT
SmilChr01G004143 Chr01 NC_080387.1:59930462-59930476promoter 内 3143-3157 bp - 844 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 59931320-59935459(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATCAACTCA
SmilChr02G001944 Chr02 NC_080388.1:35063480-35063494promoter 内 2886-2900 bp + 1101 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 35064595-35070207(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTGTTAATGATGAA
SmilChr01G003551 Chr01 NC_080387.1:54142935-54142949promoter 内 2827-2841 bp - 1160 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 54144109-54163838(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTAATCATTTTAATC
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