转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 10 / 121 下载 TSV

上一页 10 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001018 Chr03 NC_080389.1:11710425-11710439promoter 内 3388-3402 bp + 599 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 11711038-11712571(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAGTCTGGATCTGAT
SmilChr04G000622 Chr04 NC_080390.1:7072660-7072674promoter 内 3326-3340 bp + 661 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 7070855-7071999(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACCAGATCTGCATCT
SmilChr04G000765 Chr04 NC_080390.1:9319122-9319136promoter 内 2907-2921 bp - 1080 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 9315101-9318042(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGAGTCAGATCTGAA
SmilChr01G002790 Chr01 NC_080387.1:46388771-46388785promoter 内 2503-2517 bp + 1484 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 46390269-46394368(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGTGCCAGATCTGAA
SmilChr01G000287 Chr01 NC_080387.1:5638471-5638485promoter 内 2317-2331 bp + 1670 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 5640155-5641397(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGGACCAGATCTGAC
SmilChr01G003078 Chr01 NC_080387.1:49608602-49608616promoter 内 1958-1972 bp - 2029 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 49610645-49613660(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGAAAGC
SmilChr04G001793 Chr04 NC_080390.1:29362287-29362301promoter 内 3340-3354 bp - 647 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 29357166-29361640(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCGCTAGATCTGAG
SmilChr02G001777 Chr02 NC_080388.1:32545634-32545648promoter 内 2969-2983 bp - 1018 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 32538679-32544616(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGAACTAGATCTGAT
SmilChr03G001401 Chr03 NC_080389.1:16613397-16613411promoter 内 2815-2829 bp - 1172 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 16611364-16612225(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCTTTGGATCTGAG
SmilChr04G000637 Chr04 NC_080390.1:7249058-7249072promoter 内 2514-2528 bp + 1473 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 7244801-7247585(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCAAAGCT
SmilChr04G000609 Chr04 NC_080390.1:6891635-6891649promoter 内 1871-1885 bp - 2116 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 6893765-6895023(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCGAAACT
SmilChr04G001010 Chr04 NC_080390.1:14093916-14093930promoter 内 1704-1718 bp + 2283 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 14096213-14099180(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAGTTTAGATCTGGG
SmilChr04G000638 Chr04 NC_080390.1:7249058-7249072promoter 内 1687-1701 bp + 2300 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 7251372-7256110(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCTTTGGATCTGAG
SmilChr02G003415 Chr02 NC_080388.1:55394906-55394920promoter 内 1587-1601 bp + 2400 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 55397320-55400201(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCTCTGGATCTGAG
SmilChr03G002822 Chr03 NC_080389.1:44713522-44713536promoter 内 1398-1412 bp - 2589 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 44709761-44710933(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCTTTGGATCTGAG
SmilChr01G004472 Chr01 NC_080387.1:62819055-62819069promoter 内 1216-1230 bp - 2771 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 62821840-62825865(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTAGGTCC
SmilChr02G004341 Chr02 NC_080388.1:65675288-65675302promoter 内 1099-1113 bp - 2888 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 65669848-65672400(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGGCCTAGATCTGAG
SmilChr03G001360 Chr03 NC_080389.1:15963796-15963810promoter 内 1020-1034 bp - 2967 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 15966777-15968542(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCAAATTC
SmilChr02G000683 Chr02 NC_080388.1:10785698-10785712promoter 内 74-88 bp + 3913 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 10780977-10781785(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCAGAGCA
SmilChr01G001703 Chr01 NC_080387.1:31469925-31469939promoter 内 542-556 bp - 3445 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 8 31473384-31473543(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGCAGATCTGATTCT
SmilChr01G002768 Chr01 NC_080387.1:46132656-46132670promoter 内 3854-3868 bp - 133 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 3 46131516-46132523(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TATTCCAGATCTGGG
SmilChr02G001093 Chr02 NC_080388.1:19697216-19697230promoter 内 2719-2733 bp + 1268 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 3 19698498-19699654(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATTTCAGATCTGGG
SmilChr04G001406 Chr04 NC_080390.1:22882374-22882388promoter 内 1612-1626 bp + 2375 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 3 22884763-22888039(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TAAGCCAGATCTGAG
SmilChr02G002154 Chr02 NC_080388.1:38774366-38774380promoter 内 1098-1112 bp + 2889 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 3 38768578-38771477(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTAGTCCT
SmilChr03G001768 Chr03 NC_080389.1:24160730-24160744promoter 内 3257-3271 bp + 730 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 24161474-24163357(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGATATAGATCTGAA
SmilChr01G001623 Chr01 NC_080387.1:30313069-30313083promoter 内 3044-3058 bp + 943 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 30314026-30315456(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATTTCAGATCTGGG
SmilChr01G005258 Chr01 NC_080387.1:70073915-70073929promoter 内 2573-2587 bp + 1414 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 70075343-70078703(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGTTTTAGATCTGAA
SmilChr03G000049 Chr03 NC_080389.1:511990-512004promoter 内 2429-2443 bp - 1558 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 504684-510432(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACATCCAGATCTGCA
SmilChr05G000800 Chr05 NC_080391.1:6268568-6268582promoter 内 2313-2327 bp - 1674 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 6270256-6271073(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTAGTATC
SmilChr02G004605 Chr02 NC_080388.1:68556785-68556799promoter 内 1986-2000 bp + 2001 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 68558800-68560419(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGGGCCGGATCTGAA
SmilChr03G000051 Chr03 NC_080389.1:511990-512004promoter 内 1296-1310 bp - 2691 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 514695-517585(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTGGATGT
SmilChr03G001769 Chr03 NC_080389.1:24160730-24160744promoter 内 1274-1288 bp + 2713 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 24163457-24169067(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGATATAGATCTGAA
SmilChr01G001622 Chr01 NC_080387.1:30313069-30313083promoter 内 1223-1237 bp + 2764 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 30308143-30310305(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTGAAATT
SmilChr01G000615 Chr01 NC_080387.1:13567801-13567815promoter 内 158-172 bp + 3829 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 13571644-13579885(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATTTCAGATCTGGG
SmilChr01G002555 Chr01 NC_080387.1:43680096-43680110promoter 内 1498-1512 bp + 2489 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 5 43673972-43677607(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTGGCGCC
SmilChr02G001166 Chr02 NC_080388.1:21305020-21305034promoter 内 3317-3331 bp + 670 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 4 21301558-21304350(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTGCAACC
SmilChr04G003889 Chr04 NC_080390.1:54691980-54691994promoter 内 2718-2732 bp + 1269 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 4 54693263-54697665(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGTTGCAGATCTGGG
SmilChr01G000055 Chr01 NC_080387.1:859879-859893promoter 内 2438-2452 bp + 1549 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 4 861442-864013(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGTTGCAGATCTGGG
SmilChr02G003950 Chr02 NC_080388.1:61669124-61669138promoter 内 2259-2273 bp - 1728 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 4 61670866-61674951(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTGGCGCC
SmilChr04G003887 Chr04 NC_080390.1:54691980-54691994promoter 内 210-224 bp + 3777 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 4 54684630-54688203(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTGCAACC
SmilChr03G001858 Chr03 NC_080389.1:25637586-25637600promoter 内 2928-2942 bp + 1059 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 25629041-25636527(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCAAATTT
SmilChr04G003038 Chr04 NC_080390.1:46868487-46868501promoter 内 2375-2389 bp - 1612 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 46870113-46873349(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTAAATTT
SmilChr02G004523 Chr02 NC_080388.1:67808585-67808599promoter 内 1802-1816 bp + 2185 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 3 67804210-67806400(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACCAGATCTGAATCG
SmilChr01G002784 Chr01 NC_080387.1:46315441-46315455promoter 内 3361-3375 bp + 626 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 46316081-46319103(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCACCAGATCTGGA
SmilChr01G002975 Chr01 NC_080387.1:48687228-48687242promoter 内 1743-1757 bp + 2244 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 48689486-48691261(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATATTCAGATCTGAA
SmilChr03G002803 Chr03 NC_080389.1:44518849-44518863promoter 内 607-621 bp - 3380 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 44513519-44515469(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCTCCGGATCTGAA
SmilChr01G002974 Chr01 NC_080387.1:48687228-48687242promoter 内 127-141 bp + 3860 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 48677144-48683368(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTGAATAT
SmilChr04G000231 Chr04 NC_080390.1:2062788-2062802promoter 内 42-56 bp + 3945 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 2053655-2058843(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTATATTT
SmilChr01G000430 Chr01 NC_080387.1:8591807-8591821promoter 内 3881-3895 bp + 106 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 8591927-8592436(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCGTCTGGATCTGAT
SmilChr03G000502 Chr03 NC_080389.1:5399222-5399236promoter 内 2512-2526 bp - 1475 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 5400711-5403219(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CACAGATCTAGATTT