转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 10 / 128 下载 TSV

上一页 10 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G003523 Chr04 NC_080390.1:51602378-51602392promoter 内 1546-1560 bp + 2441 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 3 51604833-51607438(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCGCCGCCACCGCCG
SmilChr04G001952 Chr04 NC_080390.1:31719563-31719577promoter 内 1092-1106 bp + 2895 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 3 31722472-31724124(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCACCACCGCCA
SmilChr06G002765 Chr06 NC_080392.1:40253882-40253896promoter 内 881-895 bp + 3106 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 3 40257002-40260600(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCACCACCGCCA
SmilChr04G003091 Chr04 NC_080390.1:47546838-47546852promoter 内 3747-3761 bp - 240 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 47547092-47548584(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGGTGG
SmilChr08G000196 Chr08 NC_080394.1:1316689-1316703promoter 内 3733-3747 bp - 254 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 1311293-1316435(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCACCACCGCCA
SmilChr02G002095 Chr02 NC_080388.1:37608868-37608882promoter 内 3030-3044 bp - 957 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 37609839-37610911(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGGTGG
SmilChr02G000391 Chr02 NC_080388.1:4849578-4849592promoter 内 2867-2881 bp - 1120 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 4850712-4851596(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGGTGG
SmilChr07G000605 Chr07 NC_080393.1:4127406-4127420promoter 内 2770-2784 bp - 1217 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 4128637-4132708(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGCGGCGG
SmilChr02G004148 Chr02 NC_080388.1:63810977-63810991promoter 内 1996-2010 bp - 1991 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 63804244-63808986(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCACCACCGCCA
SmilChr03G000810 Chr03 NC_080389.1:9284409-9284423promoter 内 1933-1947 bp - 2054 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 9279643-9282355(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCGCCACCGCCC
SmilChr07G004041 Chr07 NC_080393.1:51727959-51727973promoter 内 1629-1643 bp + 2358 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 51730331-51733262(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCGCCACCGCTG
SmilChr02G002651 Chr02 NC_080388.1:45946062-45946076promoter 内 1415-1429 bp - 2572 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 45937413-45943490(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCACCACCGCCA
SmilChr07G000992 Chr07 NC_080393.1:7221867-7221881promoter 内 1247-1261 bp + 2740 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 7224621-7227286(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCGCCGCCACCGCCG
SmilChr01G002171 Chr01 NC_080387.1:37801751-37801765promoter 内 1228-1242 bp + 2759 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 37804524-37808319(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCACCACCGCCA
SmilChr03G002626 Chr03 NC_080389.1:41672106-41672120promoter 内 893-907 bp + 3094 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 41675214-41679124(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGTCGCCACCGCCG
SmilChr01G003487 Chr01 NC_080387.1:53425037-53425051promoter 内 531-545 bp + 3456 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 53418370-53421581(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGCGC
SmilChr01G002082 Chr01 NC_080387.1:36762529-36762543promoter 内 3713-3727 bp - 274 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 36761057-36762255(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCGCCACCGCTG
SmilChr02G000966 Chr02 NC_080388.1:16877824-16877838promoter 内 3176-3190 bp - 811 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 16876393-16877013(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCGCCGCCACCGCCG
SmilChr08G002439 Chr08 NC_080394.1:23225105-23225119promoter 内 3137-3151 bp + 850 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 23221433-23224255(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGCGGCGG
SmilChr01G002530 Chr01 NC_080387.1:43319661-43319675promoter 内 3129-3143 bp + 858 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 43317510-43318803(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGGTGG
SmilChr04G004131 Chr04 NC_080390.1:56132860-56132874promoter 内 3114-3128 bp - 873 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 56133747-56135357(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGCGGCGG
SmilChr06G000003 Chr06 NC_080392.1:122752-122766promoter 内 2862-2876 bp - 1125 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 123891-131701(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGGTGG
SmilChr04G000472 Chr04 NC_080390.1:5035530-5035544promoter 内 2696-2710 bp - 1291 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 5030402-5034239(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCGCCACCGCTG
SmilChr05G004389 Chr05 NC_080391.1:57338015-57338029promoter 内 2691-2705 bp - 1296 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 57339325-57351606(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGGTGG
SmilChr03G000101 Chr03 NC_080389.1:1126392-1126406promoter 内 2681-2695 bp + 1306 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 1122336-1125086(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGGTGG
SmilChr05G001222 Chr05 NC_080391.1:10259878-10259892promoter 内 2665-2679 bp - 1322 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 10256726-10258556(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGTCGCCACCGCCG
SmilChr05G001934 Chr05 NC_080391.1:19680131-19680145promoter 内 2239-2253 bp + 1748 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 19681893-19685650(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCACCACCGCCA
SmilChr08G001307 Chr08 NC_080394.1:10423476-10423490promoter 内 1684-1698 bp - 2303 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 10425793-10430905(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGCGC
SmilChr08G001148 Chr08 NC_080394.1:9058104-9058118promoter 内 1652-1666 bp + 2335 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 9053507-9055769(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGGTGG
SmilChr02G003949 Chr02 NC_080388.1:61653137-61653151promoter 内 1647-1661 bp + 2340 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 61650183-61650797(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGCGC
SmilChr05G000503 Chr05 NC_080391.1:3915343-3915357promoter 内 1595-1609 bp + 2392 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 3917749-3920912(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCACCACCGCCA
SmilChr08G003632 Chr08 NC_080394.1:39645253-39645267promoter 内 1506-1520 bp - 2481 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 39647748-39648651(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGCGGCGG
SmilChr06G000865 Chr06 NC_080392.1:8168706-8168720promoter 内 1450-1464 bp + 2537 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 8171257-8175049(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCACCACCGCCA
SmilChr04G000912 Chr04 NC_080390.1:11868252-11868266promoter 内 1169-1183 bp - 2818 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 11858716-11865434(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCGCCACCGCTG
SmilChr01G002021 Chr01 NC_080387.1:35780769-35780783promoter 内 1146-1160 bp - 2841 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 35776997-35777928(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCGCCACCGCCC
SmilChr08G001372 Chr08 NC_080394.1:10943482-10943496promoter 内 951-965 bp - 3036 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 10946532-10946665(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGACGG
SmilChr06G003178 Chr06 NC_080392.1:44711640-44711654promoter 内 929-943 bp + 3058 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 44704511-44708582(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGCGGCGG
SmilChr08G001306 Chr08 NC_080394.1:10423476-10423490promoter 内 896-910 bp - 3091 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 10419978-10420385(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCGCCGCCACCGCCG
SmilChr01G001258 Chr01 NC_080387.1:25282454-25282468promoter 内 858-872 bp - 3129 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 25265830-25279325(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCACCACCGCCA
SmilChr06G000864 Chr06 NC_080392.1:8168706-8168720promoter 内 336-350 bp + 3651 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 8162583-8165055(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGGTGG
SmilChr02G002762 Chr02 NC_080388.1:47688398-47688412promoter 内 1125-1139 bp - 2862 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 4 47680166-47685536(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGGCGCCACCGCCG
SmilChr06G002418 Chr06 NC_080392.1:34926612-34926626promoter 内 1191-1205 bp - 2796 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 3 34929422-34930033(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGCCGG
SmilChr01G003389 Chr01 NC_080387.1:52585822-52585836promoter 内 1184-1198 bp + 2803 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 3 52579152-52583019(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGCCGG
SmilChr05G000771 Chr05 NC_080391.1:6012954-6012968promoter 内 2617-2631 bp + 1370 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 6006738-6011584(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGCGA
SmilChr03G002549 Chr03 NC_080389.1:40673041-40673055promoter 内 1766-1780 bp + 2221 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 40668849-40670820(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGCCGG
SmilChr03G002003 Chr03 NC_080389.1:29852197-29852211promoter 内 3378-3392 bp - 609 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 29852820-29853405(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGCGA
SmilChr07G001939 Chr07 NC_080393.1:16788751-16788765promoter 内 2997-3011 bp + 990 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 16789755-16795282(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCGCCGCCACCGCCG
SmilChr01G005307 Chr01 NC_080387.1:70325018-70325032promoter 内 1699-1713 bp + 2288 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 70327320-70334092(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGGCGCCACCGCCG
SmilChr07G001938 Chr07 NC_080393.1:16788751-16788765promoter 内 1557-1571 bp + 2430 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 16785645-16786321(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGCGA
SmilChr04G000355 Chr04 NC_080390.1:3414843-3414857promoter 内 2725-2739 bp + 1262 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 12 3410233-3413581(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCGACGG