转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G003924; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010794-RA_Salv SmilChr03G003924 NAC XP_057798851.1 MP00059 TAACACGCCACA

可能结合的靶基因

9940 个结合位点 8333 个候选靶基因 第 10 / 167 下载 TSV

上一页 10 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G001089 Chr05 NC_080391.1:9080926-9080937promoter 内 1241-1252 bp + 2749 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 9083686-9086490(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 ACACACGCCACG
SmilChr05G000706 Chr05 NC_080391.1:5330881-5330892promoter 内 1136-1147 bp + 2854 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 5324874-5328027(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CGTGGCGTGCGT
SmilChr01G001194 Chr01 NC_080387.1:24087122-24087133promoter 内 1131-1142 bp - 2859 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 24089992-24093764(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGTGGCGTGCCC
SmilChr07G000348 Chr07 NC_080393.1:2354829-2354840promoter 内 1072-1083 bp - 2918 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 2357758-2363419(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GGTGGCGTGCTA
SmilChr02G002826 Chr02 NC_080388.1:48367795-48367806promoter 内 1057-1068 bp + 2933 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 48358381-48364862(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GGTGGCGTGTCT
SmilChr06G002618 Chr06 NC_080392.1:37652912-37652923promoter 内 1038-1049 bp + 2952 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 37649103-37649960(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGTGGCGTGCGC
SmilChr03G001030 Chr03 NC_080389.1:12016355-12016366promoter 内 1002-1013 bp + 2988 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 12012932-12013367(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGTGGCGTGCGC
SmilChr04G000819 Chr04 NC_080390.1:10275859-10275870promoter 内 1000-1011 bp + 2990 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 10278860-10282884(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GCGCACGCCACT
SmilChr02G004918 Chr02 NC_080388.1:71194349-71194360promoter 内 946-957 bp + 3044 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 71197404-71199744(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GCGCACGCCACT
SmilChr08G000704 Chr08 NC_080394.1:5242094-5242105promoter 内 895-906 bp - 3095 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 5236393-5238999(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GCACACGCCACT
SmilChr05G000107 Chr05 NC_080391.1:697438-697449promoter 内 892-903 bp + 3098 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 691735-694340(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGTGGCGTGCGC
SmilChr01G005652 Chr01 NC_080387.1:72895980-72895991promoter 内 847-858 bp + 3143 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 72892765-72892837(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CGTGGCGTGTAG
SmilChr01G003212 Chr01 NC_080387.1:50904414-50904425promoter 内 818-829 bp - 3172 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 50894465-50901242(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGGCACGCCACG
SmilChr02G003750 Chr02 NC_080388.1:59160414-59160425promoter 内 815-826 bp - 3175 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 59156578-59157239(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CTACACGCCACC
SmilChr05G003449 Chr05 NC_080391.1:45902491-45902502promoter 内 702-713 bp + 3288 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 45898211-45899203(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGTGGCGTGCGC
SmilChr02G005000 Chr02 NC_080388.1:71810868-71810879promoter 内 667-678 bp + 3323 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 71814202-71816017(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GTGCACGCCACC
SmilChr01G005589 Chr01 NC_080387.1:72562970-72562981promoter 内 630-641 bp + 3360 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 72558686-72559610(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGTGGCGTGTGC
SmilChr08G001356 Chr08 NC_080394.1:10867867-10867878promoter 内 604-615 bp + 3386 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 10871264-10871337(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGACACGCCACG
SmilChr08G001366 Chr08 NC_080394.1:10894020-10894031promoter 内 510-521 bp - 3480 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 10897511-10898461(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CGTGGCGTGCGT
SmilChr03G003759 Chr03 NC_080389.1:56712535-56712546promoter 内 442-453 bp - 3548 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 56702958-56708987(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GCGCACGCCACT
SmilChr02G004727 Chr02 NC_080388.1:69519200-69519211promoter 内 419-430 bp + 3571 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 69512346-69515629(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CGTGGCGTGTCT
SmilChr03G004245 Chr03 NC_080389.1:60963671-60963682promoter 内 372-383 bp - 3618 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 60957313-60960053(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TAGCACGCCACG
SmilChr04G002738 Chr04 NC_080390.1:43057613-43057624promoter 内 326-337 bp - 3664 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 43053877-43053949(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GCGCACGCCACT
SmilChr08G001357 Chr08 NC_080394.1:10867867-10867878promoter 内 319-330 bp + 3671 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 10871549-10871622(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGACACGCCACG
SmilChr02G000903 Chr02 NC_080388.1:15571454-15571465promoter 内 307-318 bp - 3683 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 15541002-15567771(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GCGCACGCCACT
SmilChr07G002832 Chr07 NC_080393.1:28373275-28373286promoter 内 307-318 bp + 3683 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 28376969-28379671(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GTGCACGCCACG
SmilChr01G003158 Chr01 NC_080387.1:50420903-50420914promoter 内 186-197 bp - 3804 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 50414386-50417099(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GTGCACGCCACG
SmilChr05G004342 Chr05 NC_080391.1:57060320-57060331promoter 内 144-155 bp + 3846 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 57064177-57067797(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 ACGCACGCCACC
SmilChr05G000710 Chr05 NC_080391.1:5357922-5357933promoter 内 139-150 bp - 3851 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 5361784-5368384(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGTGGCGTGCGC
SmilChr05G000952 Chr05 NC_080391.1:7680805-7680816promoter 内 112-123 bp - 3878 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 7684694-7690010(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CGTGGCGTGTAC
SmilChr07G003060 Chr07 NC_080393.1:31984488-31984499promoter 内 105-116 bp - 3885 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 31988384-31990044(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GGTGGCGTGTGT
SmilChr06G000528 Chr06 NC_080392.1:4341786-4341797promoter 内 58-69 bp + 3932 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 4336243-4337854(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GGTGGCGTGCTA
SmilChr04G003181 Chr04 NC_080390.1:48526494-48526505promoter 内 31-42 bp + 3959 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 48521543-48522535(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGTGGCGTGTGC
SmilChr01G000372 Chr01 NC_080387.1:7683492-7683503promoter 内 22-33 bp + 3968 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 7674973-7679524(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CGTGGCGTGCAG
SmilChr06G000350 Chr06 NC_080392.1:2640404-2640415promoter 内 9-20 bp + 3981 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 2644396-2651485(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CTGCACGCCACG
SmilChr04G003946 Chr04 NC_080390.1:55059962-55059973promoter 内 3666-3677 bp - 324 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 55056758-55059638(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGACACGCCACA
SmilChr06G000718 Chr06 NC_080392.1:6541410-6541421promoter 内 3429-3440 bp - 561 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 6540075-6540849(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGACACGCCACA
SmilChr08G000976 Chr08 NC_080394.1:7292873-7292884promoter 内 3180-3191 bp - 810 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 7287712-7292063(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GAACACGCCACA
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SmilChr04G003668 Chr04 NC_080390.1:53123819-53123830promoter 内 2047-2058 bp + 1943 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 53125773-53127231(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CAACACGCCACA
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