转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G003441; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00014538-RA_Salv SmilChr07G003441 NAC XP_057773618.1 MP00108 TTAAGTAAT

可能结合的靶基因

9810 个结合位点 6458 个候选靶基因 第 99 / 130 下载 TSV

上一页 99 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004606 Chr02 NC_080388.1:68564907-68564915promoter 内 2634-2642 bp + 1359 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 68561984-68563548(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTTACTTAA
SmilChr01G004440 Chr01 NC_080387.1:62483126-62483134promoter 内 2632-2640 bp - 1361 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 62479382-62481765(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATAAGTAAT
SmilChr01G002256 Chr01 NC_080387.1:39303011-39303019promoter 内 2628-2636 bp - 1365 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 39299623-39301646(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAGT
SmilChr01G003867 Chr01 NC_080387.1:56918055-56918063promoter 内 2628-2636 bp - 1365 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 56913994-56916690(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAA
SmilChr01G006014 Chr01 NC_080387.1:75729788-75729796promoter 内 2627-2635 bp - 1366 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 75731162-75732955(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 AGTACTTAA
SmilChr01G000186 Chr01 NC_080387.1:3184326-3184334promoter 内 2626-2634 bp - 1367 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 3181788-3182959(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TCAAGTAAT
SmilChr01G004980 Chr01 NC_080387.1:67853105-67853113promoter 内 2626-2634 bp + 1367 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 67848459-67851738(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAT
SmilChr01G002617 Chr01 NC_080387.1:44456227-44456235promoter 内 2619-2627 bp + 1374 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 44448117-44454853(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTGA
SmilChr01G005337 Chr01 NC_080387.1:70601561-70601569promoter 内 2619-2627 bp - 1374 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 70602943-70604862(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 AGTACTTAA
SmilChr02G001217 Chr02 NC_080388.1:22373292-22373300promoter 内 2617-2625 bp + 1376 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 22370932-22371916(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAT
SmilChr01G001158 Chr01 NC_080387.1:23537245-23537253promoter 内 2616-2624 bp - 1377 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 23531645-23535868(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TCAAGTAAT
SmilChr02G004994 Chr02 NC_080388.1:71789620-71789628promoter 内 2604-2612 bp + 1389 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 71784979-71788231(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTTACTTAA
SmilChr02G005581 Chr02 NC_080388.1:75644263-75644271promoter 内 2604-2612 bp + 1389 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 75637200-75642874(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAT
SmilChr02G004362 Chr02 NC_080388.1:65907055-65907063promoter 内 2602-2610 bp + 1391 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 65908454-65910029(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAA
SmilChr01G001685 Chr01 NC_080387.1:31083081-31083089promoter 内 2600-2608 bp - 1393 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 31080667-31081688(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAA
SmilChr02G001655 Chr02 NC_080388.1:30722574-30722582promoter 内 2598-2606 bp - 1395 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 30718008-30721179(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATAAGTAAT
SmilChr02G001700 Chr02 NC_080388.1:31321253-31321261promoter 内 2593-2601 bp + 1400 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 31322661-31326472(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAGT
SmilChr01G005780 Chr01 NC_080387.1:73911628-73911636promoter 内 2592-2600 bp - 1401 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 73906457-73910227(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TCAAGTAAT
SmilChr02G000986 Chr02 NC_080388.1:17342647-17342655promoter 内 2590-2598 bp - 1403 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 17344058-17346016(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 AGTACTTAA
SmilChr02G005387 Chr02 NC_080388.1:74518224-74518232promoter 内 2588-2596 bp + 1405 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 74514699-74516819(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAT
SmilChr01G005243 Chr01 NC_080387.1:69959514-69959522promoter 内 2587-2595 bp - 1406 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 69960928-69962883(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTCA
SmilChr02G002141 Chr02 NC_080388.1:38538173-38538181promoter 内 2586-2594 bp + 1407 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 38539588-38540729(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATAAGTAAT
SmilChr02G002321 Chr02 NC_080388.1:40882039-40882047promoter 内 2586-2594 bp + 1407 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 40878014-40880632(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTTACTTAA
SmilChr01G004590 Chr01 NC_080387.1:63912223-63912231promoter 内 2585-2593 bp + 1408 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 63907198-63910815(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTCA
SmilChr01G003873 Chr01 NC_080387.1:56985124-56985132promoter 内 2584-2592 bp - 1409 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 56981778-56983715(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAA
SmilChr02G002855 Chr02 NC_080388.1:48755312-48755320promoter 内 2584-2592 bp - 1409 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 48756729-48757903(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTTACTTAA
SmilChr02G000331 Chr02 NC_080388.1:4210734-4210742promoter 内 2576-2584 bp - 1417 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 4207634-4209317(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAGT
SmilChr02G004549 Chr02 NC_080388.1:68035068-68035076promoter 内 2575-2583 bp + 1418 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 68031027-68033650(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 AGTACTTAA
SmilChr01G003530 Chr01 NC_080387.1:53927226-53927234promoter 内 2574-2582 bp - 1419 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 53928653-53930473(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ACTACTTAA
SmilChr01G000587 Chr01 NC_080387.1:12738356-12738364promoter 内 2573-2581 bp - 1420 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 12736830-12736936(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TGAAGTAAT
SmilChr01G004087 Chr01 NC_080387.1:59273996-59274004promoter 内 2569-2577 bp + 1424 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 59275428-59277249(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATAAGTAAT
SmilChr02G000022 Chr02 NC_080388.1:185719-185727promoter 内 2568-2576 bp - 1425 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 183631-184294(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TCAAGTAAT
SmilChr01G002283 Chr01 NC_080387.1:39620942-39620950promoter 内 2566-2574 bp + 1427 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 39613927-39619515(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ACTACTTAA
SmilChr02G004298 Chr02 NC_080388.1:65349425-65349433promoter 内 2561-2569 bp - 1432 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 65344753-65347993(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TGAAGTAAT
SmilChr01G003408 Chr01 NC_080387.1:52747631-52747639promoter 内 2559-2567 bp + 1434 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 52749073-52750858(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAA
SmilChr02G003551 Chr02 NC_080388.1:56657512-56657520promoter 内 2559-2567 bp + 1434 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 56650319-56656078(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTTACTTAA
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