转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005433; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00021978-RA_Salv SmilChr02G005433 WRKY XP_057792682.1 MP00209 CGTTGACTTTTTTTAACAT

可能结合的靶基因

9910 个结合位点 8083 个候选靶基因 第 96 / 162 下载 TSV

上一页 96 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr06G003297 Chr06 NC_080392.1:45500154-45500172promoter 内 2465-2483 bp + 1518 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 45501690-45515142(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTAGTGCGCCGCG
SmilChr03G001541 Chr03 NC_080389.1:19314285-19314303promoter 内 2451-2469 bp + 1532 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 19308598-19312753(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGAACGAAGAAAGTCAAAG
SmilChr03G001809 Chr03 NC_080389.1:24702393-24702411promoter 内 2417-2435 bp + 1566 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 24693455-24700827(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGGGCGGAAGCAGTCAACA
SmilChr01G001106 Chr01 NC_080387.1:22651627-22651645promoter 内 2415-2433 bp + 1568 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 22647103-22650059(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AAAAAAAGAGCGGTCAACG
SmilChr06G002970 Chr06 NC_080392.1:42516345-42516363promoter 内 2393-2411 bp - 1590 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 42517953-42521804(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GTCACATATCAAGTCAACA
SmilChr06G000638 Chr06 NC_080392.1:5645567-5645585promoter 内 2383-2401 bp - 1600 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 5647185-5648867(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGAGTTTGTGGAGTCAACG
SmilChr05G001517 Chr05 NC_080391.1:13902650-13902668promoter 内 2368-2386 bp + 1615 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 13904283-13905369(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCGGCCTACTTCA
SmilChr04G001814 Chr04 NC_080390.1:29637737-29637755promoter 内 2365-2383 bp - 1618 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 29639373-29642256(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GACTGAAAACCAGTCAACT
SmilChr06G001691 Chr06 NC_080392.1:19303911-19303929promoter 内 2362-2380 bp - 1621 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 19299410-19302290(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTATAACCCTTTG
SmilChr07G004219 Chr07 NC_080393.1:54403078-54403096promoter 内 2355-2373 bp + 1628 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 54398535-54401450(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 ACCCGTAACAGAGTCAACC
SmilChr08G003637 Chr08 NC_080394.1:39697656-39697674promoter 内 2352-2370 bp - 1631 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 39693986-39696025(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTGCTTCGGCCCA
SmilChr05G001189 Chr05 NC_080391.1:9979329-9979347promoter 内 2320-2338 bp + 1663 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 9974153-9977666(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 ACAACCAGAAAAGTCAACT
SmilChr08G001436 Chr08 NC_080394.1:11518393-11518411promoter 内 2297-2315 bp - 1686 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 11515258-11516707(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTTACTCAAGTCA
SmilChr01G001351 Chr01 NC_080387.1:26787177-26787195promoter 内 2288-2306 bp + 1695 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 26788890-26794211(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTAGTGCGCCGCG
SmilChr02G003610 Chr02 NC_080388.1:57358079-57358097promoter 内 2277-2295 bp - 1706 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 57353334-57356373(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTGGGTCAGCTGA
SmilChr06G001851 Chr06 NC_080392.1:21884253-21884271promoter 内 2269-2287 bp - 1714 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 21885985-21888130(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGGGCCGAAGCAGTCAACA
SmilChr03G000529 Chr03 NC_080389.1:5655666-5655684promoter 内 2245-2263 bp - 1738 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 5653067-5653928(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTCGTGAAGAGAT
SmilChr08G000228 Chr08 NC_080394.1:1539911-1539929promoter 内 2226-2244 bp - 1757 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 1536868-1538154(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTCGTGAAGAGAT
SmilChr05G001558 Chr05 NC_080391.1:14286085-14286103promoter 内 2171-2189 bp - 1812 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 14287915-14288623(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AACGCAATACTAGTCAACT
SmilChr08G004073 Chr08 NC_080394.1:49369331-49369349promoter 内 2170-2188 bp - 1813 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 49366188-49367518(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTTACTCAAGTCA
SmilChr03G000563 Chr03 NC_080389.1:6115525-6115543promoter 内 2111-2129 bp + 1872 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 6117415-6118876(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTTACTCAAGTCA
SmilChr04G000195 Chr04 NC_080390.1:1727036-1727054promoter 内 2090-2108 bp - 1893 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 1724233-1725143(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCTCTCACACACA
SmilChr03G002987 Chr03 NC_080389.1:46702861-46702879promoter 内 2088-2106 bp + 1895 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 46695374-46700966(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AACCATATCATAGTCAACT
SmilChr02G000518 Chr02 NC_080388.1:7150224-7150242promoter 内 2033-2051 bp - 1950 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 7145294-7148274(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CTTTGACTTATGCTGATGG
SmilChr05G001953 Chr05 NC_080391.1:19981748-19981766promoter 内 2017-2035 bp + 1966 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 19976654-19979782(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GTCACATATCAAGTCAACA
SmilChr01G001939 Chr01 NC_080387.1:34588889-34588907promoter 内 1999-2017 bp - 1984 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 34582458-34586905(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTCTTTCATTCAA
SmilChr06G003002 Chr06 NC_080392.1:42894160-42894178promoter 内 1970-1988 bp + 2013 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 42896191-42896649(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTAGGTTTACACA
SmilChr03G000957 Chr03 NC_080389.1:10808033-10808051promoter 内 1927-1945 bp + 2056 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 10810107-10812420(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTCGTGAAGAGAT
SmilChr01G000025 Chr01 NC_080387.1:460218-460236promoter 内 1885-1903 bp + 2098 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 452475-458120(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TTCTCGGAACCAGTCAACA
SmilChr04G000889 Chr04 NC_080390.1:11404856-11404874promoter 内 1883-1901 bp - 2100 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 11400353-11402756(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTACACTGCTACC
SmilChr08G003823 Chr08 NC_080394.1:44417874-44417892promoter 内 1862-1880 bp - 2121 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 44415499-44415753(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTTGATATGTGAC
SmilChr02G001395 Chr02 NC_080388.1:26491646-26491664promoter 内 1813-1831 bp + 2170 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 26487820-26489476(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTATTCATTAAGTCAACG
SmilChr02G000932 Chr02 NC_080388.1:16245352-16245370promoter 内 1795-1813 bp - 2188 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 16239087-16243164(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTTCAGTCTACAC
SmilChr05G003449 Chr05 NC_080391.1:45901400-45901418promoter 内 1786-1804 bp - 2197 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 45898211-45899203(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTTACTCAAGTCA
SmilChr07G004191 Chr07 NC_080393.1:53928401-53928419promoter 内 1779-1797 bp + 2204 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 53930623-53936857(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTTTATTTGTTTT
SmilChr04G003969 Chr04 NC_080390.1:55167880-55167898promoter 内 1777-1795 bp + 2206 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 55162182-55165674(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TTCGCAGCTTAAGTCAAAG
SmilChr08G004070 Chr08 NC_080394.1:49347521-49347539promoter 内 1777-1795 bp - 2206 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 49344419-49345315(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTTACTCAAGTCA
SmilChr03G000602 Chr03 NC_080389.1:6676362-6676380promoter 内 1767-1785 bp + 2216 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 6678596-6681405(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTCGTGAAGAGAT
SmilChr03G000925 Chr03 NC_080389.1:10590033-10590051promoter 内 1757-1775 bp - 2226 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 10592277-10598534(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GAGGAACAAAAAGTCAACA
SmilChr08G002932 Chr08 NC_080394.1:29358500-29358518promoter 内 1718-1736 bp + 2265 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 29355075-29356235(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 ACCGGCCCGCCGGTCAACG
SmilChr04G002803 Chr04 NC_080390.1:43942405-43942423promoter 内 1709-1727 bp + 2274 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 43944697-43947086(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTGAACCACAGAA
SmilChr07G002244 Chr07 NC_080393.1:20596745-20596763promoter 内 1669-1687 bp + 2314 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 20599077-20601135(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTATATGTTTATT
SmilChr07G002349 Chr07 NC_080393.1:21816982-21817000promoter 内 1663-1681 bp + 2320 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 21813473-21814662(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 ACATATCTCCGGGTCAACG
SmilChr04G000508 Chr04 NC_080390.1:5577174-5577192promoter 内 1641-1659 bp - 2342 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 5568927-5574832(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTCTCCCTCTCCT
SmilChr05G004100 Chr05 NC_080391.1:54848947-54848965promoter 内 1602-1620 bp - 2381 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 54851346-54857304(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TAGTATCACAAAGTCAACT
SmilChr03G000528 Chr03 NC_080389.1:5655666-5655684promoter 内 1600-1618 bp - 2383 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 5651875-5653283(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTCGTGAAGAGAT
SmilChr02G004874 Chr02 NC_080388.1:70823646-70823664promoter 内 1595-1613 bp + 2388 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 70817659-70821258(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 ACTCGGGAAGGAGTCAACG
SmilChr07G002260 Chr07 NC_080393.1:20812102-20812120promoter 内 1594-1612 bp - 2389 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 20807590-20809713(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CTTTGACTTTCCCTTTGCT
SmilChr08G002272 Chr08 NC_080394.1:20990794-20990812promoter 内 1594-1612 bp + 2389 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 20993201-21004115(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCACTACATAAAT
SmilChr07G004084 Chr07 NC_080393.1:52354893-52354911promoter 内 1581-1599 bp - 2402 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 52349907-52352491(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTCGTGAAGAGAT