转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G002277; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003292-RA_Salv SmilChr05G002277 ERF XP_057809665.1 MP00452 TCTTTGCCGACATCA

可能结合的靶基因

7783 个结合位点 6671 个候选靶基因 第 96 / 134 下载 TSV

上一页 96 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G001519 Chr05 NC_080391.1:13918206-13918220promoter 内 3135-3149 bp + 852 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 13913791-13917354(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGATGTCGATGAAGG
SmilChr02G002016 Chr02 NC_080388.1:36315484-36315498promoter 内 3043-3057 bp + 944 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 36313282-36314540(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGCTGTCGGCCGGAG
SmilChr02G002015 Chr02 NC_080388.1:36309232-36309246promoter 内 3037-3051 bp + 950 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 36306972-36308282(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGCTGTCGGCCGGAG
SmilChr05G003656 Chr05 NC_080391.1:49205468-49205482promoter 内 3005-3019 bp - 982 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 49206464-49207684(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGCTGTCGGCCGGAG
SmilChr05G001111 Chr05 NC_080391.1:9280694-9280708promoter 内 2695-2709 bp + 1292 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 9276532-9279402(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TAATGTCGGTATCCA
SmilChr04G000492 Chr04 NC_080390.1:5367083-5367097promoter 内 2605-2619 bp + 1382 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 5364503-5365701(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGCTGTCGGCCGGAG
SmilChr01G001048 Chr01 NC_080387.1:21770338-21770352promoter 内 1817-1831 bp - 2170 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 21772522-21840439(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGCTGTCGGCCGGAG
SmilChr05G001683 Chr05 NC_080391.1:15985965-15985979promoter 内 1717-1731 bp - 2270 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 15981284-15983695(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCCTGGCCGACAGCA
SmilChr02G004005 Chr02 NC_080388.1:62377332-62377346promoter 内 1582-1596 bp - 2405 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 62379751-62380769(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGTCGTCGGCACCGA
SmilChr07G004037 Chr07 NC_080393.1:51591823-51591837promoter 内 943-957 bp + 3044 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 51581145-51588779(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGCTGTCGGCCGGAG
SmilChr08G002341 Chr08 NC_080394.1:22100569-22100583promoter 内 315-329 bp + 3672 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 22092171-22096897(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGCTGTCGGCCGGAG
SmilChr07G000047 Chr07 NC_080393.1:203054-203068promoter 内 309-323 bp + 3678 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 197956-199376(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCTTGTCGGCACTGC
SmilChr07G000056 Chr07 NC_080393.1:249575-249589promoter 内 109-123 bp + 3878 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 243818-245697(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGCTGTCGGCCAGGA
SmilChr05G001676 Chr05 NC_080391.1:15884732-15884746promoter 内 3983-3997 bp + 4 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 15881913-15884728(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCACGTCGGCATTAT
SmilChr02G000345 Chr02 NC_080388.1:4504230-4504244promoter 内 3982-3996 bp - 5 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 4492503-4504225(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GTTCGGCCGACAAAA
SmilChr03G001751 Chr03 NC_080389.1:23741033-23741047promoter 内 3932-3946 bp + 55 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 23741102-23741413(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCGACGCCGACAGCT
SmilChr04G004099 Chr04 NC_080390.1:55964453-55964467promoter 内 3930-3944 bp + 57 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 55964524-55966188(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GTGTTGCCGACTTCT
SmilChr05G004171 Chr05 NC_080391.1:55647152-55647166promoter 内 3907-3921 bp - 80 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 55647246-55650657(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCAAGTCGGCAACCT
SmilChr04G001753 Chr04 NC_080390.1:28845431-28845445promoter 内 3842-3856 bp + 145 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 28845590-28848768(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTCAAGCCGACATCT
SmilChr03G002238 Chr03 NC_080389.1:35255753-35255767promoter 内 3789-3803 bp - 198 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 35254596-35255555(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTCAAACCGACATGG
SmilChr08G003091 Chr08 NC_080394.1:31125388-31125402promoter 内 3737-3751 bp + 250 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 31124036-31125138(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TAGTGTCGGCACGGA
SmilChr08G001148 Chr08 NC_080394.1:9056020-9056034promoter 内 3736-3750 bp - 251 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 9053507-9055769(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCCGTGCCGACACTA
SmilChr06G002967 Chr06 NC_080392.1:42483635-42483649promoter 内 3690-3704 bp + 297 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 42482459-42483338(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGCTGTCGGCCAGGA
SmilChr01G003211 Chr01 NC_080387.1:50885695-50885709promoter 内 3614-3628 bp - 373 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 50882790-50885322(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATAGAACCGACATCG
SmilChr02G000096 Chr02 NC_080388.1:1261265-1261279promoter 内 3545-3559 bp + 442 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 1256990-1260823(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGGCGTCGGCAAATC
SmilChr01G001245 Chr01 NC_080387.1:24964638-24964652promoter 内 3534-3548 bp + 453 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 24963532-24964185(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGCTGTCGGCCAGGA
SmilChr01G001443 Chr01 NC_080387.1:28134953-28134967promoter 内 3511-3525 bp - 476 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 28133035-28134477(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTGGAACCGACATTG
SmilChr05G001550 Chr05 NC_080391.1:14234847-14234861promoter 内 3510-3524 bp - 477 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 14232927-14234370(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTGGAACCGACATTG
SmilChr03G002914 Chr03 NC_080389.1:45900747-45900761promoter 内 3508-3522 bp - 479 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 45898867-45900268(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTGGAACCGACATTG
SmilChr04G002410 Chr04 NC_080390.1:38687874-38687888promoter 内 3478-3492 bp - 509 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 38685772-38687365(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTGGAACCGACATTG
SmilChr05G001727 Chr05 NC_080391.1:16621486-16621500promoter 内 3464-3478 bp - 523 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 16622023-16625294(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGCTGTCGGCCAGGA
SmilChr04G001280 Chr04 NC_080390.1:20379069-20379083promoter 内 3440-3454 bp + 547 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 20373181-20378522(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGAGGTCGGCACCCT
SmilChr07G004399 Chr07 NC_080393.1:56640332-56640346promoter 内 3412-3426 bp - 575 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 56640921-56643699(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGTTGTCGGCTGGTG
SmilChr03G002684 Chr03 NC_080389.1:42634606-42634620promoter 内 3404-3418 bp + 583 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 42635203-42639344(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCACTGCCGACGAGG
SmilChr04G001564 Chr04 NC_080390.1:25941179-25941193promoter 内 3385-3399 bp + 602 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 25941795-25944399(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GAAAGACCGACATGA
SmilChr07G004601 Chr07 NC_080393.1:58821179-58821193promoter 内 3372-3386 bp + 615 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 58818492-58820564(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGATGTCGACGAAGC
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SmilChr07G000942 Chr07 NC_080393.1:6728112-6728126promoter 内 3300-3314 bp + 687 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 6726625-6727425(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGTTGTCGGCTGGTG
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SmilChr07G000388 Chr07 NC_080393.1:2594989-2595003promoter 内 3212-3226 bp - 775 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 2595778-2602798(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCTTGTCGGCAAATC
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