转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00019539-RA_Salv SmilChr04G003955 ERF XP_057805828.1 MP00120 GATATTGTCGGTGGT

可能结合的靶基因

7514 个结合位点 6144 个候选靶基因 第 1 / 123 下载 TSV

1 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G004072 Chr04 NC_080390.1:55812351-55812365promoter 内 2823-2837 bp + 1164 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 1 55813529-55815622(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGAGGTGTCGGTGGC
SmilChr04G002397 Chr04 NC_080390.1:38528325-38528339promoter 内 3410-3424 bp + 577 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 1 38524132-38527748(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACACTTCC
SmilChr06G000249 Chr06 NC_080392.1:1652247-1652261promoter 内 1771-1785 bp + 2216 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 4 1654477-1655494(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGGGGTGTCGGTGGC
SmilChr01G004069 Chr01 NC_080387.1:59111830-59111844promoter 内 2270-2284 bp - 1717 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 59110042-59110113(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGTGGTGTCGGTGGT
SmilChr01G004070 Chr01 NC_080387.1:59111830-59111844promoter 内 1615-1629 bp - 2372 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 59114216-59116540(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGACACCACC
SmilChr07G004297 Chr07 NC_080393.1:55566582-55566596promoter 内 1610-1624 bp + 2377 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 55568973-55570577(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGTGGTGTCGGTGGT
SmilChr05G003729 Chr05 NC_080391.1:50390170-50390184promoter 内 1232-1246 bp + 2755 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 50392939-50393877(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGTGGTGTCGGTGGT
SmilChr05G003728 Chr05 NC_080391.1:50390170-50390184promoter 内 1080-1094 bp + 2907 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 1 50376345-50387263(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGACACCACC
SmilChr08G001148 Chr08 NC_080394.1:9058004-9058018promoter 内 1752-1766 bp - 2235 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 4 9053507-9055769(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCTGGTGTCGGTGGC
SmilChr05G001682 Chr05 NC_080391.1:15968052-15968066promoter 内 1358-1372 bp + 2629 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 15960996-15965423(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACAATGCC
SmilChr05G001967 Chr05 NC_080391.1:20236275-20236289promoter 内 769-783 bp + 3218 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 20229411-20233057(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACACCACC
SmilChr05G000357 Chr05 NC_080391.1:2679253-2679267promoter 内 2129-2143 bp + 1858 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 2 2675180-2677395(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACACCGAC
SmilChr03G004630 Chr03 NC_080389.1:63950924-63950938promoter 内 2595-2609 bp + 1392 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 63945215-63949532(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGACACATCC
SmilChr02G000676 Chr02 NC_080388.1:10560223-10560237promoter 内 491-505 bp + 3496 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 2 10554034-10556727(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCCACCGACACTGCC
SmilChr01G002451 Chr01 NC_080387.1:42107128-42107142promoter 内 1793-1807 bp - 2194 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 42096023-42104934(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCAGTGTCGGTGGG
SmilChr08G004277 Chr08 NC_080394.1:52335556-52335570promoter 内 1429-1443 bp + 2558 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 52329578-52332998(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACACTAGC
SmilChr04G002222 Chr04 NC_080390.1:35912088-35912102promoter 内 1350-1364 bp - 2637 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 35906714-35909451(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGATTTGTCGGTGGC
SmilChr02G005581 Chr02 NC_080388.1:75646030-75646044promoter 内 831-845 bp + 3156 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 75637200-75642874(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACACAACC
SmilChr04G002310 Chr04 NC_080390.1:37402549-37402563promoter 内 759-773 bp - 3228 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 37405791-37411721(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACACCAAC
SmilChr06G002043 Chr06 NC_080392.1:26706246-26706260promoter 内 3137-3151 bp - 850 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 26707110-26710939(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACAGCTCC
SmilChr06G003254 Chr06 NC_080392.1:45211898-45211912promoter 内 2718-2732 bp - 1269 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 3 45201247-45210629(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGTGTTGTCGGTGGT
SmilChr06G003255 Chr06 NC_080392.1:45211898-45211912promoter 内 2662-2676 bp - 1325 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 3 45213237-45218064(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGACAACACC
SmilChr03G003115 Chr03 NC_080389.1:48279511-48279525promoter 内 1836-1850 bp + 2151 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 48274473-48277360(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACACCCCC
SmilChr07G002817 Chr07 NC_080393.1:28210785-28210799promoter 内 1381-1395 bp - 2606 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 28213405-28215417(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACATCGCC
SmilChr04G003549 Chr04 NC_080390.1:51825806-51825820promoter 内 589-603 bp + 3398 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 51829218-51840224(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CGTGGTGTCGGTGGC
SmilChr04G000355 Chr04 NC_080390.1:3414887-3414901promoter 内 2681-2695 bp - 1306 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 8 3410233-3413581(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGGTGTGTCGGTGGT
SmilChr04G000356 Chr04 NC_080390.1:3414887-3414901promoter 内 3055-3069 bp - 932 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 6 3413581-3413955(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGGTGTGTCGGTGGT
SmilChr05G004196 Chr05 NC_080391.1:55829418-55829432promoter 内 2899-2913 bp - 1088 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 3 55830520-55832866(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACGCCGCC
SmilChr01G001627 Chr01 NC_080387.1:30334780-30334794promoter 内 3544-3558 bp - 443 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 30335237-30340440(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACGCCGCC
SmilChr03G000872 Chr03 NC_080389.1:9908068-9908082promoter 内 3221-3235 bp + 766 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 9908848-9909798(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGATCTGTCGGTGGC
SmilChr07G003135 Chr07 NC_080393.1:33262743-33262757promoter 内 2315-2329 bp + 1672 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 33264429-33266002(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCGGTGTCGGTGGG
SmilChr07G003138 Chr07 NC_080393.1:33268254-33268268promoter 内 2314-2328 bp + 1673 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 33269941-33271474(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCGGTGTCGGTGGG
SmilChr08G002530 Chr08 NC_080394.1:24535392-24535406promoter 内 2109-2123 bp + 1878 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 24526022-24533514(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACAGATCC
SmilChr07G003136 Chr07 NC_080393.1:33262743-33262757promoter 内 1686-1700 bp + 2301 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 33265058-33265253(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCGGTGTCGGTGGG
SmilChr07G003139 Chr07 NC_080393.1:33268254-33268268promoter 内 1685-1699 bp + 2302 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 33270570-33270765(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCGGTGTCGGTGGG
SmilChr03G000698 Chr03 NC_080389.1:7805230-7805244promoter 内 672-686 bp - 3315 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 7787199-7801915(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGATCTGTCGGTGGC
SmilChr01G002875 Chr01 NC_080387.1:47348955-47348969promoter 内 671-685 bp + 3316 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 47343786-47345639(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACAACAGC
SmilChr06G000570 Chr06 NC_080392.1:4862364-4862378promoter 内 518-532 bp - 3469 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 4857908-4858895(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GATGGTGTCGGTGGT
SmilChr01G001625 Chr01 NC_080387.1:30334780-30334794promoter 内 368-382 bp - 3619 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 30329325-30331161(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCGGCGTCGGTGGC
SmilChr01G000353 Chr01 NC_080387.1:7325653-7325667promoter 内 3297-3311 bp - 690 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 7326357-7332629(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACAGATCC
SmilChr02G004154 Chr02 NC_080388.1:63848516-63848530promoter 内 3067-3081 bp - 920 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 63849450-63852102(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACAGATCC
SmilChr06G000806 Chr06 NC_080392.1:7569105-7569119promoter 内 3031-3045 bp + 956 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 7565957-7568149(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACAGATCC
SmilChr03G000106 Chr03 NC_080389.1:1182459-1182473promoter 内 2843-2857 bp - 1144 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 1179413-1181315(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTCGGTGTCGGTGGT
SmilChr02G001009 Chr02 NC_080388.1:17844121-17844135promoter 内 2572-2586 bp - 1415 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 17841831-17842706(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGATCTGTCGGTGGC
SmilChr01G001032 Chr01 NC_080387.1:21478639-21478653promoter 内 2556-2570 bp - 1431 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 21476350-21477208(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGATCTGTCGGTGGC
SmilChr03G002404 Chr03 NC_080389.1:38130375-38130389promoter 内 2041-2055 bp + 1946 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 38126882-38128429(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACAGATCC
SmilChr01G001030 Chr01 NC_080387.1:21478639-21478653promoter 内 1386-1400 bp - 2601 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 21462009-21476038(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGATCTGTCGGTGGC
SmilChr03G000438 Chr03 NC_080389.1:4731187-4731201promoter 内 1193-1207 bp - 2794 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 4726876-4728393(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGATCTGTCGGTGGC
SmilChr02G002167 Chr02 NC_080388.1:38875083-38875097promoter 内 918-932 bp + 3069 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 38871318-38872014(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACAGATCC
SmilChr03G002546 Chr03 NC_080389.1:40633141-40633155promoter 内 190-204 bp - 3797 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 40626762-40629344(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGATCTGTCGGTGGC