转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G004179; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00012156-RA_Salv SmilChr03G004179 WRKY XP_057799230.1 MP00464 AGCGTTGACTTTTT

可能结合的靶基因

9864 个结合位点 7299 个候选靶基因 第 98 / 146 下载 TSV

上一页 98 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003227 Chr01 NC_080387.1:51041272-51041285promoter 内 3972-3985 bp + 16 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 51039238-51041256(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CAAAAGTCAAAATT
SmilChr01G005737 Chr01 NC_080387.1:73496329-73496342promoter 内 3894-3907 bp + 94 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 73496436-73501008(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CCAGTTGACTTAGA
SmilChr02G005538 Chr02 NC_080388.1:75411979-75411992promoter 内 3891-3904 bp + 97 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 75408257-75411882(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GGACAGTCAACTCC
SmilChr02G001120 Chr02 NC_080388.1:20206851-20206864promoter 内 3879-3892 bp + 109 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 20204191-20206742(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AGATGGTCAACGAA
SmilChr03G002019 Chr03 NC_080389.1:30224254-30224267promoter 内 3879-3892 bp + 109 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 30221594-30224145(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AGATGGTCAACGAA
SmilChr01G006150 Chr01 NC_080387.1:76961830-76961843promoter 内 3851-3864 bp + 137 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 76960132-76961693(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GGCAAGTCAACAAC
SmilChr03G003621 Chr03 NC_080389.1:54861189-54861202promoter 内 3850-3863 bp + 138 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 54859913-54861051(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TGTTAGTCAACGCG
SmilChr01G006144 Chr01 NC_080387.1:76938931-76938944promoter 内 3837-3850 bp - 151 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 76939095-76941371(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GGACAGTCAACTCC
SmilChr01G004613 Chr01 NC_080387.1:64088837-64088850promoter 内 3835-3848 bp + 153 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 64086966-64088684(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TTGAAGTCAACTAT
SmilChr01G000939 Chr01 NC_080387.1:19891597-19891610promoter 内 3762-3775 bp - 226 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 19891836-19895713(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TTATGGTCAACGCG
SmilChr01G004548 Chr01 NC_080387.1:63608327-63608340promoter 内 3748-3761 bp - 240 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 63605638-63608087(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TCGGTTGACTCTGA
SmilChr01G000982 Chr01 NC_080387.1:20791734-20791747promoter 内 3697-3710 bp - 291 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 20792038-20795706(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AGATGGTCAACGAA
SmilChr02G001255 Chr02 NC_080388.1:23049159-23049172promoter 内 3697-3710 bp - 291 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 23049463-23051744(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TGTTAGTCAACGCG
SmilChr03G000003 Chr03 NC_080389.1:48305-48318promoter 内 3621-3634 bp + 367 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 46777-47938(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CAGAAGTCAATGCT
SmilChr04G000647 Chr04 NC_080390.1:7306300-7306313promoter 内 3620-3633 bp + 368 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 7300096-7305932(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TGTTAGTCAACGCG
SmilChr01G005201 Chr01 NC_080387.1:69691330-69691343promoter 内 3589-3602 bp + 399 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 69691742-69692321(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AGTGTTGACTCTGC
SmilChr01G002915 Chr01 NC_080387.1:47874926-47874939promoter 内 3570-3583 bp - 418 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 47875357-47883424(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GGACAGTCAACTCC
SmilChr01G003209 Chr01 NC_080387.1:50864517-50864530promoter 内 3564-3577 bp + 424 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 50864954-50866673(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TTCGTTGACATTAT
SmilChr02G003763 Chr02 NC_080388.1:59309854-59309867promoter 内 3546-3559 bp + 442 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 59310309-59313153(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AATTTTGACTTTTG
SmilChr04G003372 Chr04 NC_080390.1:50284329-50284342promoter 内 3545-3558 bp - 443 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 50284785-50286515(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TAAAAGTCAAATGG
SmilChr03G002915 Chr03 NC_080389.1:45904763-45904776promoter 内 3459-3472 bp + 529 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 45905305-45905967(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GTCGTTGACAATTT
SmilChr02G001934 Chr02 NC_080388.1:34759267-34759280promoter 内 3427-3440 bp - 561 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 34757596-34758706(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CACGTTGACATTCC
SmilChr01G004429 Chr01 NC_080387.1:62387721-62387734promoter 内 3382-3395 bp + 606 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 62388340-62389416(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AATTTTGACTTTTG
SmilChr01G002810 Chr01 NC_080387.1:46655611-46655624promoter 内 3352-3365 bp + 636 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 46650825-46654975(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AATGAGTCAACGTG
SmilChr01G000335 Chr01 NC_080387.1:6829704-6829717promoter 内 3331-3344 bp + 657 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 6830374-6831466(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GTTTTTGACTTTGG
SmilChr03G001048 Chr03 NC_080389.1:12214039-12214052promoter 内 3296-3309 bp - 692 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 12203344-12213347(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GTCATTGACTTTAT
SmilChr02G002541 Chr02 NC_080388.1:44275595-44275608promoter 内 3273-3286 bp + 715 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 44263095-44274880(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GATTAGTCAACCGC
SmilChr04G000213 Chr04 NC_080390.1:1888063-1888076promoter 内 3266-3279 bp - 722 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 1886190-1887341(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATGTTTGACTTTAT
SmilChr03G001384 Chr03 NC_080389.1:16368297-16368310promoter 内 3227-3240 bp - 761 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 16369071-16369810(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GGCAAGTCAACAAC
SmilChr01G002881 Chr01 NC_080387.1:47435286-47435299promoter 内 3214-3227 bp - 774 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 47431042-47434512(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AGCTTTGACTTACA
SmilChr01G002912 Chr01 NC_080387.1:47845868-47845881promoter 内 3163-3176 bp + 825 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 47841294-47845043(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TTATAGTCAACTAC
SmilChr03G000830 Chr03 NC_080389.1:9527352-9527365promoter 内 3122-3135 bp - 866 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 9523345-9526486(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TTGGTTGACTGTTG
SmilChr01G005715 Chr01 NC_080387.1:73360212-73360225promoter 内 2973-2986 bp - 1015 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 73356046-73359197(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GTTGTTGACTCTTA
SmilChr01G006096 Chr01 NC_080387.1:76428122-76428135promoter 内 2809-2822 bp + 1179 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 76429314-76437730(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CCAGTTGACTTAGA
SmilChr03G002808 Chr03 NC_080389.1:44538006-44538019promoter 内 2793-2806 bp - 1195 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 44529863-44536811(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TGCGTTGACCATAA
SmilChr01G005044 Chr01 NC_080387.1:68375555-68375568promoter 内 2771-2784 bp - 1217 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 68372151-68374338(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TCTGTTGACTTGTA
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