转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G002704; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00005062-RA_Salv SmilChr04G002704 ERF XP_057807081.1 MP00026 CACCGACCAT

可能结合的靶基因

9854 个结合位点 7408 个候选靶基因 第 98 / 149 下载 TSV

上一页 98 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003198 Chr02 NC_080388.1:53144223-53144232promoter 内 1151-1160 bp + 2841 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 53138855-53141382(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GGAGTCGGTG
SmilChr05G003382 Chr05 NC_080391.1:44800046-44800055promoter 内 1136-1145 bp + 2856 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 44802911-44805925(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTAT
SmilChr02G002709 Chr02 NC_080388.1:46960178-46960187promoter 内 1135-1144 bp - 2857 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 46957238-46957321(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTAT
SmilChr05G001146 Chr05 NC_080391.1:9593099-9593108promoter 内 1117-1126 bp - 2875 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 9595983-9600002(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GGAGTCGGTG
SmilChr02G000552 Chr02 NC_080388.1:7745210-7745219promoter 内 1109-1118 bp + 2883 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 7741022-7742327(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GGAGTCGGTG
SmilChr01G003664 Chr01 NC_080387.1:55068431-55068440promoter 内 1095-1104 bp + 2897 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 55061660-55065534(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GGAGTCGGTG
SmilChr02G001200 Chr02 NC_080388.1:22144352-22144361promoter 内 1084-1093 bp + 2908 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 22140193-22141444(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GGAGTCGGTG
SmilChr04G003760 Chr04 NC_080390.1:53859909-53859918promoter 内 1084-1093 bp + 2908 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 53854661-53857001(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GGAGTCGGTG
SmilChr04G001863 Chr04 NC_080390.1:30380347-30380356promoter 内 1060-1069 bp + 2932 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 30383288-30384015(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTCC
SmilChr03G000349 Chr03 NC_080389.1:3923734-3923743promoter 内 1048-1057 bp + 2944 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 3919408-3920790(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GGAGTCGGTG
SmilChr01G004892 Chr01 NC_080387.1:66986839-66986848promoter 内 1047-1056 bp + 2945 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 66983066-66983894(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GGAGTCGGTG
SmilChr06G000716 Chr06 NC_080392.1:6526366-6526375promoter 内 1035-1044 bp + 2957 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 6522824-6523409(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GGAGTCGGTG
SmilChr05G003080 Chr05 NC_080391.1:38943316-38943325promoter 内 1025-1034 bp - 2967 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 38940005-38940349(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTCC
SmilChr05G003273 Chr05 NC_080391.1:42528165-42528174promoter 内 1021-1030 bp + 2971 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 42524850-42525194(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GGAGTCGGTG
SmilChr04G000553 Chr04 NC_080390.1:6178955-6178964promoter 内 1011-1020 bp + 2981 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 6173659-6175974(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 ATAGTCGGTG
SmilChr03G000350 Chr03 NC_080389.1:3923734-3923743promoter 内 1006-1015 bp + 2986 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 3926729-3927735(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTCC
SmilChr02G001348 Chr02 NC_080388.1:25179847-25179856promoter 内 995-1004 bp - 2997 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 25182853-25183197(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GGAGTCGGTG
SmilChr01G006048 Chr01 NC_080387.1:75993788-75993797promoter 内 958-967 bp - 3034 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 75988937-75990754(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTAT
SmilChr06G001554 Chr06 NC_080392.1:16933179-16933188promoter 内 955-964 bp + 3037 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 16936225-16937582(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTCC
SmilChr03G002146 Chr03 NC_080389.1:33401510-33401519promoter 内 943-952 bp + 3049 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 33398117-33398461(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GGAGTCGGTG
SmilChr04G002194 Chr04 NC_080390.1:35499732-35499741promoter 内 932-941 bp + 3060 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 35493357-35496672(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AAGGTCGGTC
SmilChr02G004772 Chr02 NC_080388.1:69889055-69889064promoter 内 921-930 bp - 3071 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 69892135-69895808(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GGAGTCGGTG
SmilChr04G001222 Chr04 NC_080390.1:19070507-19070516promoter 内 905-914 bp + 3087 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 19073603-19077993(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTAT
SmilChr03G003842 Chr03 NC_080389.1:57543063-57543072promoter 内 877-886 bp - 3115 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 57546187-57552597(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GGAGTCGGTG
SmilChr03G003837 Chr03 NC_080389.1:57516567-57516576promoter 内 874-883 bp - 3118 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 57519694-57522590(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GGAGTCGGTG
SmilChr06G000717 Chr06 NC_080392.1:6526366-6526375promoter 内 835-844 bp + 3157 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 6529532-6533084(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTCC
SmilChr04G001478 Chr04 NC_080390.1:24216887-24216896promoter 内 826-835 bp - 3166 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 24220062-24220832(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GGAGTCGGTG
SmilChr01G001427 Chr01 NC_080387.1:27915273-27915282promoter 内 818-827 bp + 3174 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 27918456-27919332(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTCC
SmilChr04G001373 Chr04 NC_080390.1:22325218-22325227promoter 内 809-818 bp + 3183 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 22318718-22322035(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 ATAGTCGGTG
SmilChr03G001546 Chr03 NC_080389.1:19394789-19394798promoter 内 780-789 bp + 3212 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 19388937-19391577(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AAGGTCGGTC
SmilChr06G000414 Chr06 NC_080392.1:3412916-3412925promoter 内 776-785 bp - 3216 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 3403863-3409700(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTCC
SmilChr03G003414 Chr03 NC_080389.1:52473227-52473236promoter 内 772-781 bp - 3220 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 52476456-52478143(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GGAGTCGGTG
SmilChr01G001262 Chr01 NC_080387.1:25327280-25327289promoter 内 761-770 bp - 3231 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 25323657-25324049(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTAT
SmilChr01G004314 Chr01 NC_080387.1:61320174-61320183promoter 内 723-732 bp - 3269 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 61312743-61316905(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACTCC
SmilChr03G003838 Chr03 NC_080389.1:57520459-57520468promoter 内 661-670 bp - 3331 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 57523799-57526567(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GGAGTCGGTG
SmilChr02G004798 Chr02 NC_080388.1:70180323-70180332promoter 内 635-644 bp + 3357 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 70173582-70176966(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 AAGGTCGGTC
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