靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr03G002335; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00025053-RA_Salv |
SmilChr03G002335 |
bZIP | XP_057801256.1 |
MP00647 |
TCACGTGG |
9953 个结合位点 7133 个候选靶基因 第 98 / 143 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr07G002532 |
Chr07 | NC_080393.1:24010912-24010919promoter 内 3472-3479 bp |
+ | 522 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 24011441-24014797(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
TCACGTGT |
SmilChr02G002710 |
Chr02 | NC_080388.1:46958387-46958394promoter 内 3471-3478 bp |
- | 523 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 46957781-46957864(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
TCACGTGT |
SmilChr04G000957 |
Chr04 | NC_080390.1:12674068-12674075promoter 内 3468-3475 bp |
- | 526 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 12674601-12675732(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
ACACGTGA |
SmilChr01G001676 |
Chr01 | NC_080387.1:30955980-30955987promoter 内 3467-3474 bp |
+ | 527 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 30953499-30955453(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
ACACGTGA |
SmilChr05G001054 |
Chr05 | NC_080391.1:8735327-8735334promoter 内 3467-3474 bp |
- | 527 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 8735861-8739073(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
ACACGTGA |
SmilChr05G001306 |
Chr05 | NC_080391.1:11282248-11282255promoter 内 3465-3472 bp |
+ | 529 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 11271009-11281719(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
ACACGTGA |
SmilChr01G001139 |
Chr01 | NC_080387.1:23187810-23187817promoter 内 3459-3466 bp |
- | 535 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 23188352-23191802(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
ACACGTGA |
SmilChr06G001711 |
Chr06 | NC_080392.1:19687620-19687627promoter 内 3450-3457 bp |
- | 544 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 19688171-19691702(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
ACACGTGA |
SmilChr07G002263 |
Chr07 | NC_080393.1:20830760-20830767promoter 内 3450-3457 bp |
+ | 544 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 20826844-20830216(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
ACACGTGA |
SmilChr01G004277 |
Chr01 | NC_080387.1:61003846-61003853promoter 内 3448-3455 bp |
+ | 546 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 61004399-61005116(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
TCACGTGT |
SmilChr06G001268 |
Chr06 | NC_080392.1:13249216-13249223promoter 内 3447-3454 bp |
- | 547 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 13249770-13252459(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
ACACGTGA |
SmilChr05G003992 |
Chr05 | NC_080391.1:53760158-53760165promoter 内 3443-3450 bp |
+ | 551 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 53760716-53761432(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
TCACGTGT |
SmilChr06G001720 |
Chr06 | NC_080392.1:19823822-19823829promoter 内 3442-3449 bp |
- | 552 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 19815104-19823270(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
TCACGTGT |
SmilChr01G001591 |
Chr01 | NC_080387.1:29929425-29929432promoter 内 3440-3447 bp |
+ | 554 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 29929986-29933381(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
TCACGTGT |
SmilChr06G000325 |
Chr06 | NC_080392.1:2388628-2388635promoter 内 3440-3447 bp |
+ | 554 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 2387056-2388074(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
ACACGTGA |
SmilChr05G001647 |
Chr05 | NC_080391.1:15469714-15469721promoter 内 3436-3443 bp |
+ | 558 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 15470279-15471969(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
TCACGTGT |
SmilChr01G000610 |
Chr01 | NC_080387.1:13493622-13493629promoter 内 3435-3442 bp |
+ | 559 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 13489710-13493063(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
ACACGTGA |
SmilChr06G002318 |
Chr06 | NC_080392.1:33436319-33436326promoter 内 3425-3432 bp |
+ | 569 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 33436895-33440269(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
TCACGTGT |
SmilChr01G003471 |
Chr01 | NC_080387.1:53251619-53251626promoter 内 3424-3431 bp |
- | 570 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 53252196-53253778(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
ACACGTGA |
SmilChr04G001693 |
Chr04 | NC_080390.1:27983957-27983964promoter 内 3424-3431 bp |
+ | 570 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 27984534-27987838(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
TCACGTGT |
SmilChr06G002164 |
Chr06 | NC_080392.1:29761664-29761671promoter 内 3424-3431 bp |
- | 570 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 29762241-29766561(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
ACACGTGA |
SmilChr07G000812 |
Chr07 | NC_080393.1:5729024-5729031promoter 内 3421-3428 bp |
- | 573 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 5729604-5733345(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
ACACGTGA |
SmilChr05G000585 |
Chr05 | NC_080391.1:4427338-4427345promoter 内 3418-3425 bp |
+ | 576 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 4425033-4426762(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
ACACGTGA |
SmilChr06G000411 |
Chr06 | NC_080392.1:3391935-3391942promoter 内 3417-3424 bp |
+ | 577 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 3391287-3391358(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
ACACGTGA |
SmilChr06G002181 |
Chr06 | NC_080392.1:30043055-30043062promoter 内 3414-3421 bp |
- | 580 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 30043642-30044938(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
ACACGTGA |
SmilChr01G000932 |
Chr01 | NC_080387.1:19761415-19761422promoter 内 3411-3418 bp |
- | 583 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 19762005-19765392(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
ACACGTGA |
SmilChr01G002426 |
Chr01 | NC_080387.1:41796883-41796890promoter 内 3407-3414 bp |
- | 587 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 41792986-41796296(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
TCACGTGT |
SmilChr06G000516 |
Chr06 | NC_080392.1:4266372-4266379promoter 内 3402-3409 bp |
- | 592 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 4266971-4267076(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
ACACGTGA |
SmilChr04G003560 |
Chr04 | NC_080390.1:51974493-51974500promoter 内 3401-3408 bp |
+ | 593 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 51972569-51973900(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
ACACGTGA |
SmilChr04G001231 |
Chr04 | NC_080390.1:19346477-19346484promoter 内 3399-3406 bp |
+ | 595 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 19347079-19348048(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
TCACGTGT |
SmilChr07G002862 |
Chr07 | NC_080393.1:28769085-28769092promoter 内 3399-3406 bp |
- | 595 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 28766415-28768490(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
TCACGTGT |
SmilChr02G001136 |
Chr02 | NC_080388.1:20486005-20486012promoter 内 3397-3404 bp |
- | 597 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 20482061-20485408(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
TCACGTGT |
SmilChr02G002762 |
Chr02 | NC_080388.1:47686133-47686140promoter 内 3397-3404 bp |
+ | 597 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 47680166-47685536(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
ACACGTGA |
SmilChr02G001351 |
Chr02 | NC_080388.1:25282479-25282486promoter 内 3395-3402 bp |
- | 599 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 25278593-25281880(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
TCACGTGT |
SmilChr04G003534 |
Chr04 | NC_080390.1:51699036-51699043promoter 内 3395-3402 bp |
+ | 599 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 51699642-51714902(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
TCACGTGT |
SmilChr02G004358 |
Chr02 | NC_080388.1:65873304-65873311promoter 内 3389-3396 bp |
+ | 605 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 65868832-65872699(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
ACACGTGA |
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+ | 607 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 26205829-26208369(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
ACACGTGA |
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- | 609 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 52907293-52913197(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
ACACGTGA |
SmilChr01G004283 |
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- | 610 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 61055231-61056113(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
TCACGTGT |
SmilChr01G006185 |
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+ | 616 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 77359226-77361704(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
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+ | 616 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 11308867-11309877(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
ACACGTGA |
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+ | 621 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 52032767-52035322(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
ACACGTGA |
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- | 623 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 67966612-67972355(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
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+ | 623 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 955177-957889(-) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
ACACGTGA |
SmilChr06G001644 |
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- | 623 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 18598294-18601388(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
ACACGTGA |
SmilChr02G001778 |
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+ | 626 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 32561010-32566063(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
TCACGTGT |
SmilChr04G003991 |
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+ | 627 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 55312625-55317541(+) |
SMil_00025053-RA_Salv |
MP00647 |
TCACGTGT |
SmilChr06G002250 |
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- | 627 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 31920323-31923005(-) |
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- | 631 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 96.3/ 100 | 1 | 61698102-61699621(+) |
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MP00647 |
ACACGTGA |